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[发明专利]核苷酸序列、通用反向引物、通用反转录引物、引物设计方法及miRNA检测方法-CN201610382631.3有效
发明人：陈伟铭;康诗婷 -专利权人：奎克生技光电股份有限公司
申请日： 2016-06-01 - 公布日： 2020-01-07 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种具有SEQ ID NO:1的核苷酸序列、具有SEQ ID NO:2的通用反向引物、通用反转录引物、引物设计方法以及miRNA检测方法。在miRNA检测方法中，使用所述通用反转录引物对miRNA样品进行cDNA合成，而所述通用反向引物用于在qPCR定量检测时进行所述cDNA分子扩增。所述引物设计方法使用所述通用反向引物序列、所述核苷酸序列及设计规则，以设计qPCR定量检测所用的引物。本发明的通用反转录引物、通用反向引物以及由引物设计方法所设计出的引物具有较佳的特异性及敏感度，同时兼具降低成本及方便使用的特性，且不需对引物进行额外修饰。
核苷酸序列通用反向引物转录设计方法 mirna 检测

[发明专利]一种用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法-CN201310723968.2有效
发明人：艾海新;刘宏生;张力;赵健 -专利权人：辽宁大学
申请日： 2013-12-24 - 公布日： 2014-03-19 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明公开一种用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法。本发明方法包括：获得目标种系和非目标种系同一基因的多条DNA序列，并进行多序列比对，获得多序列比对文件；按照常规引物设计方法设计出多个上游引物和下游引物，并排除敏感性和特异性低于设定阈值的单向引物；剩余的上游引物和下游引物互相配对，产生引物对，排除不合理的及敏感性和特异性较低的引物对；计算剩余各引物对的P值，进行聚类分析，取出每类中P值最小的引物对作为设计得到的PCR引物。本发明提供的用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法，能快速设计出对目标种系具有高度特异性且敏感性高的PCR引物，降低了种系特异性PCR引物设计的难度。
一种用于近缘物种鉴别 pcr 引物设计方法

[发明专利]一种筛选引物设计模板的方法、装置及应用-CN201811159678.9有效
发明人：袁剑颖;王子榕;毛宛司;吴红龙 -专利权人：深圳华大因源医药科技有限公司;华大生物科技（武汉）有限公司
申请日： 2018-09-30 - 公布日： 2022-12-23 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种筛选引物设计模板的方法、装置及应用。本申请筛选引物设计模板的方法包括微生物基因组数据库整理步骤、宿主基因组数据库整理步骤、引物设计模板数据库生成步骤、引物设计模板的共有率评估步骤、引物设计模板的特异性评估步骤和引物设计模板输出步骤。本申请的方法，操作简单方便，能批量筛选引物设计模板；本申请筛选引物设计模板的装置自动化程度高、运行速度快、成本低，能高效、准确的批量输出单个或多个物种的引物设计模板。本申请的方法和装置，具有高精度优势，筛选出的引物设计模板具有高共有率、高特异性特点，能设计出适用性强、特异性好的靶标检测引物或探针，为基于引物或探针进行检测的技术方案奠定了坚实基础。
一种筛选引物设计模板方法装置应用

[发明专利]超多重引物设计方法-CN202011633512.3有效
发明人：余成鹏;邹树勇;朱鹏远;吴春求;陈丹;张东东;陈嘉昌;柳俊;胡朝晖 -专利权人：广州市金圻睿生物科技有限责任公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及核酸检测技术领域，具体而言，涉及一种超多重引物设计方法。所述方法包括：获取待检测的目标序列并设计引物，建立引物池；以待扩增目标区域分别进行横向及纵向排列，将所述引物池中各待扩增目标区域的引物标记在待扩增目标区域以建立二元矩阵，对矩阵内的单条引物的分值进行评价，将低于预期的引物进行替换，对合格的引物组合进行输出。该方法可根据预期需要检测的病原微生物选择特异性区域并设定罚分机制进行特异性引物设计，自建二元矩阵评分机制对引物序列特异性进行分析，减少实验摸索测试，可以高效快速地同时扩增多个基因。
多重引物设计方法

[发明专利]变异引物的设计方法-CN201780020530.4在审
发明人：高石真 -专利权人：大研医器株式会社
申请日： 2017-02-06 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：本发明提供不易发生由引物二聚体或环结构导致的非特异性扩增的变异引物的新的设计方法。一种引入了变异的引物的设计方法，其中，具备选择基础引物序列所含的、符合选自以下的(1)～(4)的1个或2个以上的条件的1个或2个以上的核苷酸残基作为变异引入部位的变异引入部位选择工序：(1)可能会有助于引物二聚体的形成的核苷酸残基；(2)可能会有助于1分子引物内的环结构的形成的核苷酸残基；(3)预测由所述基础引物序列形成的引物形成引物二聚体的情况下，位于引物互补或非互补杂交的区域以外的区域的核苷酸残基；(4)预测由所述基础引物序列形成的引物在
引物核苷酸残基环结构引物二聚体引物序列引入部位选择非特异性引物互补预测扩增杂交

[发明专利]一种扩增人类EGFR基因的多重PCR引物及其设计方法-CN201010148299.7有效
发明人：陈超;饶文波;姬婧;朱娟莉;宗廷勇;李颖;朱雅清;訾静;张健;杨莎莎;王惠惠;张锦超;边婷 -专利权人：陕西北美基因股份有限公司
申请日： 2010-04-16 - 公布日： 2010-12-01 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明涉及一种扩增人类EGFR基因的多重PCR引物及其设计方法，所述设计方法包括以下步骤：步骤1，利用引物设计软件设计人类EGFR基因的引物库；步骤2，对引物库中的引物进行筛选；步骤3，判断所保留引物的竞争优劣状态，竞争状态劣引物，进行步骤4；判断为竞争状态优引物，进行步骤5】；步骤4，再次筛选竞争状态劣的引物；步骤5，利用tem-PCR方法对竞争状态优引物进行扩增；步骤6，去除扩增引物中的冗余引物，获得多重PCR引物。本发明解决现有引物的设计方法中存在片段丢失、扩增效率低、扩增体系复杂的技术问题，具有减少多重PCR体系中片断丢失的现象，资源最优化利用的优点。
一种扩增人类 egfr 基因多重 pcr 引物及其设计方法

[发明专利]一种设计LAMP引物组的方法及其应用-CN202310066057.0在审
发明人：尹焕才;常珊;付威威;陈名利;刘广兴;殷建;马富强 -专利权人：中国科学院苏州生物医学工程技术研究所
申请日： 2023-01-16 - 公布日： 2023-04-14 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及一种设计LAMP引物组的方法及其应用，属于生物信息和计算机技术领域。本发明提供了一种设计LAMP引物组的方法，包括获取单引物、将所述单引物合成候选引物组以及将所述候选引物组确定为LAMP引物组。根据本发明的设计LAMP引物组的方法，可以在全基因组上进行引物设计，设计出同时兼顾通用性和组特异性的引物，对于食品检测、病原体发现、成份检测等领域的研究具有重大意义。
一种设计 lamp 引物方法及其应用

[发明专利]用于选择性全基因组扩增的引物设计方法、装置及应用-CN202010356271.6有效
发明人：李英镇;林宇锋;李晴晴 -专利权人：广州华大基因医学检验所有限公司;深圳华大因源医药科技有限公司;华大生物科技（武汉）有限公司
申请日： 2020-04-29 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于选择性全基因组扩增的引物设计方法、装置及应用。本申请的方法包括，引物设计参数设置步骤，预先设置引物长度、引物组合个数，引物组合在目标基因或背景基因的平均距离、最大距离、分布均匀性；引物设计步骤，利用k‑mer在背景基因与目标基因中的差异设计引物；引物组合筛选步骤，输出最优的N个引物组合；引物组合测评步骤，模拟各引物组合对各目标基因的覆盖率，预计可能丢失的区域；结果分析步骤，输出每组实验的目标基因组覆盖率和深度图，以便根据实验情况筛选引物组合。本申请的方法，可设计能同时富集多个目标基因的引物组合，能有效提高目标基因覆盖度，在同等条件下比现有的引物设计流程缩短约80％的时间。
用于选择性基因组扩增引物设计方法装置应用

[发明专利]一种大引物PCR定点突变的方法-CN201911326409.1在审
发明人：钟先锋;杨思婷;苏思韵;张宇博;黄珍金;吕蕾 -专利权人：佛山科学技术学院
申请日： 2019-12-20 - 公布日： 2020-04-07 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本公开提供了一种大引物PCR定点突变的方法，所述方法的操作步骤为：(1)根据目的基因序列设计引物，得到两个侧翼引物，分别为上侧翼引物和下侧翼引物；(2)根据突变碱基所处序列位置设计突变引物，突变位点位于突变引物序列的中间位置；(3)由突变引物与距突变位点较远的侧翼引物进行第一步PCR反应得到大引物；(4)将得到的大引物中加入两个侧翼引物进行第二步PCR扩增，得到突变目的基因序列。所述方法中在设计突变引物时，是将突变位点设计于突变引物序列的中间位置，这样使得在后续PCR反应中，有利于突变引物与模板的结合，从而提高了突变率。
一种引物 pcr 定点突变方法

[发明专利]一种用于基因测序的引物设计方法及系统-CN201811591649.X有效
发明人：曾华萍;宋卓;王晓锋;马丑贤;杜元平;杨婷 -专利权人：人和未来生物科技（长沙）有限公司
申请日： 2018-12-25 - 公布日： 2020-06-19 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于基因测序的引物设计方法及系统，本发明实施步骤包括计算每一个候选引物的各项基本特征值，获取对各项基本特征值量化求和计算引物综合量化特征值；对候选引物进行筛选简化、两两组合得到组合候选引物并计算组合候选引物综合特征值；若被设计引物为针对目标检测点设计，则选择一组组合候选引物综合特征值最优的组合候选引物输出；否则在等距离的前提下选择该区域附近引物综合特征值最佳的候选引物输出。本发明通过一次性搜索所有可能的引物并评估引物的各项特征后进行综合检测，从而一次性就能挑出所有的最优引物，具有挑出来的引物效果最优、操作方便快捷、引物设计效率高的优点。
一种用于基因引物设计方法系统

[发明专利]一种重叠环介导等温核酸扩增技术-CN202111454103.1有效
发明人：胡学军 -专利权人：上海众启生物科技有限公司;上海先赛生物科技有限公司
申请日： 2021-12-02 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： C12Q1/6844 文献下载
摘要：具体技术方案包括：一种环介导等温核酸扩增技术用扩增引物，所述扩增引物为重叠引物，所述重叠引物包括正向引物F和反向引物R，正向引物F的右边为拼接DNA序列下游DNA的正常PCR引物F，左边为带有上游DNA正义连序列或者和反向引物R互补的特定序列，反向引物R左边为拼接DNA上游DNA的正常PCR引物R，右边为带有下游DNA反义序列或者和正向引物F互补的特定序列。本发明提供了一种新的LAMP引物设计及基因检测方法，首次提出了“重叠引物”的概念和设计思路，通过设计特异性的重叠引物，帮助多基因实现重叠环介导等温核酸扩增反应，引物设计方法简单、反应结果准确、反应效率高
一种重叠环介导等温核酸扩增技术

[发明专利]一种基因突变引物及其设计方法和设计突变质粒的方法-CN202111111511.7在审
发明人：闫亚平;郝文斌;刘龙月;李科 -专利权人：陕西脉元生物科技有限公司
申请日： 2021-09-23 - 公布日： 2021-12-21 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因突变引物及其设计方法和设计突变质粒的方法，涉及基因定点突变技术领域。本发明改变了基因突变引物的设计思路，尤其是改变了下游引物设计思路，下游引物不包含要突变的序列，位于要突变的序列的上游。本发明设计的下游引物可大大降低下游引物长度，提高扩增效率和转化效率。基于本发明所述基因突变引物可方便快捷地设计突变质粒。
一种基因突变引物及其设计方法突变质粒

[发明专利]多重PCR引物设计方法和装置-CN202210500808.0有效
发明人：王维锋;郑新;姚继成 -专利权人：至本医疗科技（上海）有限公司;上海至本医学检验所有限公司
申请日： 2022-05-10 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： G16H70/40 文献下载
摘要：本发明涉及一种多重PCR引物设计方法和装置，方法包括：获取肿瘤样本的变异信息，根据所述变异信息选取预设数量的监测位点以构成监测位点集合；根据每个监测位点在参考基因组上对应的目标序列设计至少一个候选引物对，对于每个监测位点选取一个候选引物对以生成监测位点集合对应的评估引物对集合；对评估引物对集合来自于不同候选引物对的两两引物进行引物二聚体评估，根据评估引物对集合中所有引物的引物二聚体评估结果筛选合格的候选引物对作为目标多重PCR引物。本发明的多重PCR引物设计方法，能够针对性地对肿瘤患者的突变位点设计多重PCR引物，实现稳定检出丰度≥0.02％的ctDNA突变信息的目的。
多重 pcr 引物设计方法装置

[发明专利]一种核酸扩增反应引物的设计方法及其应用-CN201510559179.9有效
发明人：韦朝春;贾犇;李园园;李雪玲;陆长德;李亦学;刘伟 -专利权人：上海产业技术研究院
申请日： 2015-09-02 - 公布日： 2019-09-24 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明公开了一种核酸扩增反应引物的设计方法，确定引物的目标序列和非目标序列；针对目标序列设计单条引物；引物序列比对；将单条引物组合成引物组；对引物组进行物理化学性质、通用性以及特异性检测和判定；输出引物组，即得到所述核酸扩增反应引物。本发明充分运用了基因组学数据以及相关方法、工具，实现针对目标基因或区域、目标基因组的高效率引物设计，获得高通用性且高特异性的引物。
一种核酸扩增反应引物设计方法及其应用

[发明专利]一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统-CN201910798281.2有效
发明人：田彩霞;董亚晨;刘露露 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统，包括：对变异检测获得的VCF文件进行标记过滤；根据标记过滤后所得的变异位点在参考基因组中的位置信息，提取引物设计的任务序列，并基于提取的任务序列结合设定的引物设计参数，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件；使用选定的引物设计软件，根据输入文件进行引物设计；对选定的引物设计软件完成引物设计后的输出文件，按照预设格式要求进行格式整理，生成最终所需的结果文件。本发明可解决基于有参考基因组的变异检测分析所获得的大量SNP和Indel标记的引物设计问题，实现大批量引物设计的一键化，流程速度快，结果归纳明晰，大幅度提升了分析效率。
一种快速批量 snp indel 引物设计方法系统

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