本发明公开了与黄瓜白粉病抗病和感病主效基因共分离的InDel分子标记及其应用，该InDel分子标记命名为InDel‑PHO1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗病基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期白粉病抗病单株的辅助筛选，为白粉病抗病性的分子标记辅助育种奠定基础，大大加快黄瓜白粉病抗病分子育种进程。
本发明涉及一个与黄瓜ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym2，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
