[发明专利]一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用

权利要求书

1.一种检测与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记的试剂在预测水稻品种直链淀粉含量中的应用，其特征在于，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，所述SNP1为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或T；所述SNP2为如SEQID No.2所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或A；所述单倍型分子标记按SNP1、SNP2为GA基因型时，对应的水稻为具有大于25%的直链淀粉含量性状的水稻；当所述单倍型分子标记按SNP1、SNP2为GG基因型时，对应的水稻为具有20%-25%直链淀粉含量性状的水稻；当所述单倍型分子标记按SNP1、SNP2为TG基因型时，对应的水稻为具有小于20%直链淀粉含量性状的水稻。

2.鉴定待测水稻直链淀粉含量的方法，其特征在于，检测待测水稻基因组中权利要求1中所述的与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记的基因型，根据基因型判断所述待测水稻的直链淀粉含量：

若所述待测水稻基因组中与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记按SNP1、SNP2为GA基因型，则该待测水稻为具有大于25%的直链淀粉含量性状的水稻；

若所述待测水稻基因组中与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记按SNP1、SNP2为GG基因型，则该待测水稻为具有20%-25%直链淀粉含量性状的水稻；

若所述待测水稻基因组中与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记按SNP1、SNP2为TG基因型，则该待测水稻为具有小于20%直链淀粉含量性状的水稻。

3.选育具有大于25%的直链淀粉含量性状的水稻的方法，其特征在于，检测待测水稻基因组中权利要求1中所述的与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记的基因型，选择按SNP1、SNP2为GA基因型的待测水稻。

4.选育具有20%-25%直链淀粉含量性状的水稻的方法，其特征在于，检测待测水稻基因组中权利要求1中所述的与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记的基因型，选择按SNP1、SNP2为GG基因型的待测水稻。

5.选育具有小于20%直链淀粉含量性状的水稻的方法，其特征在于，检测待测水稻基因组中权利要求1中所述的与直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记的基因型，选择按SNP1、SNP2为TG基因型的待测水稻。