本发明公开了一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒及其应用,该试剂盒包括靶向猪线粒体基因组序列的捕获探针,所述的捕获探针由生物素标记的核苷酸序列组成,核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑106所示,获取猪线粒体基因组序列的方法包括以下步骤:1)提取猪的基因组DNA;2)构建猪的全基因组文库;3)与捕获探针液相杂交、测序、序列拼接,即可获取猪线粒体基因组序列,该方法尤其适用于靶向捕获猪古DNA中线粒体基因组序列,其灵敏度高,特异性强,且稳定性好,与核酸文库结合捕获效率更高,覆盖度能达到99.99%,且检测成本低。