本发明提供一种用于大豆基因分型的SNP分子标记组合、大豆全基因组芯片(中豆芯一号芯片)及其应用。所述用于大豆基因分型的SNP分子标记组合由158,959个SNP分子标记组成,所述中豆芯一号芯片包含158,959个SNP分子标记,所述SNP分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1‑158,959本发明的用于大豆基因分型的SNP分子标记组合、大豆全基因组芯片的分布均匀,代表性高,功能性强,实用性好,支持位点填充,且可依据增测的表型数据和填充后的基因组全序列不断增加因果位点和紧密关联位点数目,升级芯片