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[发明专利]基因型信息获取方法、育种方法、装置、设备和介质-CN202310237142.9在审
发明人：刘毓文;郑伟刚;马文龙;王超 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2023-03-02 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因型信息获取方法、育种方法、装置、设备和介质；其中基因型信息获取方法包括：获取目标物种的多个测序样本的基因数据；获取目标物种的模板参考基因组数据；将每个测序样本的基因数据与所述模板参考基因组数据进行比对，获取每个测序样本的样本基因组信息；获取目标物种的参考群体基因型信息；根据所述参考群体基因型信息对每个测序样本的样本基因组信息进行基因填充，得到对应的样本基因组已填充基因型信息；对所述参考群体基因型信息进行基因填充，得到参考群体填充基因型信息；根据所述参考群体填充基因型信息对每个测序样本的样本基因组已填充基因型信息进行基因填充，得到每个测序样本的目标基因型信息。
基因型信息获取方法育种装置设备介质

[发明专利]一种基因组DNA室温保存卡及其制作方法与应用-CN202011618073.9在审
发明人：朱伟;雷琪;周亮 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2020-12-30 - 公布日： 2021-04-16 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因组DNA室温保存卡及其制作方法与应用，属于生物技术领域。所述的基因组DNA室温保存卡，包括具有液体吸收性能的介质和细胞保存液体预混剂。本发明的基因组DNA室温保存卡，能在室温下长期确保基因组DNA结构的完整性和理化性质的稳定性、避免基因组信息的丢失或变化；还可延长基因组样本在室温下的储存时间及实现远距离运输。本发明所涉及基因组DNA长期常温保存及提取方法可为体细胞的突变监测，疾病预防和疾病治疗提供有力保障。
一种基因组 dna 室温保存及其制作方法应用

[发明专利]一种用于土蜂线粒体基因组拼接及注释方法-CN202211720158.7在审
发明人：姚余江;李廷景 -专利权人：重庆师范大学
申请日： 2022-12-30 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开一种用于土蜂线粒体基因组拼接及注释方法，包括以下步骤：样本采集：1）样本采集：采集土蜂用于提取总DNA；2）总DNA的提取与文库构建；3）线粒体基因组的测序与组装；4）采用Illumina高通量测序平台进行文库DNA测序；5）线粒体基因组的组装与注释；6）将测定的土蜂线粒体基因组进行系统衍化关系的分析。本发明极大节省了时间与人力成本，可快速、大批量开展线粒体及其它细胞器基因组测定工作；可获得完整的土蜂线粒体全基因组数据，从而对土蜂线粒体基因组进行系统和全面的系统衍化关系的分析。
一种用于土蜂线粒体基因组拼接注释方法

[发明专利]一个杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片及其制备方法和应用-CN202310730572.4在审
发明人：张代坚;邓玲香;王希斌;张瑞锋;黄珍;何耀棋;卓红光;覃玉凤;彭文清;郑桂华 -专利权人：河源兴泰农牧股份有限公司;广东艾佩克科技有限公司
申请日： 2023-06-19 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一个杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片，包括11258个SNP位点。所述杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片上的SNP位点在杜洛克猪基因组上均匀分布，可以有效地覆盖基因组效应区域，保证了低密度芯片的基因组预测效力，更能保证利用所述杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片填充后的高密度芯片具有同等的遗传评估能力，对于产业化应用低密度SNP芯片，全面发展猪基因组遗传育种具有推动型作用，大幅度提高猪选育的准确性，加快杜洛克种猪育种的遗传进展。
一个洛克基因组密度 snp 芯片及其制备方法应用

[发明专利]一种单细胞全基因组测序文库的构建方法-CN202310609812.5在审
发明人：刘一凡;张蓉;李婕 -专利权人：上海科技大学
申请日： 2023-05-26 - 公布日： 2023-08-22 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种单细胞基因组测序文库的构建方法，所述的构建方法包括如下步骤：所述的构建方法包括如下步骤：1)提供微腔室，所述微腔室包含单细胞的全基因组DNA；2)在所述微腔室内，加入携带有索引条形码的随机引物和扩增试剂进行扩增，得到含有索引条形码的全基因组扩增产物；3)纯化，得到所述单细胞全基因组测序文库。本发明在单细胞全基因组扩增的过程中，引入细胞特异性条形码序列，在实现单细胞全基因组扩增的同时，给每个单细胞全基因组扩增产物标识上细胞特定的识别索引条形码，后续连接上接头进行三代测序，可以实现单倍型分辨率的复杂基因组组装和宏基因组的组装
一种单细胞基因组序文构建方法

[发明专利]一种基于机器学习识别基因组序列分类错误的方法和系统-CN202211537778.7有效
发明人：陈燕君;王涛;肖姗姗 -专利权人：杭州瑞普基因科技有限公司;杭州瑞普医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-12-01 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于机器学习识别基因组序列分类错误的方法和系统，属于生物信息学技术领域。本发明还公开了一种构建用于识别组装基因组分类错误的机器学习模型的方法，包括以下步骤：获得多个有参考基因组的物种的组装基因组序列；将各组装基因组序列随机生成reads，并打断得到contigs序列集；将reads与各contigs序列集进行比对，获取各contig每个位置的比对参数，构建特征数据集；利用所有组装基因组序列的特征数据集及其分类是否错误的信息构建机器学习模型。利用本发明的方法和系统，可以准确判断组装基因组序列分类是否正确，删除分类错误的组装基因组后，利用剩余的高质量组装基因组序列作为参考数据库时，在实际样本检测中，能够有效降低检出假阳性。
一种基于机器学习识别基因组序列分类错误方法系统

[发明专利]工程化的CRISPR-Cas9核酸酶-CN202210550934.7在审
发明人： J·K·乔昂格;B·克莱因斯蒂弗;V·派特塔那雅克 -专利权人：通用医疗公司
申请日： 2016-08-26 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： C12N9/22 文献下载
摘要：披露了具有改进的特异性的工程化CRISPR‑Cas9核酸酶及其在基因组工程、表观基因组工程、基因组靶向、和基因组编辑中的用途。
工程 crispr cas9 核酸酶

[发明专利]普氏菌属和弗朗西斯氏菌属的CRISPR1(Cpf1)的变体-CN201780059001.5在审
发明人： J·K·乔昂格;B·克莱因斯蒂弗 -专利权人：通用医疗公司
申请日： 2017-07-25 - 公布日： 2019-05-21 - 主分类号： C12N9/22 文献下载
摘要：靶特异性改变及改善的工程化的普氏菌属和弗朗西斯氏菌属的CRISPR 1(Cpf1)核酸酶及其在基因组工程、表观基因组工程、基因组靶向、基因组编辑和体外诊断中的用途。
弗朗西斯氏菌基因组工程基因组菌属靶特异性体外诊断工程化核酸酶靶向变体

[发明专利]一种利用液相捕获进行大黄鱼基因组基因分型的方法-CN201610544624.9有效
发明人：肖世俊;刘洋;王志勇 -专利权人：集美大学
申请日： 2016-07-12 - 公布日： 2019-12-31 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用液相捕获进行大黄鱼基因组基因分型的方法，包括以下步骤：对大黄鱼进行全基因组重测序，并进行大黄鱼全基因组SNP/InDel挖掘，提供高质量的SNP标记位点；筛选利用大黄鱼的全基因组重测序挖掘到的SNP标记，用于设计探针；利用大黄鱼的全基因组构建大黄鱼基因组文库；利用液相捕获大黄鱼基因组片段；对捕获大黄鱼基因组片段进行高通量测序与SNP/InDel基因分型。本发明有效地避免了全基因简化基因组分型技术可能导致的标记密度不均匀和大部分来自非编码区标记的问题。
一种利用捕获进行大黄鱼基因组基因方法

[发明专利]合成的基因组-CN202080035720.5在审
发明人： J·弗雷登斯;王开航;D·德拉托尔;L·F·H·芬克;W·E·罗伯森;J·W·钦 -专利权人：英国研究与创新署;斯卡拉布基因组有限责任公司
申请日： 2020-05-14 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供了包含一个或多个有义密码子的5次或更少次出现的合成的原核基因组；和/或衍生自亲本基因组的合成的原核基因组，其中相对于亲本基因组,所述合成的原核基因组包含一个或多个有义密码子的小于10％、5％、2％、1％、0.5％、0.1％的出现；和/或包含不出现一个或多个有义密码子的100个或更多个、200个或更多个、或1000个或更多个基因的合成的原核基因组。
合成基因组

[发明专利]一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法-CN201510077296.1有效
发明人：赵兴波 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2015-02-13 - 公布日： 2017-11-21 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种快速检测不同品种猪线粒体基因组多态位点的方法，包括如下步骤步骤1，线粒体基因组覆盖引物设计；步骤2，NUMT排查；步骤3，基因组混池构建；步骤4，PCR扩增、DNA测序、序列拼接和SNP分析本发明所述的方法，运用全基因组测序策略，采用DNA混池测序技术，建立了一整套线粒体基因组多态的分析方法，既排除了NUMT对线粒体基因多态分析的潜在干扰，获得真实的线粒体基因组多态信息，又能高效、便捷地获得品种内
一种快速检测不同品种线粒体基因组多态位点方法

[发明专利]癌症基因组Hi-C数据仿真方法、装置和电子设备-CN202010447104.2有效
发明人：陈河兵;洪浩;李昊;江帅;杜桂芳;陶欢;孙昱;王军婷;许康;伯晓晨 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2020-05-25 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B5/20 文献下载
摘要：本申请实施例提供了一种癌症基因组Hi‑C数据仿真方法、装置和电子设备，涉及基因组学技术领域。该方法可通过指定的变异方式，模拟癌症基因组的染色体结构变异，以交互频率矩阵和参考酶切片段的基因信息作为模板，结合所述染色体结构变异特征得到所述癌症基因组的仿真Hi‑C数据，支持模拟染色体多种变异情况，可反映癌症基因组不同位置的互作特征，从而提高了对癌症基因组Hi‑C数据进行仿真的准确性。
癌症基因组 hi 数据仿真方法装置电子设备

[发明专利]宏基因组的基因分析方法、装置、设备及存储介质-CN201710838808.0有效
发明人：郭宁;魏彦杰;张慧玲;葛健秋;滕彦宁 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2017-09-18 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明适用计算机科学与生物信息学交叉的技术领域，提供了一种宏基因组的基因分析方法、装置、设备以及存储介质，该方法包括：对接收的每组测序数据进行筛选和组装，生成测序数据对应的组装数据，通过对组装数据进行基因预测，生成每组测序数据的预测基因，根据预测基因构建基因字典，根据基因字典中每条基因的丰度对基因字典进行聚类，根据聚类后的基因簇对筛选后的每组测序数据进行分类和组装，生成并输出宏基因组的基因，从而在没有现有生物基因作为参考基因组的情形下，实现宏基因组的基因分析，避免了参考基因组带来的局限性，并有效地提高了宏基因组基因分析的准确度。
宏基基因分析方法装置设备存储介质

[发明专利]筛选改良载体的方法-CN00807880.7无效
发明人： A·J·金斯曼;J·斯林斯比;M·雅普 -专利权人：牛津生物医学(英国)有限公司
申请日： 2000-05-22 - 公布日： 2002-06-12 - 主分类号： C12N15/86 文献下载
摘要：提供筛选具有改良包装效能的改良逆转录病毒基因组的方法,该方法包括(a)向含有包装信号的逆转录病毒基因组导入一个或多个随机突变;(b)向表达包装逆转录病毒基因组所需多肽的宿主细胞导入该诱变的逆转录基因组;(c)与含有非－突变包装信号的逆转录病毒基因组相比,测定在该细胞中的包装效能是否得以改良;(d)筛选具有改良包装效能的病毒基因组。
筛选改良载体方法

[发明专利]一种植物线粒体基因组编码环状RNA的识别算法-CN202210276265.9在审
发明人：张亚锋;廖珣;常冯瑞 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2022-03-21 - 公布日： 2022-07-05 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种植物线粒体基因组编码环状RNA的识别算法。本发明所建立的MeCi识别方法根据植物线粒体基因组的特点设计，使用blast工具将RNA‑seq数据比对到参考基因组，得到比对结果文件；将比对结果文件中的数据进行序列特征筛选获得候选circRNA；对候选circRNA进行条件筛选获得植物线粒体基因组编码环状RNA。通过使用MeCi对玉米和拟南芥的转录组数据分析可以获得现有技术检测不到的新预测线粒体基因组编码circRNA。实验证据表明，新预测的线粒体基因组编码circRNA具有较高的可信度，MeCi优于现有方法，可以有效识别植物线粒体基因组编码circRNA。
一种植物线粒体基因组编码环状 rna 识别算法

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