本发明公开了与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离的InDel分子标记及其应用，属于蔬菜分子标记辅助育种领域。该InDel分子标记包括序列如SEQ IDNO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物。该InDel分子标记在黄瓜分子标记辅助育种过程中与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离，该标记扩增的杂合带型对应为温度敏感型长下胚轴类型植株。通过InDel分子标记对黄瓜植株在苗期进行基因分型，依据分型结果对各单株高温下下胚轴长度进行预判，即可在苗期进行分子标记辅助选择来提高育种效率。
本发明公开一种绿豆InDel分子标记检测引物组及其应用，属于植物分子标记技术；所述绿豆InDel分子标记检测引物组均匀分布于11条染色体上，引物组序列如SEQ ID NO.1‑1794所示，所述绿豆InDel分子标记检测引物组数量丰富、多态性高、遗传稳定且重复性好，可用较简捷的琼脂糖电泳检测，大大提高了效率；本发明还公开了所述InDel分子标记的试剂盒与检测方法，该方法简捷，成功率高，且能避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊的问题
本发明“与黄瓜长下胚轴基因lh1连锁的Indel标记及其引物、试剂盒与应用”，属于生物技术辅助育种领域。所述与黄瓜长下胚轴基因lh1连锁的Indel标记相比野生型黄瓜正常长度下胚轴基因Lh1对应连锁片段的第31‑34位点存在碱基缺失突变。所述与黄瓜长下胚轴基因lh1连锁的Indel标记的核苷酸序列如Seq ID No.2所示。采用本发明获得的Indel标记，可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断植株是否具有长下胚轴这一性状，该标记具有高效、限制少、准确率高的优点。
本发明涉及一个与黄瓜ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym2，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明涉及一个与ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明公开了一种同时鉴定棉花细胞质雄性不育恢复基因Rf1、Rf2的InDel标记。该InDel标记，不仅与哈克尼西棉细胞质雄性不育恢复基因Rf1连锁而且与三裂棉细胞质雄性不育恢复基因Rf2连锁，该核苷酸序列的插入/缺失长度多态性呈现在琼脂糖凝胶电泳图上可鉴定棉花单株是否含有恢复基因且能判定含有恢复基因的类型，该InDel标记由SEQ ID NO.1‑2所示的引物扩增得到。该InDel标记对不同恢复基因(Rf1/Rf2)的棉花新恢复系材料的选育和保证三系杂交种种子纯度方面具有重要作用。本InDel标记可以鉴定棉花的两套细胞质雄性不育的不同的恢复基因类型，其适用范围更广，实用性更好。
