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[发明专利]一种基于期望最大化算法的宏基因组丰度估计方法及系统-CN202310103910.1在审
发明人：马昀然;刘俊锋;郭昊;李诗濛;任用 -专利权人：江苏先声医学诊断有限公司;北京先声医学检验实验室有限公司;江苏先声诊断技术有限公司
申请日： 2023-02-07 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种基于期望最大化算法(EM)的宏基因组丰度估计方法，包括基于宏基因组测序数据的比对信息，引入参考基因组唯一比对位置的比例量化物种参考基因组相似度对比对信息的影响，构建统计模型刻画观测到的唯一比对和多重比对出现的概率；采用EM求解所构建的统计模型，估计宏基因组中的物种丰度。本申请由于量化了物种参考基因组相似度的影响，因此能够在物种水平上提高宏基因组丰度估计的准确性，进而改善宏基因组物种鉴定的灵敏度和特异度。
一种基于期望最大化算法宏基组丰度估计方法系统

[发明专利]病原微生物基因组数据库及其建立方法-CN201910779825.0有效
发明人：许腾;陈文景;李永军;王小锐;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司
申请日： 2019-08-22 - 公布日： 2020-05-05 - 主分类号： G16B35/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原微生物基因组数据库及其建立方法，属于宏基因组技术领域。该方法包括以下步骤：数据获取：获取病原微生物基因组数据；菌株基因组筛选：按照预定筛选规则选取物种菌株基因组；去除质粒序列：去除上述得到的菌株基因组中存在的质粒序列；过滤：按照预定过滤规则，去除标注信息有误、染色体组装不完整，以及分类错误的菌株，得到该物种的参考菌株基因组；构建融合基因组：将上述参考菌株基因组打断，去除冗余，重新组装，再将序列重新拼接，得到该物种的融合基因组；组库：重复上述步骤，得到预定物种的融合基因组，汇总，即得病原微生物基因组数据库。该基因组数据库既有准确率高的优点，又具有分析时效短，节约成本的优势。
病原微生物基因组数据库及其建立方法

[发明专利]宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法-CN202210738515.6在审
发明人：丁文超;刘紫丹;周逸文;王江浩;王珺 -专利权人：杭州杰毅医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-06-28 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及宏基因组技术领域，特别是涉及宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法，该方法包含数据获取、基因组过滤、基因组分类、基因组去冗余等步骤，即得病原微生物基因组数据库。该数据库的构建方案和目前市场上存在的方案存在较大差异，首先在保证物种的丰富度的前提下，去除污染序列，低重复序列；并且挑选了物种具有代表性的质量高的Assembly序列作为参考基因组，将剩余基因组进行重新分类然后在参考基因组的基础上对剩余基因组进行去冗余，保留了各个物种的特异性序列。这样即保留了物种基因组的丰富度，又保证了基因组的准确性。
宏基病原微生物基因组数据库及其构建方法

[发明专利]一种估算四倍体物种基因组的二倍化程度的方法-CN201710303803.8有效
发明人：刘琳;郭文浒;肖世俊;陈楠生 -专利权人：武汉菲沙基因信息有限公司
申请日： 2017-05-03 - 公布日： 2020-01-21 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种估算四倍体物种基因组的二倍化程度的方法，其特征在于，包括以下步骤：对所述四倍体物种的基因组进行二代测序，得到四倍体基因组测序数据；将所述四倍体基因组测序数据与二倍体基因组测序数据进行比较，估算所述四倍体物种基因组的二倍化程度，所述二倍体基因组测序数据为所述四倍体物种的近缘二倍体物种基因组的二代测序数据。本发明以分析四倍体基因组二倍化程度为目标的直接分析方法，首次提出了二倍化率的概念用于量化四倍体基因组的二倍化程度，不依赖于目标的基因组序列，具有成本低，速度快，成功率高等优势。
四倍体基因组测序物种基因组二倍体基因组估算物种基因组序列测序数据直接分析测序成功率量化分析

[发明专利]一种物种基因组的启动子查询方法、系统及设备-CN202110822106.X有效
发明人：李宏业;李达伟;黄小龙;黄丹;杨维东 -专利权人：暨南大学
申请日： 2021-07-21 - 公布日： 2021-10-15 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种物种基因组的启动子查询方法、系统及设备，该方法包括获取物种的基因组文件、基因组注释文件和fastq文件；依据基因组注释文件，对基因组文件中的所有基因进行排序处理，得到物种启动子文件；采用hisat2或Trinity软件将fastq文件转换为含有高表达基因的FPKM文件；采用步骤S1至步骤S3得到若干物种的物种启动子文件和FPKM文件，并通过若干物种的物种启动子文件和FPKM文件构建启动子数据库。该物种基因组的启动子查询方法可以在启动子数据库查询所需要的基因的启动子，不限制任意物种的基因启动子的查询，不需要额外借助辅助工具，且查询得到的启动子的准确率高。
一种物种基因组启动子查询方法系统设备

[发明专利]一种花生A基因组物种单染色体特异探针库的构建方法及其应用-CN202211553592.0在审
发明人：杜培;张新友;李晨玉;刘华;付留洋;王倩;秦利;董文召 -专利权人：神农种业实验室
申请日： 2022-12-06 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种花生A基因组物种单染色体特异探针库的构建方法及其应用。该花生A基因组物种单染色体特异探针库的构建方法包括以下步骤：花生A基因组单染色体特异探针库的设计；对寡核苷酸库的寡核苷酸进行探针标记，获得标记上荧光基团的Oligos LS‑8A探针库。本发明利用花生野生种A.duranensis A08染色体序列开发一个可特异性涂染A基因组物种中A染色体的单拷贝寡核苷酸探针库，解决了在染色体水平上准确识别花生A基因组物种以及如何有效区分A基因组和非A基因组物种的问题。
一种花生基因组物种染色体特异探针构建方法及其应用

[发明专利]一种全基因DNA数据的定义方法-CN202310970716.3在审
发明人：夏志强;田阳阳;江思容;赵龙;夏成材;邹枚伶 -专利权人：海南大学三亚南繁研究院;海南大学三亚研究院
申请日： 2023-08-03 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明涉及基因组数据分析技术领域，尤其涉及一种全基因DNA数据的定义方法。包括：获取待测物种的基因组区域文件、参考基因组文件和基因组变异位点文件；基因组变异位点文件通过比对参考基因组文件确定；在基因组区域文件中提取待测物种的基因所在位置的数据信息；通过基因组变异位点文件确定突变位点；对基因组区域文件中的数据信息进行分类；以基因编码区为权重，其他区域按照在所述待测物种的生物过程中发挥的作用和距离所述突变位点的距离由高到低依次打分，距离所述突变位点最近的位置信息的区域记为10分，其他区域内依次递减打分；根据得分对所述待测物种进行定义。
一种基因 dna 数据定义方法

[发明专利]用于宏基因组物种成分及丰度定量的数据处理方法、装置及存储介质-CN202211731264.5在审
发明人：易会广 -专利权人：中国农业科学院深圳农业基因组研究所
申请日： 2022-12-30 - 公布日： 2023-04-14 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：一种用于宏基因组物种成分及丰度定量的数据处理方法、装置及存储介质，应用于数据处理领域。该方法包括：获取宏基因组样本测序数据，并对该宏基因组样本测序数据进行序列降维处理，得到该宏基因组样本测序数据的样本素描；通过利用该样本素描查询物种特异分子标签数据库，确定该宏基因组样本测序数据包含的目标物种及各目标物种的丰度并输出，其中该物种特异分子标签数据库基于相同和/或不同物种的参考基因组数据的参考素描构建。
用于宏基物种成分定量数据处理方法装置存储介质

[发明专利]基于模糊k均值的宏基因组片段聚类方法-CN201410053807.1在审
发明人：刘富;刘云;侯涛;张潇;王珂;康冰;薛建 -专利权人：吉林大学
申请日： 2014-02-18 - 公布日： 2014-07-30 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：一种基于模糊k均值的宏基因组片段聚类方法，属于涉及生物信息学分析技术领域。本发明的目的是在不对宏基因组片段进行组装的条件下，利用宏基因组片段本身的特征，实现宏基因组片段的聚类，从而得出其所包含的物种个数以及各物种丰度比的基于模糊k均值的宏基因组片段聚类方法。本发明的步骤是：宏基因组片段的获取、特征向量的建立、利用模糊k均值方法进行聚类、根据聚类结果计算宏基因组数据中包含的物种个数和物种的丰度比。本发明所述的方法具有直接、方便的特点。
基于模糊均值宏基片段方法

[发明专利]一种基于宏基因组测序的致病真菌基因组survey分析方法-CN202211471217.1在审
发明人：何灵江;雷鸣;王梦琪 -专利权人：苏州元华生物科技有限公司
申请日： 2022-11-23 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及宏基因组技术领域。一种基于宏基因组测序的致病真菌基因组survey分析方法，本发明为解决数据库中公布基因序列的真菌物种比较少，尤其致病真菌稀缺，使得真菌基因组数据缺乏参考序列，无法获得基因大小、GC含量、杂合度、重复序列等信息的问题，本发明利用软件对宏基因组测序得到的致病真菌基因组进行survey分析，实现真菌基因组原始数据的质控、kmer分析、初步组装、组装结果评估，对预估基因组大小、评估基因组杂合度及重复序列、评估测序质量（错误率）、检查样本纯度、区分物种或判断物种间亲缘关系远近进行确定，从而通过一键化的方法快速确定未知致病真菌的背景信息，指导后续快速、高效、准确的获得致病真菌基因组的完成图。
一种基于宏基组测序致病真菌基因组 survey 分析方法

[发明专利]染色体水平基因组的组装方法和组装装置-CN202111649960.7有效
发明人：赵勇;周勋;康玲;陶琳娜;王静 -专利权人：上海诺禾致源医学检验实验室有限公司
申请日： 2021-12-29 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种染色体水平基因组的组装方法和组装装置。该组装方法包括：获取同一物种已知的染色体水平基因组作为参考基因组；将待组装个体的重叠群或支架通过与参考基因组比对，得到对应的坐标信息；根据坐标信息将待组装个体的重叠群或支架挂载到染色体水平，得到待组装个体的染色体水平的基因组对于难以提供Hi‑C数据的物种，通过使用同一物种已发表的染色体水平基因组作为参考基因组，将新测个体的重叠群或支支架水平基因组比对到参考基因组，从而实现将新测个体有参挂载到染色体水平的目的。
染色体水平基因组组装方法装置

[发明专利]多物种未出现k-mer子序列计算和特征分析方法及系统-CN201810207512.3有效
发明人：章乐;肖铭 -专利权人：四川大学
申请日： 2018-03-14 - 公布日： 2019-05-17 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种多物种未出现k‑mer子序列计算和特征分析方法及系统，该方法包括：获取原始的物种全基因组数据，并对物种全基因组数据进行数据预处理，获得全基因组序列预处理数据；基于所述物种全基因组序列预处理数据进行不同k值长度下的未出现k‑mer子序列的计算；对不同的多个物种的全基因组数据，进行多物种之间，相同k值长度下共同未出现k‑mer子序列的计算；基于未出现k‑mer子序列的数据结果，进行长度变量分析、GC含量和该方法能够有效处理多物种全基因组数据，准确计算出未出现k‑mer子序列，并且做有效分析，且有大大提高计算效率。
子序列物种全基因组全基因组序列预处理数据特征分析差异显著性分析数据预处理比例统计长度变量计算效率数据结果有效处理有效分析分析发现

[发明专利]一种批量分析多物种化学计量基因组的方法-CN202110905334.3在审
发明人：张玉娟;朱梦黎 -专利权人：重庆师范大学
申请日： 2021-08-01 - 公布日： 2023-02-07 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种批量分析多物种化学计量基因组的方法。本发明所提供的批量分析多物种化学计量基因组的方法综合运用了Perl脚本语言编程，R脚本语言编程和R语言可视化，基于多个物种基因组数据，批量计算多个基因组的碱基(A、T、C、G)和元素(碳、氢、氧、氮)含量，同时计算每个基因组中各元素平均含量以及可视化展示。实现了批量分析化学计量基因组的数据处理和图形可视化。实验证明，本发明所提供的批量分析多物种化学计量基因组的方法比较系统，效果好，速度快，易实现自动化和流程化。
一种批量分析物种化学计量基因组方法

[发明专利]一种针对超大基因组物种全基因组基因型鉴定的方法与应用-CN202211354321.2在审
发明人：马志岗;常玉晓;刘金栋 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2022-11-01 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供了一种针对超大基因组物种全基因组基因型鉴定的方法与应用。本发明针对超大基因组物种全基因组基因型鉴定的方法包括：对全基因组重测序文库进行限制性内切酶酶切；筛选掉酶切后片段长度小于目标片段长度的文库；对筛选后的文库进行二次限制性内切酶酶切；并以二次酶切后的文库为模板进行PCR扩增，富集目标文库；分选出不含酶切位点的目标长度的文库；进行低覆盖度测序；鉴定基因型。本发明在全基因组重测序文库的基础上，利用反向简化基因组测序和低覆盖度测序策略对超大基因组进行二次简化，约0.03～0.06×的数据即可满足超大基因组物种全基因组基因型鉴定的需要，效率高，成本低。
一种针对超大基因组物种基因型鉴定方法应用

[发明专利]宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备-CN201911416602.4在审
发明人：余珂;乔雪姣;张立羽;谢克聪 -专利权人：余珂
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2020-05-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请适用于生物信息技术领域，一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备，包括：获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。通过上述方法，能够得到质量较高的微生物基因组，进而为后续的基因研究提供了可靠的研究对象。
宏基组装方法装置终端设备

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