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[发明专利]一种应用于基因表达谱数据的降维方法-CN201911071223.6在审
发明人：李杰;赵准;周理;王亚东 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2019-11-05 - 公布日： 2020-02-21 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提出了一种应用于基因表达谱数据的降维方法，属于计算机应用领域。步骤一：利用回归系数对样本数据矩阵进行“剪枝”，对“剪枝”后的矩阵进行主成分分析，得到主成分Uθ；步骤二：利用回归系数对样本数据矩阵进行“缩放”，对“缩放”后的矩阵进行主成分分析，得到主成分U'；步骤三：使用权值α对主成分Uθ和U'进行融合，得到新的主成分X'θ；步骤四：使用主成分X'θ建立分类回归模型，验证降维的效果。本发明解决了现有降维算法在不同特征数量下分类性能不稳定，建立在其上的分类器预测性能比较低的问题，分类效果不理想的问题。
一种应用于基因表达数据方法

[发明专利]使用无细胞DNA片段大小检测肿瘤相关变体-CN201880041466.2在审
发明人：姜婷婷;赵晨;庄涵宇 -专利权人： ILLUMINA公司
申请日： 2018-04-20 - 公布日： 2020-02-14 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：提供了用于通过分析从测试样品获得的cfDNA片段的大小和序列来确定感兴趣变体的方法和系统。本文提供的方法和系统实现了协同地结合大小和序列信息的方法，从而与常规方法相比提高了测定的特异性和灵敏性。
测试样品系统实现序列信息灵敏性变体协同分析

[发明专利]一种估算四倍体物种基因组的二倍化程度的方法-CN201710303803.8有效
发明人：刘琳;郭文浒;肖世俊;陈楠生 -专利权人：武汉菲沙基因信息有限公司
申请日： 2017-05-03 - 公布日： 2020-01-21 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种估算四倍体物种基因组的二倍化程度的方法，其特征在于，包括以下步骤：对所述四倍体物种的基因组进行二代测序，得到四倍体基因组测序数据；将所述四倍体基因组测序数据与二倍体基因组测序数据进行比较，估算所述四倍体物种基因组的二倍化程度，所述二倍体基因组测序数据为所述四倍体物种的近缘二倍体物种基因组的二代测序数据。本发明以分析四倍体基因组二倍化程度为目标的直接分析方法，首次提出了二倍化率的概念用于量化四倍体基因组的二倍化程度，不依赖于目标的基因组序列，具有成本低，速度快，成功率高等优势。
四倍体基因组测序物种基因组二倍体基因组估算物种基因组序列测序数据直接分析测序成功率量化分析

[发明专利]一种筛选肿瘤特异性T细胞及TCR的方法-CN201910876889.2在审
发明人：罗微;毛晓帆;余思菲;张贝莹;林凯容;金亚彬 -专利权人：佛山市第一人民医院(中山大学附属佛山医院)
申请日： 2019-09-17 - 公布日： 2020-01-10 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本公开提供了一种筛选肿瘤特异性T细胞及TCR的方法，具体步骤为：(1)首先将肿瘤组织进行浸润单细胞消化分离；(2)然后从分离的单细胞中流式分选出CD3
肿瘤特异性死细胞筛选测序去除免疫磁珠肿瘤抗原肿瘤组织转录抗原建库流式浸润样本肿瘤消化组建分析

[发明专利]基于最大相关最小冗余的快速封装式基因选择方法-CN201910810358.3在审
发明人：杨静;沈安波;方宝富;王浩 -专利权人：合肥工业大学
申请日： 2019-08-29 - 公布日： 2019-12-03 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于最大相关最小冗余的快速封装式基因选择方法，其步骤包括：1、利用相关性方法在基因向量组中寻找与类别标签具有最大相关度的基因，并将其加入候选基因子集；2、利用最大相关最小冗余方法在基因向量组中寻找具有最大相关冗余度的基因，并将其加入候选基因子集；3、利用十折交叉验证方法判断更新候选基因子集前后的两个候选基因子集的分类精度是否降低；4、若降低，则输出更新前的候选基因子集，否则重复步骤2。本发明能获得较高质量的基因子集，同时显著降低一般的封装方法的时间复杂度，从而使得在基因子集的获取上具有良好的时间性能，并使得获得的基因子集拥有较好的分类性能。
候选基因基因子集子集最大相关基因冗余向量组时间复杂度最大相关度分类性能更新候选基因选择交叉验证类别标签封装式冗余度封装输出分类重复更新

[发明专利]数据处理方法-CN201910795698.3在审
发明人：杨圳;王文山 -专利权人：上海其明信息技术有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2019-11-26 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明揭示了一种数据处理方法，具体来说涉及ICB‑scSeq技术中的下机数据的处理方法。使用该数据处理方法，能够低成本地、简单地、快速地进行细胞测序，具有相当大的经济效益和安全效益。
数据处理安全效益低成本测序细胞

[发明专利]基于MeanDiff值预测突变对RNA二级结构影响程度的方法及相关设备-CN201910484574.3在审
发明人：何馥男;苏志熙 -专利权人：复旦大学
申请日： 2019-06-05 - 公布日： 2019-10-01 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了基于MeanDiff值预测突变对RNA二级结构影响程度的方法及相关设备。本发明还提供了预测癌症基因组中富含或缺失riboSNitch元件的方法。本发明也提供了名为SNIPER的软件，能够用于预测riboSNitch并识别肿瘤中富含或缺失riboSNitch的非编码元件。
预测富含突变非编码基因组肿瘤癌症

[发明专利]一种基于跨平台基因表达数据的基因调控网络重建方法-CN201710201797.5有效
发明人：蔡瑞初;林殷娴;郝志峰;温雯;谢峰;许柏炎;陈薇;陈炳丰 -专利权人：广东工业大学
申请日： 2017-03-30 - 公布日： 2019-09-13 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于跨平台基因表达数据的基因调控网络重建方法，根据跨平台基因表达数据的特点，通过获取来自p个测序平台基因表达数据，并进行预处理，然后从每个基因样本中抽取n个基因表达量，并基于偏相关系数的混合型条件独立性测试得到每个基因表达量的父子节点集，将其应用于跨平台因果网络结构学习的学习网络骨架、确定v‑结构和最大化标志方向三个过程中，从而重建出跨平台基因调控网络，本发明利用因果图模型解决跨平台基因调控网络的问题，能直接有效地利用跨平台基因表达数据进行高维的基因调控网络重建的同时，避免数据预处理过程导致的数据过度平滑等问题，提高了跨平台基因调控网络重建结果的正确率和召回率。
一种基于平台基因表达数据调控网络重建方法

[发明专利]基于LSTM循环神经网络的基因表达预测方法-CN201810810239.3有效
发明人：王会青;李春;董春林 -专利权人：太原理工大学
申请日： 2018-07-23 - 公布日： 2019-08-27 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于LSTM循环神经网络的基因表达预测方法，通过将LSTM循环神经网络引入基因表达预测模型的构建过程，降低模型预测误差，通过K‑Means聚类，Z‑Score标准化等方法进行数据预处理，提高模型训练学习效率；并且结合已知的约1000个landmark gene利用LSTM循环神经网络提取基因表达谱数据的非线性特征，构建非线性预测模型，最终预测约21000个target gene的表达；本发明有效解决了LINCS Program使用线性回归作为推断方法，但却忽略基因表达谱内的非线性问题，降低获取基因表达谱成本，提高基因表达研究效率。
循环神经网络基因表达基因表达谱构建预测非线性预测模型非线性特征非线性问题数据预处理模型训练模型预测提取基因线性回归学习效率引入基因有效解决预测模型表达谱聚类推断标准化研究

[发明专利]转录组解析装置及解析方法-CN201910022338.X在审
发明人：近藤聪;大音德;阿部圆佳;青木直大;A·福田;广濑龙郎;永野惇 -专利权人：丰田自动车株式会社;国立大学法人东京大学;国立研究开发法人农业·食品产业技术总和研究机构;学校法人龙谷大学
申请日： 2019-01-10 - 公布日： 2019-07-19 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及转录组解析装置及解析方法。本发明中旨在使用关于转录产物的碱基序列数据而进行更高精度的转录组解析。本发明中生成对于含目的变量数据和基因表达量数据的多个数据集随机地削减基因表达量数据而得到的多个子数据集，对于多个子数据集应用正则化法而算出各自预测式，生成预测式中所含的基因的列表。
数据集转录组解析基因表达量解析装置预测式碱基序列数据变量数据转录产物随机地正则化削减基因应用

[发明专利]一种基于共享字典学习的基因表达谱分类方法-CN201910296287.X在审
发明人：彭绍亮;刘伟;李非;杨亚宁;李肯立;潘佳铭;骆嘉伟;刘云浩;田李 -专利权人：湖南大学
申请日： 2019-04-13 - 公布日： 2019-07-19 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明属于基因表达谱分类领域，公开了一种基于共享字典学习的基因表达谱分类方法，属于稀疏字典学习在生物大数据上的挖掘和应用。本方法首先构建一个共享字典，该字典能够获取所有类别的样本；然后训练字典，在训练字典的同时还训练投影矩阵，并且投影矩阵对测试样本的投影可以加宽不同类型样本之间的距离；最后，通过使用字典重建测试样本的系数编码向量之间的距离判定类别。该方法能够快速高效地对基因表达谱数据分类，这有助于区分癌症种类及其亚型，帮助从分子层面认识肿瘤的致病机理，并为彻底治疗肿瘤提供基因层次的解决方案。该方法具有共享样本的能力，少量样本时能保持稳定的投影能力，和一般的分类方法相比较，分类准确度有很大提升。
基因表达谱样本字典学习共享分类测试样本投影矩阵训练字典投影字典肿瘤基因表达谱数据分类准确度分类领域距离判定系数编码致病机理字典重建大数据加宽构建稀疏向量亚型癌症基因挖掘治疗应用帮助

[发明专利]用于在确定拷贝数变异中改善检测的灵敏度的方法-CN201480070158.4有效
发明人：达里娅·I·丘多瓦;戴安娜·阿布杜伊瓦;里查德·P·拉瓦 -专利权人：维里纳塔健康公司
申请日： 2014-10-21 - 公布日： 2019-07-09 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明披露了用于确定已知或疑似与各种各样的医学状况相关的拷贝数变异(CNV)的方法。在一些实施方式中，提供了利用包含母体和胎儿无细胞DNA的母体样品来确定胎儿的拷贝数变异(CNV)的方法。在一些实施方式中，提供了用于确定已知或疑似与各种各样的医学状况相关的CNV的方法。本文披露的一些实施方式提供了通过除去样品中GC含量偏差来改善序列数据分析的灵敏度和/或特异性的方法。在一些实施方式中，样品中GC含量偏差的除去是基于针对通用于不受影响的训练样品的系统性变化修正的序列数据。还披露了用于感兴趣的序列的CNV的评价的系统和计算机程序产品。
用于确定拷贝变异改善检测灵敏度方法

[发明专利]一种血液ctDNA的微卫星不稳定性检测方法-CN201910186456.4在审
发明人：邝建宇;周天亮文 -专利权人：拓普基因科技（广州）有限责任公司
申请日： 2019-03-13 - 公布日： 2019-06-28 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种血液ctDNA的微卫星不稳定性的检测方法。本发明方法是包括对包含ctDNA的cfDNA进行探针捕获，根据获得的目标产物建立测序文库和上机测序；对下机数据进行拆分、质控、过滤和比对；然后通过perl程序对微卫星位点序列提取，并和正常的微卫星序列进行对比，检测微卫星位点的突变情况并记录其突变类型，最后根据统计各个微卫星位点的稳定性评估样本的整体的微卫星稳定性状态。本发明不仅能有效准确的检测出样本的微卫星不稳定性的状态，还能检测微卫星不稳定位点的突变情况。本发明方法相比传统PCR检测方法更快速和方便，成本更低，检测更全面。
微卫星检测微卫星位点不稳定性突变样本血液微卫星序列稳定性评估稳定性状态测序文库目标产物突变类型序列提取传统PCR 定位点比对测序上机探针质控捕获过滤记录统计

[发明专利]基因价值链系统及其构建方法-CN201910076282.6在审
发明人：苏海桥 -专利权人：苏海桥
申请日： 2019-01-26 - 公布日： 2019-06-21 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明适用于生物技术领域，提供了一种基因价值链系统，包括用户端，基因组数据端和中央处理区，其中由中央处理区向用户端授予对基因组数据端的使用权，该用户端获得基因组数据端的使用权后可以接入该基因组数据端并进行基因测序，该测序结果记录于基因组数据端，然后该数据经处理后转入中央处理区。本发明的基因价值链系统将区块链的双向价值链应用于基因测序领域，解决了当前的测序成本高，基因价值利用度低的问题，同时可以接入更多的用户。
基因组数据价值链中央处理用户端基因基因测序测序使用权生物技术领域价值利用结果记录构建区块转入应用

[发明专利]一种基于信息熵的基因序列数字化实现方法及系统-CN201910133090.4在审
发明人：李君一;张丽;平原;李辉年;许清哲;王荣杰;刘博;王亚东 -专利权人：哈尔滨工业大学(深圳)
申请日： 2019-02-22 - 公布日： 2019-06-18 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于信息熵的基因序列数字化实现方法及系统。其中，所述方法包括：输入脱氧核糖核酸DNA序列，设定滑动窗口的长度l及子串长度n，和根据该设定的滑动窗口的长度l，从该输入的脱氧核糖核酸DNA序列的第一个碱基开始，步长为1，和计算该设定的滑动窗口内的给定子串长度下的拓扑熵大小，赋值给该设定的滑动窗口内的碱基，和重复计算该设定的滑动窗口内的给定子串长度下的拓扑熵大小，赋值给该设定的滑动窗口内的碱基，直到到达该输入的脱氧核糖核酸DNA序列的最后一个碱基位置，和输出得到同该输入的脱氧核糖核酸DNA序列长度的数字序列。通过上述方式，能够实现预测基因序列中的外显子区域。
滑动窗口脱氧核糖核酸DNA 基因序列碱基信息熵拓扑数字化外显子区域碱基位置数字序列重复计算子串输出预测