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[发明专利]基于图卷积神经网络的乳腺癌亚型分类方法和系统-CN202310964365.5在审
发明人：安义帅;刘晓军;陈恒玲;郑冬云;朱春楠;刘超 -专利权人：中南民族大学
申请日： 2023-08-02 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于图卷积神经网络的乳腺癌亚型分类方法和系统，通过将乳腺癌基因表达数据转化为图形表示，并利用图卷积模块捕捉基因之间的相关性。对数据进行预处理，包括去除重复采样和没有亚型标签的样本，以及补全失值。构建乳腺癌基因表达的图表示数据集，结合生物学先验知识。利用图卷积的方式捕捉图中节点的局部特征，并使用批量归一化算法进行数据归一化。引入自注意力池化机制，通过学习输入数据对输出数据贡献度，实现关键特征的提取和分层池化。将局部特征和层级特征拼接输入分类模型，得到乳腺癌亚型的分类结果。本发明能够有效地捕捉基因之间的相关性，提高乳腺癌亚型分类的准确性，具有潜在的生物医学应用价值。
基于图卷神经网络乳腺癌分类方法系统

[发明专利]蛋白质语言模型的训练方法、电子设备、计算机可读介质和程序产品-CN202310832203.6在审
发明人：成幸毅;陈波;李绅;曾信;刘迟明;唐杰;宋乐 -专利权人：百图生科（北京）智能技术有限公司
申请日： 2023-07-06 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本公开涉及蛋白质语言模型训练领域，具体涉及蛋白质语言模型的训练方法、利用蛋白质语言模型来提取氨基酸序列表征的方法、利用蛋白质语言模型来获得新氨基酸序列的方法、利用蛋白质语言模型来获得相关氨基酸序列的方法、利用蛋白质语言模型来预测氨基酸序列困惑度的方法、电子设备、计算机可读介质和程序产品。蛋白质语言模型的训练方法包括：在训练过程中，执行第一类型的训练任务和第二类型的训练任务包括的两个训练子任务中至少一个训练子任务；基于第一类型训练任务对应的第一损失值和第二类型训练任务对应的损失值调整蛋白质语言模型的参数，获得训练完成的蛋白质语言模型。
蛋白质语言模型训练方法电子设备计算机可读介质程序产品

[发明专利]原儿茶酸和白藜芦醇调控基因表达生物逻辑运算器及其应用-CN202210375167.0在审
发明人：叶海峰;尹剑丽;万航;刘兴万;吴嘉丽 -专利权人：华东师范大学
申请日： 2022-04-11 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种原儿茶酸与白藜芦醇调控基因表达的生物逻辑运算器，其逻辑运算包含以下逻辑门，分别为与门，蕴含非门，或非门以及或门，包括外源基因表达、内源基因表达；所述生物逻辑运算器为双输入、单输出的运算模式。本发明还公开了通过组装CRISPR/dCas9系统模块的原儿茶酸与白藜芦醇调控内源基因表达的生物逻辑运算器，其能够在细胞水平上进行单基因或多基因同时激活的准确逻辑运算。本发明还公开了外源基因表达以及内源基因表达与门在动物体内进行运算的真核表达载体。本发明提供了新型绿色小分子调控的哺乳动物计算机，且为CRISPR/dCas9介导的内源基因表达提供了精准调控运算方式。
儿茶藜芦调控基因表达生物逻辑运算器及其应用

[发明专利]基于深度学习模型预测抗体翻译后修饰位点的方法和系统-CN202311191034.9在审
发明人：司马鹏 -专利权人：苏州创腾软件有限公司
申请日： 2023-09-15 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及人工智能领域，具体涉及一种基于深度学习模型预测抗体翻译后修饰位点的方法和系统，所述方法包括：获取待预测抗体的蛋白质序列；将所述待预测抗体的蛋白质序列输入预先训练的修饰位点预测模型，以得到所述修饰位点预测模型输出的修饰位点预测结果；其中，所述修饰位点预测模型是基于预先构建的注意力卷积神经网络框架和胶囊网络框架、利用抗体样本的蛋白质序列以及抗体样本对应的修饰位点进行训练得到的。利用预先训练的深度学习模型对多种修饰位点进行快速、准确的预测，解决了现有技术中修饰位点预测过程复杂耗时，泛化能力较差的技术问题。
基于深度学习模型预测抗体翻译修饰方法系统

[发明专利]基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法-CN202310217562.0有效
发明人：白雪;于子航;张艳培;郭泽钦;董忠谊;吴德华 -专利权人：南方医科大学南方医院
申请日： 2023-03-08 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，包括：获取抗血管治疗队列数据并筛选抗血管治疗显著改变的基因、在TCGA数据库泛癌种基因表达谱进行加权共表达网络分析、分析基因模块的生物功能及其在抗血管治疗中发挥的作用以及根据筛选的基因模块对肿瘤进行与治疗疗效和预后有关的分型；本发明通过抗血管治疗队列数据整合分析抗血管治疗基因表达谱，提供肿瘤抗血管治疗中表达显著改变的基因，并通过加权共表达网络分析构建共表达基因模块，再对基因模块进行筛选，对患者肿瘤的分型，使该分型方法与肿瘤抗血管治疗反应性和预后有极强的相关性，有助于肿瘤抗血管治疗决策并提高对抗血管治疗肿瘤微环境改变和治疗耐药的理解。
基于血管治疗显著改变表达基因模块肿瘤方法

[发明专利]一种基于单细胞组学的各亚群分子标记物的计算方法及系统-CN202310954432.5在审
发明人：李翔;刘泽晨;张菲杨;魏嵬;陈劲草;赵琼一;亀井王丹;侯圣群 -专利权人：武汉大学中南医院
申请日： 2023-07-31 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于单细胞组学的各亚群分子标记物的计算方法及系统。计算方法包括方法A和方法B中的一种或两种。方法A：(1)获取单细胞组学数据；(2)利用注释信息，计算平均表达矩阵；(3)对平均表达矩阵进行最大标准化计算；(4)将基因所在细胞类型亚群进行二分类；(5)过滤低表达基因，计算正、负分子指数以及分子指数；(6)根据基因的高表达组的数量、基础表达量和分子指数，进行综合排序；(7)使用热图和气泡图对分析结果进行可视化，同时提供计算过程中涉及的所有的中间运算指标，可视化得到结果。该方法明确提升了分子标志物的特异性，大幅提高计算效率，优化了传统分析方法的输出结果。
一种基于单细胞各亚群分子标记计算方法系统

[发明专利]基于深度生成对抗网络模型的单细胞表达谱数据增强方法-CN202310776539.5在审
发明人：汪涛;赵辉;肖冰;彭佳杰;尚学群 -专利权人：西北工业大学
申请日： 2023-06-29 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度生成对抗网络模型的单细胞表达谱数据增强方法，首先基于待填充的scRNA‑seq数据构建输入矩阵；然后构建深度生成对抗网络，深度生成对抗网络包括三个生成对抗网络，每个生成对抗网络中包括生成器和判别器，生成器和判别器均是由全连接层、批量归一化层、卷积层和激活层组成；接下来对输入判别器的矩阵进行预处理，并利用数据集对构建的深度生成对抗网络进行分阶段训练；最后利用训练好的深度生成对抗网络对待填充的scRNA‑seq数据进行缺失值推断。本发明大大提高了数据的随机性和多样性，使得推断后的基因表达数据更符合复杂生物过程中细胞和基因之间的依赖关系。
基于深度生成对抗网络模型单细胞表达数据增强方法

[发明专利]基于AI的动物模型RNA表达量化分析系统及方法-CN202311127301.6在审
发明人：许捷;许静;谭平;丁迎春 -专利权人：深圳市前海高新国际医疗管理有限公司
申请日： 2023-09-04 - 公布日： 2023-10-10 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供基于AI的动物模型RNA表达量化分析系统及方法，其系统包括：数据获取模块，用于获取动物模型的RNA表达数据；数据处理模块，用于对RNA表达数据进行筛选处理并提取获得RNA表达数据的关键特征数据；量化分析模块，用于根据关键特征数据，利用AI分析模型进行量化分析，获得量化分析结果；分析结果展现模块，用于展现量化分析结果和关联的策略信息。本发明通过利用人工智能技术，对动物模型的RNA表达信息进行量化分析，可实现智能化、高效率、准确度高的效果，可减轻药物生物分析工作人员的工作量，同时提高数据分析和动物实验研究的水平。
基于 ai 动物模型 rna 表达量化分析系统方法

[发明专利]一种分析细胞命运转换关键转录因子的方法及系统-CN202110086884.7有效
发明人：覃静;胡耀华 -专利权人：中山大学;深圳大学
申请日： 2021-01-22 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种分析细胞命运转换关键转录因子的方法及系统，方法包括对细胞进行转录组测定得到基因表达谱并进行比对，得到差异基因；对细胞进行扰动并进行转录组测定得到基因表达谱矩阵；从基因表达谱矩阵中提取转录因子表达谱生成第一矩阵；从基因表达谱矩阵中提取差异基因表达谱生成第二矩阵；根据转录因子结合位点信息生成第三矩阵；得到正则化模型并计算得到关键转录因子预测结果。本发明通过与目标细胞相关的转录因子信息、差异基因信息及转录因子结合位点信息构建正则化模型，并通过正则化模型对影响细胞命运转换的关键转录因子进行预测，相较于现有技术可以有效提高对关键转录因子的预测准确度。本发明可以广泛应用于生物技术领域。
一种分析细胞命运转换关键转录因子方法系统

[发明专利]基于N6-腺苷酸甲基化的急性髓系白血病患者风险预后模型-CN202310821187.0在审
发明人：王利;周光宇;窦曦 -专利权人：重庆医科大学
申请日： 2023-07-06 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及基于N6‑腺苷酸甲基化的急性髓系白血病患者风险预后模型，第一步获取诊断为急性系白血病的患者RNA测序，第二步分别获取ALKBH5、FTO、HNRNPA2B1、IGF2BP3、YTHDF1及YTHDF3基因的表达量。本发明本模型通过纳入N6‑腺苷酸甲基化相关7个基因的表达量，对每个基因的表达量与其系数的乘积进行计算，最后将所有基因表达量与其系数的乘积相加，得到最终的评估总分，每个患者可以依据上述所得的总分得出属于急性髓系白血病高风险组或低风险组，该模型的结果可以为医生更好地给急性髓系白血病患者制定方案提供参考，有效的提升对相关患者进行模拟预测，提升对患者治疗的精确性。
基于 n6 腺苷酸甲基化急性白血病患者风险预后模型

[发明专利]一种白羽肉鸡剩余采食量的基因组选择方法-CN202010758975.6有效
发明人：赵桂苹;刘冉冉;文杰;李韦;郑麦青;冯甫荣 -专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
申请日： 2020-07-31 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供一种白羽肉鸡剩余采食量的基因组选择方法，利用整合显著SNP标记效应的一步法全基因组育种值(GEBV)估计方法，对重要饲料报酬性状指标剩余采食量(RFI)进行GEBV估计。本发明还提供与白羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的SNP标记及其应用。包括标记rs13649171、rs740268684、rs312607889、rs314437326和rs313748618。本发明提供的具有低剩余采食量性状白羽肉鸡品系的选育方法，与常规一步法GEBV估计结果相比，选择准确性可提高15.44％，即可缩短新品系育成的时间，节约选育的成本，提高育种效率，加快我国白羽肉鸡自主品系培育进程。
一种肉鸡剩余食量基因组选择方法

[发明专利]基于活性氧评估肿瘤患者预后性的系统以及药物敏感性评价与改善方法-CN202010872688.8有效
发明人：吴安华;程文;沈帅;严子豪 -专利权人：吴安华
申请日： 2020-08-26 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本公开涉及一种基于肿瘤微环境中活性氧评估患者预后性的系统，其特征在于，该系统包括输入装置、计算装置和输出装置；其中，所述输入装置用于输入肿瘤微环境中活性氧的代谢指数，其中，所述肿瘤微环境中活性氧的代谢指数包括：活性氧的积累量指数、肿瘤细胞对活性氧的氧化应激水平指数、活性氧的消除指数、活性氧的生成指数和活性氧的来源指数。本公开提供的系统能够基于肿瘤微环境中活性氧的代谢指数来评估肿瘤患者的预后性，适用于大部分肿瘤患者，通用性较好，而且评估结果的准确性高。
基于活性氧评估肿瘤患者预后系统以及药物敏感性评价改善方法

[发明专利]RNA表达量的变化作为检测靶标在制备预测癌症免疫治疗预后情况的试剂盒中的应用-CN202210243979.X在审
发明人：林雅婷;杨文娴;俞容山 -专利权人：厦门极元科技有限公司
申请日： 2022-03-11 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了RNA表达量的变化作为检测靶标在制备预测癌症免疫治疗预后情况的试剂盒中的应用。本发明可以准确预测接受免疫检查点抑制剂疗法的预后情况，为恶性肿瘤患者的治疗方案的选择提供重要的参考。
rna 表达变化作为检测靶标制备预测癌症免疫治疗预后情况试剂盒中的应用

[发明专利]基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法-CN202010977490.6有效
发明人：董磊;张佩;夏琴 -专利权人：北京理工大学
申请日： 2020-09-17 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于PTEN基因状态筛选胶质瘤生物标记物的方法，(1)获取胶质瘤患者的PTEN基因状态；(2)将胶质瘤患者分为PTEN‑WT亚组和PTEN‑mutant亚组；(3)分别对各个亚组的患者筛选亚组特异性的DEGs；(4)将亚组特异性的DEGs与各个亚组患者生存时间进行拟合，得到亚组特异性的OPR‑DEGs；(5)构建各个亚组患者的风险评分，观测风险评分与肿瘤的恶性程度的关系，并预测各个亚组患者的生存率；(6)筛选各个亚组的独立预后的OPR‑DEGs；(7)筛选潜在的靶向药物。本发明通过多因素COX分析恶性程度高的PTEN突变亚组的独立的最优预后基因，这对于PTEN突变的胶质瘤的诊断，预后预测和治疗提供了进一步的指导意义。
基于 pten 基因状态筛选胶质生物标记方法

[发明专利]对空间转录组数据进行降噪的方法及装置-CN202310577817.4在审
发明人：宫月;苏婧雯;侯睿;杨家亮;田埂 -专利权人：北京元码医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-05-22 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本申请提供一种对空间转录组数据进行降噪的方法及装置。该对空间转录组数据进行降噪的方法包括：通过RGB图像表示空间转录组数据的基因表达和组织图像特征信息；基于所述RGB图像的三维数据信息对每个采样点进行聚类划分；对聚类后的每一组织区域内的同类采样点数据恢复真实的基因表达。本申请实施例提供的对空间转录组数据进行降噪的方法及装置，将空间转录组数据的基因表达和组织图像特征信息压缩降维后进行聚类划分，利用聚类划分后的数据进行降噪，从而恢复真实的基因表达，提高数据下游分析结果的准确性。
空间转录数据进行方法装置

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