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[发明专利]一种基因组酶切图谱拼接方法及系统-CN201510346396.X有效
发明人：卜东波;许情;陈挺;孙世伟;李帅成;刘兴武;张仁玉;王超 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2015-06-19 - 公布日： 2018-03-30 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。
一种基因组图谱拼接方法系统

[发明专利]一种基因组的组装方法及装置-CN201811068666.5有效
发明人：郑洪坤;刘福;刘敏;李绪明;邓德晶;刘东源 -专利权人：北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2018-09-13 - 公布日： 2022-03-18 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供一种基因组的组装方法及装置，所述方法包括：获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；根据所述基因组和所述比对信息进行基因组组装；若判断获知组装结果未达到预设条件，对所述组装结果进行分区域聚类处理本发明实施例提供的基因组的组装方法及装置，通过将未达到预设条件的组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装，能够提高基因组组装通用性和准确性。
一种基因组组装方法装置

[发明专利]一种PRRSV基因组全长cDNA质粒、PRRS病毒及其构建方法和应用-CN202210770868.4在审
发明人：陈瑞爱;温良海;张古月;黄梅 -专利权人：肇庆大华农生物药品有限公司;华农（肇庆）生物产业技术研究院有限公司
申请日： 2022-06-30 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：本发明公开了一种PRRSV基因组全长cDNA全长质粒、PRRS病毒及其构建方法和应用，属于生物技术领域，以PBR322作为基础载体，包括PRRSV基因组全长cDNA序列和CMV启动子序列，bGH poly(A)signal序列，CMV启动子序列设置在PRRSV基因组全长cDNA序列的上游，bGH poly(A)signal序列设置在PRRSV基因组全长cDNA序列的下游，PRRSV基因组全长cDNA全长质粒为该PRRSV基因组全长cDNA全长质粒保真度高，构建便捷效率高。
一种 prrsv 基因组全长 cdna 质粒 prrs 病毒及其构建方法应用

[发明专利]杂合基因组处理方法-CN201410137420.4有效
发明人：詹东亮 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2014-04-04 - 公布日： 2017-09-19 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种杂合基因组处理方法，其包括采用全基因组鸟枪法对目标物种进行至少200倍的超高深度测序，以获得有效的读长短序列Reads；对所述有效的Reads执行组装和构建支架序列Scaffold，以获得带有冗余序列的基因组图谱；对所述带有冗余序列的基因组图谱执行杂合识别处理，从而去除杂合区域中冗余的Scaffold并保留杂合区域信息以获得全基因组图谱。通过本发明的方法实现了快速组装成完整高质量的杂合基因组图谱，缩短了绘制周期和成本。
基因组处理方法

[发明专利]一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝数变异的方法-CN201810018807.6有效
发明人：苏哲;倪晓晖;高妍;白凡 -专利权人：北京大学
申请日： 2018-01-09 - 公布日： 2020-12-22 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公布了一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝数变异的方法。对肿瘤单细胞以及多个正常组织单细胞分别进行基因组测序，与参考基因组比对，划分窗口和标准化窗口数据；通过正常单细胞对照作为去除系统性偏差的标准，获得肿瘤单细胞所有区间的基因组拷贝数。本发明方法消除了不同单细胞扩增技术引入的一些特定的系统偏差，提高肿瘤单细胞基因组拷贝数变异检测的精确度，对检测拷贝数异常相关的驱动事件以及解读肿瘤基因组演化信息有着重要的意义。
一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝变异方法

[发明专利]一种依据遗传背景的微营养素矫正人基因组损伤的方法-CN201510546025.6在审
发明人：汪旭;倪娟;梁子卿;薛京伦 -专利权人：云南师范大学
申请日： 2015-08-31 - 公布日： 2015-12-30 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明为一种依据遗传背景的微营养素矫正人基因组损伤的方法，属于营养基因组学和医学遗传学应用技术领域；本方法采集个体外周血，检测血液叶酸、血清VB12和Hcy水平，抽提核DNA，结合MTHFR C677T和A1298C基因型和个体的基因组损伤状况，依据各种血液微营养素维护基因组稳定的参考值(红细胞叶酸高于700nM、血清叶酸高于34nM、血清VB12高于300pM，以及血清Hcy低于8μM)，对基因组高损伤个体给予微营养素干预建议，以矫正个体的遗传损伤，进而维护基因组稳定性；本策略有利于预防心血管疾病，降低基因组损伤相关疾病危险度。
一种依据遗传背景营养素矫正基因组损伤方法

[发明专利]一种真核生物CRISPR/Cas9全基因组编辑细胞文库及构建方法-CN202010378946.7在审
发明人：马三垣;常珈菘;夏庆友 -专利权人：西南大学
申请日： 2020-05-07 - 公布日： 2020-08-18 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：本发明涉及一种真核生物CRISPR/Cas9全基因组编辑细胞文库及构建方法。本发明利用piggyBac转座子系统递送法构建真核生物CRISPR/Cas9全基因组编辑细胞文库，先将CRISPR/Cas9全基因组编辑系统构建到piggyBac转座子载体上，然后稳定转染细胞，筛选获得稳定表达CRISPR/Cas9文库的细胞系，再进行功能基因组筛选。本发明将Cas9蛋白表达框和sgRNA表达框整合到了同一个表达载体上，能够在从低等动物如昆虫到高等动物如哺乳动物等大多数真核生物中高效构建全基因组敲除细胞库。能够高效的在各种真核生物中实现全基因组编辑，可以高通量的在全基因组水平筛选功能基因。
一种生物 crispr cas9 基因组编辑细胞文库构建方法

[发明专利]测序序列的处理方法及装置、存储介质、电子设备-CN202110733835.8在审
发明人：岳伟 -专利权人：南京医基云医疗数据研究院有限公司
申请日： 2021-06-30 - 公布日： 2021-08-31 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本公开是关于一种测序序列的处理方法及装置、存储介质、电子设备，涉及基因测序技术领域，该方法包括：根据目标病毒参考基因组序列、其他近源病毒参考基因组序以及目标病毒的宿主参考基因组序列，列构建目标参考基因组序列；将待处理测序序列比对到目标参考基因组序列中，得到比对结果，并对比对到目标病毒参考基因组序列上的待处理测序序列进行排序，得到排序结果；根据排序结果以及比对结果计算待处理测序序列的唯一比对数据；根据唯一比对数据计算待处理测序序列在不同测序深度下，在目标病毒参考基因组序列中的覆盖比例，并根据覆盖比例确定与待处理测序序列对应的目标对象是否为确诊患者。
序列处理方法装置存储介质电子设备

[发明专利]CPF1内切核酸酶用于植物基因组修饰的用途-CN201780037422.8在审
发明人： A.M.希甘;V.德约坎维奇;J.K.杨 -专利权人：先锋国际良种公司
申请日： 2017-05-31 - 公布日： 2019-02-05 - 主分类号： C12N9/22 文献下载
摘要：提供了用于以下的组合物和方法：植物或植物细胞的基因组中靶序列的基因组修饰、植物或植物细胞的基因组中核苷酸序列的基因组编辑、和/或将目的多核苷酸插入植物的基因组中或使目的多核苷酸从植物的基因组中缺失。所述方法和组合物采用指导多核苷酸/Cpf1内切核酸酶系统，以提供用于修饰或改变植物、植物细胞或种子的基因组内的靶序列的有效系统。还提供了指导多核苷酸/Cpf1内切核酸酶复合物、指导多核苷酸、植物优化的Cpf1内切核酸酶序列、包含植物优化的Cpf1内切核酸酶基因的重组DNA构建体、及其组合。
基因组内切核酸酶多核苷酸植物或植物细胞靶序列修饰重组DNA构建体核苷酸序列基因组修饰植物基因组有效系统植物细胞复合物优化基因

[发明专利]一种单细胞DNA文库的构建方法-CN201811041751.2有效
发明人：王雨舟;吴靓;赵至坤;厉磊;徐礼钦;刘石平 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2018-09-07 - 公布日： 2023-08-15 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明公开的单细胞DNA文库的构建方法包括：利用转座酶复合体打断单细胞基因组DNA，得到片段化基因组，利用片段化基因组构建单细胞全基因组文库；转座酶复合体包括转座酶和转座酶接头，转座酶接头由名称分别为A本发明方法可以利用皮克级别的单细胞基因组DNA构建单细胞全基因组文库，且基因组覆盖均一性、覆盖度和测序深度高，适合于扩大规模实现高通量的单细胞扩增。
一种单细胞 dna 文库构建方法

[发明专利]一种基于宏基因组的人腺病毒分子分型和溯源方法及系统-CN202110082315.5有效
发明人：夏涵 -专利权人：予果生物科技（北京）有限公司;西咸新区予果微码生物科技有限公司;予果智造科技（北京）有限公司
申请日： 2021-01-21 - 公布日： 2021-09-10 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于宏基因组的人腺病毒分子分型和溯源方法及系统，其方法包括：构建包含分型层级分类系统的人腺病毒分型数据库，获取人腺病毒的分类单元和完整基因组/标记基因序列，确定人腺病毒每个分类单元的完整基因组/标记基因序列，获取临床样本的宏基因组测序原始数据，对其进行预处理获得目标宏基因组数据，利用预设宏基因组测序数据双重比对注释系统分析目标宏基因组数据，确定所述临床样本是否有目标人腺病毒分类单元，当确定临床样本中有目标人腺病毒分类单元时能够对病毒含量偏低的临床感染样本进行人腺病毒的分类单元(亚型/基因型)分型鉴定。
一种基于宏基病毒分子溯源方法系统

[发明专利]使用成对向导RNA进行靶向遗传修饰的方法和组合物-CN202110716022.8在审
发明人：安德鲁·J.·墨菲;大卫·弗伦杜威;卡曼·维纳斯·莱;沃基特克·奥尔巴赫;古斯塔沃·德罗格特;安东尼·加戈利亚地;大卫·M.·巴伦苏埃拉;维拉·佛洛妮娜;林恩·麦克唐纳;乔治·D.·扬科波洛斯 -专利权人：瑞泽恩制药公司
申请日： 2015-11-20 - 公布日： 2021-09-28 - 主分类号： C12N15/90 文献下载
摘要：本文提供了用于形成和促进对细胞内基因组的双等位基因靶向修饰以及用于产生具有经修饰的基因组的非人类动物的组合物和方法。本文还提供了用于将对于等位基因而言为杂合的细胞内的基因组修饰变成对于该等位基因而言为纯合的组合物和方法。所述方法利用Cas蛋白和两种或更多种靶向同一基因组靶基因座内不同位置的向导RNA。本文还提供了鉴定具有经修饰的基因组的细胞的方法。
使用成对向导 rna 进行靶向遗传修饰方法组合

[发明专利]使用成对向导RNA进行靶向遗传修饰的方法和组合物-CN201580063428.3有效
发明人：安德鲁·J.·墨菲;大卫·弗伦杜威;卡曼·维纳斯·莱;沃基特克·奥尔巴赫;古斯塔沃·德罗格特;安东尼·加戈利亚地;大卫·M.·巴伦苏埃拉;维拉·佛洛妮娜;林恩·麦克唐纳;乔治·D.·扬科波洛斯 -专利权人：瑞泽恩制药公司
申请日： 2015-11-20 - 公布日： 2021-07-16 - 主分类号： C12N15/90 文献下载
摘要：本文提供了用于形成和促进对细胞内基因组的双等位基因靶向修饰以及用于产生具有经修饰的基因组的非人类动物的组合物和方法。本文还提供了用于将对于等位基因而言为杂合的细胞内的基因组修饰变成对于该等位基因而言为纯合的组合物和方法。所述方法利用Cas蛋白和两种或更多种靶向同一基因组靶基因座内不同位置的向导RNA。本文还提供了鉴定具有经修饰的基因组的细胞的方法。
使用成对向导 rna 进行靶向遗传修饰方法组合

[发明专利]一种分析转基因植物中DNA整合信息的方法及用途-CN202210384790.2在审
发明人：周焕斌;李少芳 -专利权人：中国农业科学院植物保护研究所
申请日： 2022-04-13 - 公布日： 2022-07-12 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明属于生物信息处理领域，公开了分析转基因植物中DNA整合信息的方法及用途，包括如下步骤：将转基因植物的基因组测序序列分别与植物的基因组序列和转基因载体序列对比，筛选比对到植物基因组和转基因载体序列的SCR；根据SCR对比位置将SCR分组；每个SCR分组中每条SCR未被比对的序列部分按照序列长度从长到短排列，如果短序列出现在长序列中，则短序列与长序列属于一个SCR亚组；每个SCR亚组中最长的未比到转基因载体的序列部分精确比对植物基因组和转基因载体序列，根据SCR亚组比对到转基因载体和植物基因组的信息获得转基因插入位点信息。本发明的方法可以评估转基因植物多种插入情形等插入片段分子特征。
一种分析转基因植物 dna 整合信息方法用途

[发明专利]染色质的3D组织和转录活动的基因组规模成像-CN202080087114.8在审
发明人：庄小威;B·宾图;S·S·金若特;郑璞;苏俊翰 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2020-12-18 - 公布日： 2022-09-06 - 主分类号： C12Q1/6816 文献下载
摘要：本发明一般涉及基因组学。一些实施方案涉及在序列空间中以高通量对基因组或基因组的一部分的3D组织进行成像。一些实施方案涉及在转录活动和核结构的背景下对基因组或基因组的一部分的3D组织进行成像。此外，各种实施方案涉及允许在核结构和转录活动的背景下对基因组或基因组的一部分的3D组织进行作图的成像方法。一些实施方案涉及用于在染色体或基因组规模上对染色质基因座和/或新生RNA转录物进行成像的大规模多重荧光原位杂交方法。
染色质组织转录活动基因组规模成像