本发明涉及一个与黄瓜ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym2，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明涉及与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel‑Ts3分子标记及其应用。该分子标记由ME7所示的上游引物和EM8所示的下游引物组成。该分子标记具有序列表SEQ ID NO.1所示的244个核苷酸序列，以及序列表SEQ ID NO.2所示的234个核苷酸序列，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。与现有技术相比，该分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。
本发明涉及与黄瓜果实软刺基因Ts紧密连锁的InDel分子标记，分别命名为InDel‑Ts4和InDel‑Ts5，分子标记InDel‑Ts4具有序列表SEQ ID NO.1所示的229个核苷酸序列；分子标记InDel‑Ts5具有序列表SEQ ID NO.2所示的177个核苷酸序列。分子标记InDel‑Ts4由ME9所示的上游引物和EM10所示所示的下游引物组成；分子标记InDel‑Ts5由ME11所示的上游引物和EM12所示的下游引物组成。此两个分子标记的特征是与软刺基因紧密连锁，以便分子标记辅助育种体系的建立。该分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。
