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[发明专利]基于深度学习和集束搜索的系统发育树构建方法及系统-CN202310132869.0在审
发明人：张力;黄丽娟;孙晋楠;王志成;祖建 -专利权人：北京脑科学与类脑研究中心;西安交通大学
申请日： 2023-02-09 - 公布日： 2023-04-14 - 主分类号： G06N5/01 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习和集束搜索的系统发育树构建方法及系统，预定义演化场景，每个场景的演化参数参考真实世界的生物序列属性进行设定，并根据预设的参数模拟系统发育树及对应的多序列比对数据制作训练集、验证集和测试集构建以卷积神经网络和长短期记忆神经网络为核心的深度学习分类器，使用训练集和验证集对深度学习分类器进行训练和验证，使用测试集测试深度学习分类器的准确性；基于训练好的深度学习分类器及滑动窗口方法对四序列数据的所有子四序列树进行分类预测；结合改进的逐步添加方法和四序列树分类预测结果对多序列数据进行系统发育树重构，得到完整重建结果，实现对不同物种数量与不同序列长度条件下进行系统发育树构建。
基于深度学习集束搜索系统发育构建方法系统

[发明专利]一种生物多样性保护规划的方法-CN202011084995.6有效
发明人：孟珍;易秀娟;王学志;周园春 -专利权人：中国科学院计算机网络信息中心
申请日： 2020-10-12 - 公布日： 2022-10-11 - 主分类号： G06Q10/06 文献下载
摘要：根据设定的生物多样性保护规划条件确定规划范围、规划粒度；其中每一规划范围包括一个或多个规划粒度，根据所得各规划粒度建立一规划粒度列表并根据每一规划粒度的范围确定对应规划粒度内的待保护物种；2)根据每一所述规划粒度内的物种构建一系统发育树，得到多个系统发育树；3)计算每一所述系统发育树的系统发育多样性指数，生成规划范围内多样性指数键值对；4)根据各多样性指数键值计算每一规划范围的物种多样性分布，根据物种多样性分布确定优先保护区域。本发明能够快速计算小粒度单位的系统发育多样性指数分布并确定合理的规划结果。
一种生物多样性保护规划方法

[发明专利]一种用于鉴定霍山石斛或铁皮石斛的系统发育树及鉴定方法-CN201711111231.X在审
发明人：赵群;孙传伯 -专利权人：皖西学院
申请日： 2017-11-13 - 公布日： 2018-01-26 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于鉴定霍山石斛或铁皮石斛的系统发育树及鉴定方法，属于霍山石斛或铁皮石斛鉴定技术领域。所述系统发育树包括用霍山石斛、铁皮石斛及部分相近物种的一段特定DNA序列作为内群，用菱唇石斛的2条特定DNA序列作为外群。分别用贝叶斯法和简约法进行系统发育分析，构建BI系统树和MP系统树。本发明通过构建霍山石斛、铁皮石斛及部分相似种的系统发育树，通过对霍山石斛与铁皮石斛之间的特定DNA序列进行对位排序和比较，能够快速、准确鉴别霍山石斛与铁皮石斛，为霍山石斛鉴别提供了新方法。
一种用于鉴定霍山石斛铁皮系统发育方法

[发明专利]一种自动检测分节段RNA病毒重配的方法-CN201810586291.5有效
发明人：任洪广;梁龙;岳俊杰;靳远;黄志松;周静;胡明达;彭小川;周江林 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2018-06-08 - 公布日： 2021-05-18 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于病毒各个节段系统发育树进化关系进行病毒重配检测的方法，包括如下步骤：1)建立病毒各个节段系统发育树；2)将步骤1)得到的分节段系统发育树进行依据平均成对距离的聚类划分，得到每个毒株的各个节段的划分类重定义本发明的实验证明，本发明通过进化树聚类划分，不需要进行各个节段的拼接比对即可实现对病毒毒株重配的检测，检测结果合理高效。
一种自动检测分节 rna 病毒方法

[发明专利]一种基于动态多目标优化的系统发育树构建方法-CN202210094499.1在审
发明人：冯宏伟;王蓓;李燕;刘建妮;冯筠 -专利权人：西北大学
申请日： 2022-01-26 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： G16B10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于动态多目标优化的系统发育树构建方法，首先，通过在含有标准树的多组形态学数据上进行单目标优化建树，得到不同类型数据与优化目标之间的对应关系。进而在单目标建树无法处理树冲突的情况下根据数据类型动态选择多个最优单目标进行融合，采用多目标优化算法，结合非支配排序与遗传算法进行系统发育树构建，最终对含有缺失和不可适用的数据构建出在多个目标下最优的系统发育树集合该方法为形态学数据提供了新方法，相比基于单个目标优化的谱系树构建方法，有效的解决了古生物形态学数据谱系树构建过程中存在的缺失和不可适用以及在多个评价指标下出现冲突的问题，提高了物种谱系分析的准确率和稳定性
一种基于动态多目标优化系统发育构建方法

[发明专利]基于自编码器与蒙特卡洛树的层次化特征系统发育模型-CN202110126970.6有效
发明人：冯宏伟;刘蒙;王蓓;侯刚;冯筠 -专利权人：西北大学
申请日： 2021-01-29 - 公布日： 2022-12-02 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于自编码器与蒙特卡洛树的层次化特征系统发育模型，该模型具体包括以下步骤：步骤一，将采集到的化石进行人工特征提取得到分类单元的特征矩阵，即得到形态学数据集；步骤二，链式方程进行多重预插补，使用缺失数据集训练自编码器，对预插补数据进行矫正；步骤三，将层次化特征导致的不可适用数据作为额外的特征进行处理，使用邻接法建立邻接树；步骤四，使用步骤三得到的邻接树对蒙特卡洛树进行初始化，然后使用步骤二得到的完整数据集，采用蒙特卡洛树搜索算法进行系统发育树构建。本发明将系统发育树构建转化为决策路径选择，能有效避免搜索陷入局部最优的问题。能有效平衡搜索的深度与广度，提高搜索速度。
基于编码器蒙特卡洛树层次特征系统发育模型

[发明专利]乌鸫系统发育树的构建方法-CN201910378076.0在审
发明人：姜立春;刘雷;张敏 -专利权人：绵阳师范学院
申请日： 2019-05-08 - 公布日： 2019-08-09 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种乌鸫系统发育树的构建方法，属于分子生物学技术领域，包括以下步骤：(1)采集乌鸫标本；(2)乌鸫mtDNA基因组的提取；(3)引物设计和PCR基因扩增；(4)测序、拼接及序列分析；(5)构建系统发育树，确定乌鸫及近缘物种系统分类地位；本发明分析乌鸫线粒体基因组序列特征以及重建了乌鸫与近缘物种系统发育树，一方面可以让乌鸫的分子信息库更加完整，有利于对该属物种以及近缘物种的进一步保护和利用，而且本发明也为其它鸟类的研究提供了研究基础和分子数据
系统发育树近缘物种构建分子生物学技术系统分类地位线粒体基因组分子数据构建系统基因扩增序列分析序列特征引物设计信息库基因组测序拼接鸟类采集物种发育研究标本重建分析

[发明专利]一种基于特征层次的多目标系统发育树构建方法-CN202010168038.5有效
发明人：冯筠;刘泽云;刘蒙;侯刚;冯宏伟 -专利权人：西北大学
申请日： 2020-03-11 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于特征层次的多目标系统发育树构建方法，该方法结合形态数据的特征描述，首先生成对应的特征层次关系，并结合特征之间的依赖关系对缺失值进行估计，从而得到完整的数据集；然后结合基于不可适用Fitch算法的最大简约原则和最大似然原则，进行并行多目标系统发育树构建，不仅能够很好地度量不可适用数据带来的问题，也避免了单一原则下建树的局限性。相较于传统系统发育分析方法，能够很好地解决缺失数据、不可适用数据造成的树结构不确定性问题，并通过多种建树原则，为生物学家研究物种进化提供依据。
一种基于特征层次多目标系统发育构建方法

[发明专利]发酵乳杆菌快速溯源方法、用于所述方法的联合序列及其构建方法-CN201610895895.9有效
发明人：刘文俊;张和平;丹彤;陈永福;孙志宏 -专利权人：内蒙古农业大学
申请日： 2016-10-13 - 公布日： 2018-10-30 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明还提供发酵乳杆菌快速溯源方法包括(1)提取发酵乳杆菌的基因组DNA；(2)各菌株的联合基因序列；(3)采用MEGA6.0软件，对各联合基因序列构建邻接法系统发育树，通过发育树获得发酵乳杆菌菌株的溯源分析；(4)将在系统发育树中处于同一分支的菌株判断为同一来源。本发明的方法能够有效、快速分离不同来源菌株，实现发酵乳杆菌的溯源，明确不同来源地的发酵乳杆菌的发育树关系。
发酵杆菌快速溯源方法用于联合序列及其构建

[发明专利]基于样本的微生物群体的进化关系和丰度信息的分析方法及设备-CN202111430273.6有效
发明人：何昆仑;韩洋;贾志龙;宋欣雨;于康 -专利权人：中国人民解放军总医院
申请日： 2021-11-29 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B10/00 文献下载
摘要：包括：获取样本的微生物群体的遗传信息，构建样本的微生物群体的系统发育树，根据所述系统发育树提取所述微生物群体间的进化关系的特征；获取样本的微生物群体的丰度信息，提取所述微生物群体的丰度信息的特征；将所述微生物群体间的进化关系的特征与所述微生物群体的丰度信息的特征融合本发明方法整合微生物系统发育树提供的微生物的进化信息和微生物的丰度信息，从深层次挖掘隐含在微生物数据背后的生命规律，具有重要的应用价值。
基于样本微生物群体进化关系信息分析方法设备

[发明专利]基于全基因组序列的巴西橡胶树萜类合成酶基因家族的挖掘与分析方法-CN202210950593.2在审
发明人：梁家豪;傅明辉;王德;黄伟文;谢淳 -专利权人：广东工业大学
申请日： 2022-08-09 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，更具体地，涉及一种基于全基因组序列的巴西橡胶树萜类合成酶基因家族的挖掘与分析方法。其包括HbTPS的挖掘和鉴定、HbTPS基因序列分析、HbTPS的顺式作用元件分析、HbTPS系统发育树分析、HbTPS功能注释与次级代谢通路预测、HbTPS的差异表达分析、HbTPS的三维结构预测与分子对接分析等本发明通过巴西橡胶树的基因组挖掘出所有的TPS，对HbTPS进行基因序列分析、顺式作用元件分析、系统发育树分析、功能注释、差异表达分析、蛋白质三维结构预测及其与相应底物的对接分析等。
基于基因组序列巴西橡胶树合成基因家族挖掘分析方法

[发明专利]一种烟草中根结线虫的鉴定方法-CN201610585565.X在审
发明人：曾建敏;曾永三;李梅云;焦芳婵;吴兴富;方敦煌;李永平 -专利权人：云南省烟草农业科学研究院
申请日： 2016-07-25 - 公布日： 2016-12-07 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：DNA；3）LSU 28S rDNA D2‑D3序列扩增：用根结线虫通用引物RK28SF/MR对步骤2中已提取的DNA进行PCR扩增，检测，如果得到大小为614bp 的序列，则初步鉴定为根结线虫，进行分子系统发育树的构建；4）分子系统发育树的构建，通过系统发育关系分析确定待测线虫是否为根结线虫；5) 序列特征扩增区域 SCAR‑PCR 检测。
一种烟草中根结线虫鉴定方法

[发明专利]一种基于群落构建机制的荒漠植被恢复物种配置方法-CN202310686809.3有效
发明人：董雷;苑淑娟;代海燕;鲁旭东;潘永杰;周慧;郑颖;李锦荣;王健;刘悦;葛楠;程波;李红芳;王奇;曹煜轩;鲍莉莉 -专利权人：水利部牧区水利科学研究所
申请日： 2023-06-12 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： G06Q50/26 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于群落构建机制的荒漠植被恢复物种配置方法，该方法包括以下步骤：结合区域植被调查及植物志获取分布在自然荒漠群落的本土待选植物种以及植物种的共存和结构状况；对获取的植物种整理及分类，构建物种名录库；构建所有植物种之间的系统发育树，并计算物种名录库中所有植物种之间的平均谱系距离；计算自然荒漠群落的净谱系亲缘关系指数；验证群落谱系结构理论预测的群落构建机制的适用性；从系统发育树中选择待配置物种，并在系统发育树上检索待配置物种之间的分化节点时间
一种基于群落构建机制荒漠植被恢复物种配置方法

[发明专利]一种系统发生树图制作方法及系统-CN201811340677.4在审
发明人：刘红艳;李莲莲;张晓瑜;阴海鹏;刁玉涛;成丽娟;张之勇;俞勇 -专利权人：山东省医学科学院基础医学研究所
申请日： 2018-11-12 - 公布日： 2019-04-26 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开提供了一种系统发生树图制作方法及系统。其中，一种系统发生树图制作方法，包括：聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；筛选OTUs表数据中的代表序列将筛选的代表序列与参考序列数据进行比对，若相似性大于或等于预设阈值，则判断比对成功；否则，判断比对失败；将比对成功的代表序列和比对失败的序列分别存储至比对成功集合和比对失败集合内；从比对成功集合内筛选包含预设信息的比对成功序列，生成系统发育树文件；对系统发育树文件进行图形化处理，生成系统发生树图。
比对成功比对系统发生树微生物基因组集合生成系统表数据筛选预设失败制作参考序列数据图形化处理微生物品种系统发育树测序数据序列聚类预设信息树文件聚类存储发育

[发明专利]基于DFT的RNA二级结构距离计算构建系统发育树的方法-CN201810551872.5在审
发明人：昌攀;张文影;黄毅然;钟诚 -专利权人：广西大学
申请日： 2018-05-31 - 公布日： 2018-11-20 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明公开了基于DFT的RNA二级结构距离计算构建系统发育树的方法。二级结构在x、y和z轴序列功率谱，通过分析DFT的功率谱特征，选取合适的提取公式计算RNA二级结构x、y和z轴上的特征值，作为RNA二级结构的特征向量，通过计算不同RNA二级结构特征向量间的距离构建物种系统发育树本发明的方法，简化了通过RNA序列比对计算距离构建相似度的复杂度，避免了RNA序列比对算法忽略RNA二级结构的弊端，能够快速准确地根据物种RNA的二级结构计算距离，生成准确的系统发育树。
系统发育树二级结构构建系统距离计算特征向量物种构建功率谱特征发育比对计算比对算法丢失信息公式计算计算距离进化关系序列功率复杂度可视化相似度自由基碱基配对映射挖掘分析研究

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