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[发明专利]一种全局和局部下界估计协同的群体蛋白质结构预测方法-CN201810993709.4有效
发明人：周晓根;张贵军;彭春祥;王柳静;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-29 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种全局和局部下界估计协同的群体蛋白质结构预测方法，在差分进化算法框架下，首先，通过计算当前种群中每个构象个体的支撑向量建立能量模型的全局下界估计模型；然后，针对每个测试构象，选取与其邻近的部分构象构建邻近构象子种群，然后从其中随机选取构象指导变异过程；其次，根据与测试构象最近的构象的支撑向量计算能量局部下界估计值，并根据全局下界估计模型计算对应的能量全局下界估计值；最后选取能量全局和局部下界估计值中的较低者来指导构象的选择过程
一种全局局部下界估计协同群体蛋白质结构预测方法

[发明专利]正交调幅信号编码/解码系统-CN93106565.8无效
发明人：Ａ·Ａ·盖达;Ｋ·琼纳拉加达 -专利权人：通用电气公司
申请日： 1993-05-28 - 公布日： 2000-04-12 - 主分类号： H04N7/24 文献下载
摘要：该抗误差编码提供由Ｉ，Ｑ正交轴确定的一个平面上的旋转对称３２点构象。该构象被分成第一和第二分段，使得距离第一分段的任何构象点最近的那些构象点属于第二分段，而距离第二分段的任何构象点最近的那些构象点属于第一分段。这就使接收机解码器能够决定所接收的每个构象点属于第一还是第二构象，从而能够检测传输误差，并校正该传输误差。
正交调幅信号编码解码系统

[发明专利]一种监测分子构象转变的方法-CN200510134675.6无效
发明人：张青川;李凯;伍小平 -专利权人：张青川
申请日： 2005-12-19 - 公布日： 2006-07-19 - 主分类号： G01N33/48 文献下载
摘要：本发明公开了一种监测分子构象转变的方法。该监测分子构象转变的方法，是将分子吸附在微悬臂梁单侧表面上，检测由分子引起的微悬臂梁位移变化，如所述由分子引起的微悬臂梁位移改变，则所述分子的构象发生转变。本发明基于探测分子构象转变过程中的力学信号，创造性地利用微悬臂梁传感实验技术检测分子构象转变，给出了观察分子构象转变过程的一个新的视角。
一种监测分子构象转变方法

[发明专利]基于局部模板相似性的蛋白质-小分子复合物对接方法-CN202310888481.3在审
发明人：张文艺;谢腾宇;谭巧珠;钱润彤 -专利权人：西湖实验室（生命科学和生物医学浙江省实验室）
申请日： 2023-07-19 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明提供一种基于局部模板相似性的蛋白质‑小分子复合物对接方法，将目标蛋白质目标小分子输入SE(3)等变网络预测得到目标蛋白质的和目标小分子的结合三维坐标，对目标蛋白质和目标小分子进行柔性采样得到采样构象，在联合能量函数的指导下优化初始构象得到蛋白质‑小分子的结合构象，并自蛋白质‑小分子构象采样空间中提取复合物局部三维构象得到构象集；对构象集中的复合物局部三维构象进行聚类得到多个聚类中心，取聚类中心对应的复合物三维构象作为蛋白质
基于局部模板相似性蛋白质分子复合物对接方法

[发明专利]一种蛋白分子构象的生成方法及装置-CN202310444442.4在审
发明人：赵奕淏;康玉;侯廷军;张锦途;谢昌谕;邓亚峰 -专利权人：杭州碳硅智慧科技发展有限公司
申请日： 2023-04-19 - 公布日： 2023-08-11 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供了一种蛋白分子构象的生成方法及装置。所述方法包括：获取蛋白分子对应的PDB(蛋白质三维结构数据文件)晶体结构；对所述PDB晶体结构进行处理，得到所述蛋白分子在当前时刻的蛋白分子构象；获取所述蛋白分子构象与配体之间的非键势能；根据所述非键势能和偏置势能函数，计算得到所述蛋白分子构象对应的偏置势能；基于所述偏置势能和所述蛋白分子构象，生成所述蛋白分子在下一时刻的蛋白分子构象。本申请实施例可以在0.2微秒的时间下模拟得到结合态的构象，大大的提高了模拟的采样效率。
一种蛋白分子构象生成方法装置

[发明专利]经由基于物理的模拟预测多肽中的肽切割-CN202180049090.1在审
发明人： K·拉贾戈帕尔;N·M·安德森;S·艾扎迪;R·F·小凯利 -专利权人：基因泰克公司
申请日： 2021-07-12 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16C20/10 文献下载
摘要：具体地，本公开的方面涉及：生成多肽的表示；使用所述表示执行分子动力学模拟以获得一组多肽构象；对于每个多肽构象，确定氨基酸的空间特征；基于所述空间特征，估计每个多肽构象的亲核攻击距离；基于每个多肽构象的所述亲核攻击距离，识别易受切割反应影响的反应性构象；确定处于所述反应性构象中的所述氨基酸的所述空间特征的自由能；以及基于所述自由能，预测所述氨基酸的侧链被捕获在所述反应性构象中的概率。
经由基于物理模拟预测多肽中的切割

[发明专利]一种基于多轨迹和残基接触信息的蛋白质结构预测方法-CN201810986035.5有效
发明人：张贵军;王小奇;马来发;周晓根;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-28 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种基于多轨迹和残基接触信息的蛋白质结构预测方法，首先，对目标构象和随机选取的两个构象分别启动采用不同能量函数的Monte Carlo轨迹进行搜索；在所有的轨迹搜索结束后，采用统一的能量函数对组装后的三个构象进行打分；其次，分别计算出每个构象的特征向量与初始特征向量的距离误差；最后，按照一定的权重计算出能量与距离误差的总分，根据总分的大小选出潜在构象，并且用潜在构象替换目标构象。
一种基于轨迹残基接触信息蛋白质结构预测方法

[发明专利]致病性构象异构体的分析-CN200980115911.6无效
发明人： D·佩列兹;X·王;M·(C·)高;A·杨;A·刘;P·吴 -专利权人：诺华有限公司
申请日： 2009-04-29 - 公布日： 2011-06-01 - 主分类号： A61K38/00 文献下载
摘要：本发明提供了用于检测样品中非朊病毒致病性构象异构体的存在的方法，该方法包括使疑似含有非朊病毒致病性构象异构体的样品与致病性构象异构体特异性结合试剂在能使所述试剂结合致病性构象异构体(如果存在的话)的情况下相接触；和根据其与试剂的结合检测样品中的致病性构象异构体(如果有的话)；其中，致病性构象异构体特异性结合试剂通常源自朊病毒蛋白片段并优先与致病性朊病毒蛋白相互作用。本发明还提供了用于诊断构象疾病的方法。
致病性构象异构体分析

[发明专利]一种形成新城疫病毒F蛋白融合前构象的多肽、核苷酸及构建方法和应用-CN201910819317.0有效
发明人：刘胜旺;孙军峰;韩宗玺 -专利权人：中国农业科学院哈尔滨兽医研究所（中国动物卫生与流行病学中心哈尔滨分中心）
申请日： 2019-08-31 - 公布日： 2020-06-23 - 主分类号： C07K14/125 文献下载
摘要：一种形成新城疫病毒F蛋白融合前构象的多肽、核苷酸及构建方法和应用，涉及生物技术领域。针对新城疫病毒F蛋白融合前构象结构不稳定的问题以及融合前构象的多肽免疫效力未知的技术问题，本发明提供了一种形成新城疫病毒F蛋白融合前构象的多肽，以及能够编码新城疫病毒F蛋白融合前构象的核苷酸序列，构建获得了含有上述能够编码新城疫病毒F蛋白融合前构象的核苷酸序列的重组质粒，并通过蛋白表达系统获得了能够形成新城疫病毒F蛋白融合前构象的蛋白，本发明获得的能够编码新城疫病毒F蛋白融合前构象的核苷酸序列或多肽序列可作为免疫原制备用于预防新城疫的疫苗
一种形成新城疫病蛋白融合构象多肽核苷酸构建方法应用

[发明专利]一种基于树结构副本交换和片段组装的蛋白质结构预测方法-CN201410353661.2在审
发明人：张贵军;秦传庆;周晓根;郝小虎;梅珊;陈先跑;李章维 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2014-07-23 - 公布日： 2014-12-10 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种基于树结构副本交换和片段组装的蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：将蛋白质构象依据副本交换思想，从而在利于保留多个副本的信息基础上，增强对蛋白质构象空间的搜索，利用树数据结构的优势，加上使用能量分层和蛋白质中间构象的形状信息，并且采用特定的权重函数来对整个蛋白质构象空间的分别采用一定的概率来选定作为编译的副本，导向蛋白质构象朝能量低的路径步进，并且尽量保留蛋白质构象的多样性，达到最终预测蛋白质自然态的目的。本发明可以大大减少计算量，缩短计算时间，同时保证搜索到能量较低的构象。
一种基于结构副本交换片段组装蛋白质预测方法

[发明专利]一种基于虚拟网络映射和云并行计算的蛋白质构象预测加速方法-CN202010543967.X在审
发明人：侯维刚;尹欣;郭磊;巩小雪 -专利权人：重庆邮电大学
申请日： 2020-06-15 - 公布日： 2020-10-09 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于虚拟网络映射和云并行计算的蛋白质构象预测加速方法，包括将蛋白质构象预测问题转化为虚拟网络映射问题，基于上述数学模型构建一种蛋白质构象预测启发式算法，最后采用云并行计算预测蛋白质构象，把利用蛋白质构象预测启发式算法所求得的蛋白质折叠方向编码串作为初始种群中的一部分，并对种群进行子种群划分，每个子种群在各自的处理器上独立完成遗传算法对蛋白质构象的计算过程。子种群之间将具有最小自由能的蛋白质构象进行交换，继续执行遗传操作，直到到达规定的繁衍代数就停止操作。本发明建立蛋白质构象预测的数学模型，利用启发式和并行遗传算法，结合云并行计算加速预测蛋白质结构，能够准确高效地预测出蛋白质构象。
一种基于虚拟网络映射并行计算蛋白质构象预测加速方法

[发明专利]虚拟筛选配位抑制剂的方法、装置、设备和计算机可读存储介质-CN202310091708.1在审
发明人：朱欣颖;林志雄;张翘楚;方磊;薛白 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2023-01-15 - 公布日： 2023-04-21 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本申请提供一种虚拟筛选配位抑制剂的方法、装置、设备和计算机可读存储介质，该方法包括：获取包含配位弹头集中的至少一个配位弹头的多个候选配体分子；将多个候选配体分子分别与靶标蛋白进行分子对接，获取对接后的多个分子构象；根据多个分子构象中的配位弹头与靶标蛋白的配位中心的距离筛选出第一分子构象集；根据第一结合自由能计算方法获取第一分子构象集各分子构象与靶标蛋白对接后的第一结合自由能，筛选出第二分子构象集；从中筛选出第二结合自由能满足第一预设条件和/或配位能量满足第二预设条件的目标分子构象组成第三分子构象集；根据第三分子构象集确定配位抑制剂。
虚拟筛选抑制剂方法装置设备计算机可读存储介质

[发明专利]一种机器学习力场开发数据集采样方法-CN202210769717.7在审
发明人：李兴冀;荆宇航;徐晓东;杨剑群 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-06-30 - 公布日： 2022-10-11 - 主分类号： G06K9/62 文献下载
摘要：所述方法包括：利用初始构象作为训练集，训练得到多个机器学习力场；利用多个力场对材料的标定性质进行分子动力学模拟，获得模拟轨迹；计算模拟轨迹中每个构象的原子受力及平均原子受力；计算每个构象的标准差，根据标准差的大小确定数据集的候选构象；将候选构象作为初始构象重复上述步骤，直至新的候选构象达到设定比例时，完成数据集的采样。
一种机器学习力场开发数据采样方法

[发明专利]一种基于距离约束选择策略的群体构象空间优化方法-CN201510608518.8有效
发明人：张贵军;俞旭锋;周晓根;郝小虎;徐东伟;李章维 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2015-09-22 - 公布日： 2018-09-18 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种基于距离约束选择策略的群体构象空间优化方法，包括以下步骤：在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度；引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预测精度；利用距离谱在蛋白质结构上的特性约束，使更多结构上相似的蛋白质构象进入种群，减少能量函数不精确带来的误差，以得到更为优良的局部构象；结合差分进化算法较强的全局搜索能力，可以对构象空间进行更为有效的采样，从而得到和天然态结构相似度较高的构象。本发明采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度，提高预测精度。
一种基于距离约束选择策略群体构象空间优化方法

[发明专利]一种基于抽象凸估计的多阶段差分进化蛋白质结构预测方法-CN201610845314.0有效
发明人：张贵军;周晓根;郝小虎;王柳静;俞旭锋;徐东伟;李章维 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2016-09-23 - 公布日： 2019-07-05 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于抽象凸估计的多阶段差分进化蛋白质结构预测方法，首先，计算当前种群中各构象个体到新构象的距离，并根据距离进行升序排列；然后，选取新构象个体的部分邻近构象个体抽象凸下界估计支撑面，以获取新构象个体的能量下界估计值；其次，计算所有新构象个体的能量下界估计值与实际能量值之间的平均估计误差，并根据平均估计误差的变化将整个算法分为多个优化阶段；最后，根据上一次迭代中的平均估计误差判断当前迭代所处的阶段，并对各阶段设计不同的策略生成新构象个体
一种基于抽象估计阶段进化蛋白质结构预测方法