本发明公开了一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，所述SNP1为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或T；所述SNP2为如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或A。本发明方案有助于水稻品种的选育，对提升水稻品质，培育高品质的水稻进行商业育种具有重要意义。
本发明公开了一种用于检测水稻碱消值的功能基因的单倍型SNP分子标记及检测方法，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，所述SNP1为如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列，该序列的第100bp位置是G或A；所述SNP2为如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，该序列的第2575bp位置是T或C。本发明方案水稻碱消值相关的单倍型SNP分子标记，可以实现水稻高碱消值种质资源的快速筛选，也可以用于水稻品种碱消值的分子标记辅助选择育种和定向改良，具有重大的商业价值。
本发明提供水稻育性恢复基因辅助育种分子标记，所述分子标记是分别与水稻育性恢复基因Rf3及Rf4共分离的SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01。标记RSRF30121检测水稻第1号染色体5606898位碱基，标记FRF4‑10‑01检测水稻第10号染色体18838172位碱基；基于KASP技术开发的标记RSRF30121的引物序列如SEQ ID NO:1‑3所示；基于KASP技术开发的标记FRF4‑10‑01的引物序列如SEQ ID NO:4‑6所示。本发明还提供SNP标记RSRF30121、FRF4‑10‑01在水稻育性恢复基因辅助选择育种中的应用。采用本发明的标记组合能够快速鉴定水稻是否含有育性恢复基因，对促进Rf3和Rf4育性恢复基因在商业化育种中的应用具有重要意义。
