本发明公开了一种荧光定量PCR鉴定菊花内、外源基因拷贝数的引物对及方法。PGK基因作为内参基因在荧光定量PCR鉴定菊花内、外源基因拷贝数中的应用。一种应用于荧光定量PCR鉴定菊花内、外源基因拷贝数的内源基因扩增引物对，正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物序列如SEQ ID NO.2所示。本发明可以快速、准确、高效的鉴定菊花内源基因拷贝数和转基因菊花转内源、转外源基因拷贝数。通过本发明提供的检测引物和方法，以菊花和转基因菊花为实验材料，根据待检测拷贝数的基因和内源参照基因PGK的CT值比较分析，即可得出菊花内源基因拷贝数和转基因菊花所转基因拷贝数。该检测方法为复杂基因组基因的拷贝数鉴定提供了新思路，大大提高了检测基因拷贝数的效率。
