本发明公开了与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离的InDel分子标记及其应用，属于蔬菜分子标记辅助育种领域。该InDel分子标记包括序列如SEQ IDNO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物。该InDel分子标记在黄瓜分子标记辅助育种过程中与黄瓜温度不敏感型下胚轴基因共分离，该标记扩增的杂合带型对应为温度敏感型长下胚轴类型植株。通过InDel分子标记对黄瓜植株在苗期进行基因分型，依据分型结果对各单株高温下下胚轴长度进行预判，即可在苗期进行分子标记辅助选择来提高育种效率。
本发明公开了与黄瓜果实长短基因共分离的dCAPS分子标记及其应用，属于蔬菜分子标记辅助育种领域。该dCAPS分子标记包括序列如SEQ ID NO:1所示的正向引物和SEQ ID NO:2所示的反向引物，或还包括PstI内切酶。该dCAPS分子标记在黄瓜分子标记辅助育种过程中与黄瓜果实长短基因共分离，即群体的长果、短果单株表型分别和dCAPS分子标记扩增的长、短果亲本带型一致，该标记扩增的杂合带型对应为长果型植株。通过dCAPS分子标记对植株在苗期进行基因分型，依据分型结果对各单株果实长短进行预判，即可在苗期进行分子标记辅助育种以提高育种效率。
本发明公开了与黄瓜白粉病抗病和感病主效基因共分离的InDel分子标记及其应用，该InDel分子标记命名为InDel‑PHO1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗病基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期白粉病抗病单株的辅助筛选，为白粉病抗病性的分子标记辅助育种奠定基础，大大加快黄瓜白粉病抗病分子育种进程。
