本发明提供了用于检测食源性致病菌的特异性分子靶标,所述特异性分子靶标的核苷酸序列如SEQ ID NO:1~31所示。本发明还提供了一种食源性致病菌活菌的检测方法,包括以下步骤:步骤1:在待测样品加入PMA染料溶液;步骤2:提取待测样品中的菌体DNA;步骤3:以步骤2中的菌体DNA为模板,进行实时荧光定量PCR检测;步骤4:待反应结束后,将获得的荧光定量PCR扩增的曲线和Ct值与建立的标准曲线计算样品中食源性致病菌活菌的数量。本发明的检测方法具有检测时间短,无须经过传统的培养增菌过程,不受样品中食源性致病菌标准菌株死菌干扰,准确检测并定量样品中食源性致病菌标准菌株的具体含菌数量。