[发明专利]病原微生物基因组数据库及其建立方法有效
| 申请号： | 201910779825.0 | 申请日： | 2019-08-22 |
| 公开（公告）号： | CN110473594B | 公开（公告）日： | 2020-05-05 |
| 发明（设计）人： | 许腾;陈文景;李永军;王小锐;苏杭 | 申请（专利权）人： | 广州微远基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B35/10 | 分类号： | G16B35/10 |
| 代理公司： | 广州新诺专利商标事务所有限公司 44100 | 代理人： | 李海恬 |
| 地址： | 510130 广东省广州市高新技术产业开发*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种病原微生物基因组数据库及其建立方法，属于宏基因组技术领域。该方法包括以下步骤：数据获取：获取病原微生物基因组数据；菌株基因组筛选：按照预定筛选规则选取物种菌株基因组；去除质粒序列：去除上述得到的菌株基因组中存在的质粒序列；过滤：按照预定过滤规则，去除标注信息有误、染色体组装不完整，以及分类错误的菌株，得到该物种的参考菌株基因组；构建融合基因组：将上述参考菌株基因组打断，去除冗余，重新组装，再将序列重新拼接，得到该物种的融合基因组；组库：重复上述步骤，得到预定物种的融合基因组，汇总，即得病原微生物基因组数据库。该基因组数据库既有准确率高的优点，又具有分析时效短，节约成本的优势。 | ||
| 搜索关键词： | 病原微生物 基因组 数据库 及其 建立 方法 | ||
【主权项】：
1.一种病原微生物基因组数据库的建立方法，其特征在于，包括以下步骤：/n数据获取：获取病原微生物基因组数据；/n菌株基因组筛选：按照预定筛选规则选取物种菌株基因组；/n去除质粒序列：去除上述得到的菌株基因组中存在的质粒序列；/n过滤：按照预定过滤规则，去除标注信息有误、染色体组装不完整，以及分类错误的菌株，得到该物种的参考菌株基因组；/n构建融合基因组：将上述参考菌株基因组打断，得到序列集，将上述序列集中的序列通过比较去除冗余，再对非冗余数据集进行组装得到重新组装的基因组，并过滤低质量的Contigs，根据长度将Contigs从大到小重新拼接，得到该物种的融合基因组；/n组库：重复上述步骤，得到预定物种的融合基因组，汇总，即得病原微生物基因组数据库。/n
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