[发明专利]MHC区域的探针组合物、试剂盒及测序方法

权利要求书

1.一种探针组合物，其中：

1)所述探针组合物用于检测MHC区域，且检测的MHC区域长度不低于1kb；

2)包含多个探针，且每两个相邻探针在与所述MHC区域结合时，覆盖位点平均具有不多于10bp的重叠区域，或者平均间隔为1bp～4kb；优选地，每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为500bp～2kb；更优选地，每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为900～1100bp；

3)所述探针组合物覆盖MHC区域全长；

优选地，所述MHC区域的种属来源于动物；

更优选地，所述MHC区域的种属来源于灵长类动物；

进一步优选地，所述MHC区域的种属来源于人。

2.权利要求1所述的探针组合物，其中：

i)所述探针组合物中的探针的核酸序列与MHC区域互补配对；且

ii)所述探针组合物包含选自下列分组中的一组：

I组：捕获MHC区域全长的一部分探针；

II组：捕获MHC区域全长的另一部分探针；

优选地，所述探针组合物还包含与固相所结合的标记；

更优选地，所述标记选自生物素、抗生物素蛋白、抗体和化学偶联剂中的一种；

进一步优选地，所述标记为生物素。

3.一种MHC区域的测序方法，其包括以下步骤：

1)将待测样品中的基因组DNA打断为多个核酸片段并扩增构建DNA文库；

2)使用权利要求1或2所述的探针组合物在所述DNA文库中捕获能够与所述探针组合物中的多个探针特异性结合的MHC区域；

3)对所述MHC区域进行测序。

4.根据权利要求3所述的测序方法，其中，所述构建DNA文库的方法包括：

将所述核酸片段进行末端修复后连接接头序列，以所述接头序列为模板设计引物进行PCR扩增；

优选地，所述核酸片段的长度为2-10kb；

更优选地，所述核酸片段的长度为4.5～5.5kb。

5.根据权利要求3所述的测序方法，其中，所述捕获发生在固相载体上；

优选地，所述固相载体为富集颗粒，所述富集颗粒包被有生物素或亲和素；

更优选地，所述富集颗粒为磁珠。

6.根据权利要求3所述的测序方法，其中，对所述MHC区域进行测序之前，先对所述MHC区域进行扩增。

7.根据权利要求3所述的测序方法，其中，所述测序为三代测序；

优选地，所述三代测序采用PacBio Sequel、PromethION、MinION、GridION平台进行。

8.一种用于MHC区域测序的试剂盒，其包括权利要求1或2所述的探针组合物；

优选地，所述试剂盒还包括权利要求5所述的固相载体、接头序列、用于与所述接头序列结合并扩增核酸片段的引物、DNA提取体系、PCR反应缓冲液、无核酸酶的水、DNA聚合酶、分子量marker、靶序列洗脱液、末端修复酶、末端修复缓冲液、DNA连接酶中的一种或多种。

9.权利要求1或2所述的探针组合物或权利要求8所述的试剂盒在检测人MHC区域变异中的应用；

优选地，所述人MHC区域变异包括插入、缺失、复制、倒位、易位或SNP。

10.权利要求1或2所述的探针组合物或权利要求8所述的试剂盒在制备人免疫系统疾病诊断试剂中的应用。