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[发明专利]一种尿液样本的胰腺癌生物标志物及其应用-CN202111665827.0有效
发明人： 许明炎;张晓妮;林郁松;李慧;周书雄 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种尿液样本的胰腺癌生物标志物及其应用。本申请的尿液样本的胰腺癌生物标志物为Seq ID No.1所示序列的miRNA。本申请的尿液样本的胰腺癌生物标志物，在胰腺癌患者的尿液中高水平表达，而在正常的健康人的尿液中表达水平显著较低；因此，可以通过检测尿液样本中的本申请胰腺癌生物标志物的表达水平，判断胰腺癌。本申请的生物标志物为胰腺癌检测提供了一种新的方案和途径，尤其适用于胰腺癌的早期筛查和大规模筛查。
一种尿液样本胰腺癌生物标志及其应用

[发明专利]qPCR检测EGFR基因第20外显子插入突变的方法-CN202310481471.8在审
发明人： 许明炎;张晓妮;周书雄 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-04-27 - 公布日： 2023-08-11 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明提出了一种引物组，所述引物组包括正向引物和反向引物：所述正向引物具有SEQ ID NO：1～48所示的核苷酸序列，所述反向引物具有SEQ ID NO：49所示的核苷酸序列。利用本发明的引物组进行PCR检测时，几乎可检测出EGFR基因第20外显子基因插入突变的全部突变类型，有效提高检测灵敏度、特异性和准确性，更快捷、可定量，同时减少了假阴性发生的概率，对检测指导具有重要意义。
qpcr 检测 egfr 基因 20 外显子插入突变方法

[发明专利]一种用于提高PCR反应特异性的捕获探针及其应用-CN202310475624.8在审
发明人： 许明炎;张晓妮;周书雄 -专利权人：深圳海普洛斯医学检验实验室
申请日： 2023-04-26 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： C12Q1/6876 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于提高PCR反应特异性的捕获探针，所述捕获探针为在捕获序列的5’端设置有固相颗粒；所述固相颗粒通过化学基团与捕获序列连接；所述固相颗粒表面带有修饰基团，修饰基团与捕获序列形成稳定化学基团。利用该捕获探针进行基因特异性检测，通过对待检测核酸样本中的基因组预处理，去除潜在可能影响扩增特异性的污染基因组，得到仅含目的基因的干净片段产物(仅含靶标序列，无潜在的非特异性基因组模板)，将该干净片段产物作为模板进行PCR和/或基因测序等下游检测实验，减少非特异性扩增和假阳性扩增，提高碱基不平衡区域和/或高同源区域基因检测特异性。
一种用于提高 pcr 反应特异性捕获探针及其应用

[发明专利]一种扩增子测序添加唯一性标识符的方法及应用-CN202111646690.4有效
发明人： 许明炎;张晓妮;周书雄 -专利权人：深圳海普洛斯医学检验实验室
申请日： 2021-12-30 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本申请公开了一种扩增子测序添加唯一性标识符的方法及应用。本申请方法包括，用第一引物对模板核酸进行一次延伸；第一引物包括平台上游引物结合区、UMI和靶标上游引物序列，且平台上游引物结合区和靶标上游引物序列的T替换为dU；然后，向反应体系加入第二引物进行一次延伸；第二引物包括平台下游引物结合区和靶标下游引物序列；然后，向反应体系加入UDG/UNG酶消化dU；消化后，向反应体系加入第三引物进行PCR；第三引物为第一引物平台上游引物结合区序列。本申请方法，通过对引物进行特殊设计，依序向反应体系中加入三种引物，实现使每个原始模板核酸只对应一个UMI，校正每个靶点扩增性偏差，实现靶标基因拷贝数定量检测。
一种扩增子测序添加唯一标识符方法应用

[发明专利]病毒或其他微生物序列的检测方法、装置、设备及介质-CN202310295886.6在审
发明人：陈实富;许明炎;廖雯婷 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-15 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及数据处理技术领域，公开了一种病毒或其他微生物序列的检测方法、装置、设备及介质，所述方法包括：对待测样本的原始测序数据进行预处理；对数据质控结果中经过过滤后的每条读长计算其连续k‑mer序列，并将当前计算的连续k‑mer序列作为每条读长唯一的键；根据输入的目标病毒的基因组序列生成的k‑mer键，或者输入的微生物集的k‑mer键集，将经过过滤后的每条读长的键与输入的目标病毒k‑mer键或k‑mer键集进行比对，以确定是否检测出病毒，并区分病毒亚型；通过测序序列比对到基因组的情况来统计基因组的覆盖程度；通过上述方式，能够快速、精确地检测出病毒或其他微生物并得到基因组的覆盖统计结果。
病毒其他微生物序列检测方法装置设备介质

[发明专利]基因融合的检测方法、装置、设备及存储介质-CN202310321127.2在审
发明人：陈实富;许明炎;杨博 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-23 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明属于基因融合检测技术领域，公开了一种基因融合的检测方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：根据目标区域与预设参考基因序列，确定目标基因子序列集合；根据当前样本的测序数据，确定样本子序列集合；将样本子序列集合与目标基因子序列集合进行匹配，确定匹配基因序列与匹配序列数量；根据匹配序列数量与预设匹配数量，在样本子序列集合中确定初始融合序列集合；根据预设过滤条件，过滤初始融合序列集合，得到融合结果序列；对融合结果序列进行排序与合并，得到融合检测结果。通过上述方式，实现定向分析检索，减少分析时间，提高检测效率，并过滤检测结果，保证高灵敏度，提高检测准确性。
基因融合检测方法装置设备存储介质

[发明专利]尿液中前列腺癌RNA生物标志物-CN202310238442.9在审
发明人： 许明炎;张晓妮;林郁松 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-03 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提出了一种尿液中前列腺癌RNA生物标志物，所述标志物为NKX3‑1。通过比较前列腺癌患者和健康者的尿液，发现所述标志物在前列腺癌患者中高度表达，在健康者中表达较低。因此，能够仅通过尿液样本检测前列腺癌，而尿液具有无创采集、易于获得、便于大量采用等优点，为前列腺癌的早期筛查和大规模筛查提供了一种新的生物标志物。
尿液前列腺癌 rna 生物标志

[发明专利]制备基因突变参考品的方法、基因突变参考品及其用途-CN202310258700.X在审
发明人： 许明炎;张晓妮;杨明;李慧;张晓婷 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-09 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提出了一种制备基因突变参考品的方法。所述方法包括：1)确定预定野生型基因样本和预定突变型基因样本中DNA的完整性；2)基于所述DNA的完整性，确定是否将预定野生型基因样本和预定突变型基因样本进行片段化处理；3)基于预定突变型基因样本中的预定基因的突变频率和基因突变参考品的预设基因突变频率，确定预定野生型基因样本和预定突变型基因样本的混合比例；4)基于混合比例，将预定野生型基因样本和预定突变型基因样本进行混合处理，获得基因突变参考品。该方法制备的参考品的偏差小，后续无需多次进行验证和调试，可减少验证周期和降低成本，具有制备方法简单和制备的参考品突变频率准确性高等优点。
制备基因突变参考方法及其用途

[发明专利]一种过滤低复杂度高通量测序数据的装置、方法及计算机可读存储介质-CN202310071957.4在审
发明人：陈实富;许明炎;汪周阳 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-01-12 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及基因检测及生物信息技术领域，尤其涉及一种过滤低复杂度高通量测序数据的装置、方法及计算机可读存储介质，本发明的方法：将高通量测序数据中每条READ的复杂度与复杂度阈值比较，删除复杂度低于复杂度阈值的READ，即实现低复杂度高通量测序数据的过滤；所示复杂度阈值为参考基因组序列中所有的参考序列复杂度的频率分布中95％分位数对应的复杂度。本发明的方法基于现有的NGS检测数据和参考基因组的信息，将PCR过程中产生的低复杂度的重复碱基序列同参考基因组中的重复碱基序列进行准确的区分识别，去除测序等实验过程产生的低复杂度序列，最大限度的保留真实的测序READ信息，提高测序的准确性。
一种过滤复杂度通量序数装置方法计算机可读存储介质

[发明专利]基因检测报告自动化处理方法、装置、设备及存储介质-CN202310204929.5在审
发明人： 许明炎;黄探霄;李洪;锁培苏;陈实富 -专利权人：深圳市海普洛斯医疗系统科技有限公司
申请日： 2023-02-22 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明属于基因检测报告技术领域，公开了一种基因检测报告自动化处理方法、装置、设备及存储介质。本发明通过根据临床肿瘤信息构建疾病肿瘤树；根据临床基因信息构建基因树规则；根据所述疾病肿瘤树与所述基因树规则构建基因树靶向注释；根据所述基因树规则与临床用药经验构建体细胞变异靶向用药知识库；获取患者的提取肿瘤信息与基因信息，根据所述肿瘤信息与所述基因信息得到对应的靶向注释条目；根据所述靶向注释条目匹配靶向药物信息，生成基因检测报告，通过将肿瘤信息与基因变异信息构建树进行存储，使得在检测的时候能够直接从对应的树节点上获取到相对应的用药信息与注释信息，能够生成全面的基因检测报告。
基因检测报告自动化处理方法装置设备存储介质

[发明专利]一种校正双端测序数据的方法、装置及计算机可读存储介质-CN202310232665.4在审
发明人：陈实富;许明炎;滕家曼 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-01 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种校正双端测序数据的方法、装置及计算机可读存储介质，该方法根据设定的双端reads重叠区域的最小长度、双端reads重叠区域的不匹配碱基的最大数目、双端reads重叠区域的不匹配碱基的最大百分比三个重叠标准阈值判断双端测序数据reads两条序列是否重叠，对双端测序数据reads重叠区域中不匹配碱基的质量值进行比较，将低质量值碱基校正为高质量值的碱基，对低质量值的测序结果进行校正，从而有效去除建库以及实验过程中引入的假阳性，提高测序数据的保真性。
一种校正双端测序数方法装置计算机可读存储介质

[发明专利]适用于超微量DNA测序的接头及其应用-CN201910943322.2有效
发明人：张晓妮;许明炎 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2017-05-27 - 公布日： 2023-05-26 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本申请公开了一种适用于超微量DNA测序的接头及其应用。本申请的接头从5’端到3’端依序包括Tag序列、PolyN序列、第一发夹互补序列、第一发夹结构序列、dUTP、第二发夹结构序列和第二发夹互补序列；第二发夹互补序列为第一发夹互补序列的反向互补序列；并且，接头的5’端具有磷酸化标记。本申请的接头，在其中设计发夹结构，使用时，接头自身形成发夹结构，然后与待测DNA进行连接，这样有效的避免了接头在与待测DNA连接时的自连，从而避免了由此造成的连接效率低的问题。本申请的接头特别适用于超微量DNA的文库构建和测序，为ctDNA的准确检测奠定了基础。
适用于微量 dna 接头及其应用

[发明专利]接头序列快速检测方法、装置、设备及存储介质-CN202310011410.5在审
发明人：陈实富;许明炎;彭敏琪 -专利权人：深圳市海普洛斯医疗系统科技有限公司
申请日： 2023-01-05 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明属于生物信息学技术领域，公开了一种接头序列快速检测方法、装置、设备及存储介质。本发明通过对待测序数据进行检测，得到待测序数据的数据类型；根据所述数据类型选择对应类型的接头序列检测策略；根据所述接头序列检测策略对所述待测序数据的接头进行快速检测，实现了根据待测序数据的类型确定相对应的接头序列检测策略，并根据所述接头序列检测策略对待测序数据进行接头序列检测，相对于现有技术中需要借助其他工具检测待测序数据的接头序列，并人工输入到测序工具中，本发明避免了人工确认接头序列并将接头序列输入到检测工具内这一过程中可能存在的误差，进而提高接头序列检测的准确性，也提高了接头序列检测的效率。
接头序列快速检测方法装置设备存储介质

[发明专利]一种裂解剂、组合物的用途、核酸释放方法和裂解红细胞方法-CN202211653236.6在审
发明人： 许明炎;张晓妮;周书雄;何广斌 -专利权人：深圳海普洛斯医学检验实验室
申请日： 2022-12-20 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开一种裂解剂、组合物的用途、核酸释放方法和裂解红细胞方法，按体积份计，该裂解剂包括以下组分：N‑decyl‑N 0.1‑5％，Triton x‑1000.1‑5％，NP‑40 0.1‑5％，0.01‑1M缓冲剂；其中，所述缓冲剂的pH值为4.0‑8.5。本发明的技术方案裂解样本的同时，减少对扩增的抑制。
一种裂解组合用途核酸释放方法红细胞

[发明专利]重复序列检测方法、装置、设备及存储介质-CN202211636858.8在审
发明人：陈实富;许明炎;周玉君 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2022-12-15 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种重复序列检测方法、装置、设备及存储介质，该重复序列检测方法包括：从双端测序得到的测序数据中读取双端当前序列，并将双端当前序列中的第一序列片段转换为第一整型，将双端当前序列中的第二序列片段转换为第二整型；根据第一整型计算得到双端序列定位特征值，并检测预设的计数数组中双端序列定位特征值对应的第一位置上的值是否为被占用数值；若第一位置上的值为被占用数值，则检测双端序列数组中是否存在第二整型；若双端序列数组中存在第二整型，则确定双端当前序列为重复序列。本发明实现了提高重复序列准确性。
重复序列检测方法装置设备存储介质

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