本发明公开了一种双基因干扰提高里氏木霉纤维素酶酶活的方法,属于基因工程技术领域。本发明方法为通过RNAi降低里氏木霉木聚糖酶基因、纤维素内切酶基因的表达,具体包括如下步骤:将两端有限制性内切酶识别位点且含有SEQ ID NO.1所示序列的干扰片段通过相应限制性内切酶和DNA连接酶构建到pSilent‑1上;将所构建的重组载体转化到里氏木霉中,转化有重组载体的里氏木霉纤维素酶酶活得到提高。本发明通过RNAi干扰序列的合理设计,不仅显著降低木聚糖酶的表达,还适度降低纤维素内切酶的表达、增强葡糖苷酶的表达,优化了纤维素酶酶系中三种酶的活性比例,提高了里氏木霉纤维素酶酶活。