[发明专利]MHC区域的探针组合物、试剂盒及测序方法

说明书

本发明提供了公开了一种MHC区域的探针组合物、试剂盒及测序方法，该一种探针组合物，其具有以下特征：1)所述探针组合物用于检测MHC区域，且检测的MHC区域长度不低于1kb；2)包含多个探针，所述多个探针均匀覆盖MHC区域，且每两个相邻探针在与所述MHC区域结合时，覆盖位点平均具有不多于10bp的重叠区域，或者平均间隔为1bp～4kb；3)所述探针组合物覆盖MHC区域全长。该探针组合物、试剂盒及测序方法能够快速、准确，且经济实用地对MHC区域进行测序。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种MHC区域的探针组合物、试剂盒及测序方法。

背景技术

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)是一组编码主要组织相容性抗原的基因群的统称，具有控制细胞间相互识别、调节免疫应答的生理功能。人MHC区域位于6号染色体上(6p21.31)的位置。该区域具有高基因密度、高多态性、高度的连锁不平衡等遗传特性。准确的单倍体分型能更好解读基因型与表型(包括疾病)之间的关系。已经发现很多疾病与MHC相关，比如：强直性脊椎炎、赖特尔氏综合征、急性前葡萄膜炎、青少年风湿性关节炎、乳糜泻、突眼性甲状腺肿、重症肌无力、疱疹性皮炎等。还有许多疾病推测与MHC相关，有待深入细致的研究。

传统基于聚合酶链式反应等分型方法存在分辨率低、无法获得单体型结果以及新等位基因信息等诸多问题。二代测序技术(NGS)因其读长短而很难准确获得单体型结果。三代全基因组测序reads(读长)长度能够满足单体型分析要求，但是目前成本昂贵，不适合一线临床推广。因此，MHC领域迫切需要建立一种快速、准确，且经济实用的长reads检测方法，以满足临床需求。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的是提出一种MHC区域的探针组合物、试剂盒及测序方法，该探针组合物、试剂盒及测序方法能够快速、准确，且经济实用地对MHC区域进行测序。

基于上述目的，本发明的第一方面提供了一种探针组合物，其中：

1)所述探针组合物用于检测MHC区域，且检测的MHC区域长度不低于1kb；

2)包含多个探针，且每两个相邻探针在与所述MHC区域结合时，覆盖位点平均具有不多于10bp的重叠区域，或者平均间隔为1bp～4kb；优选地，每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为500bp～2kb；更优选地，每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为900～1100bp；

3)所述探针组合物覆盖MHC区域全长；

优选地，所述MHC区域的种属来源于动物；

更优选地，所述MHC区域的种属来源于灵长类动物；

进一步优选地，所述MHC区域的种属来源于人。

在本发明的优选的实施方案中，其中：

i)所述探针组合物中的探针的核酸序列与MHC区域互补配对；且

ii)所述探针组合物包含选自下列分组中的一组：

I组：捕获MHC区域全长的一部分探针；

II组：捕获MHC区域全长的另一部分探针；

优选地，所述探针组合物还包含与固相所结合的标记；

更优选地，所述标记选自生物素、抗生物素蛋白、抗体和化学偶联剂中的一种；

进一步优选地，所述标记为生物素。