本发明公开了一种控制苹果果肉有机酸含量的苹果酸转运体基因及其应用,涉及苹果分子遗传育种领域。基因序列如SEQ ID NO.1所示,其编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示。其应用是①根据其序列设计分子标记,用于育种中的标记筛选;②根据该基因的表达量或转录本的序列亚型检测筛选酸度相关表型,或通过转基因方法提高或降低该基因表达量以获取期望的果肉酸度性状。本发明获得了一个决定果肉酸度的有机酸转运体基因;本发明利用了RNA‑Seq拼接结果,配合全基因组框架图的注释结果,得到的基因更加准确;在苹果培育的早期就能进行筛选,可以节约育种工作的时间,同时会提高筛选的效率