本发明公开转基因大豆GTS‑40‑3‑2品系EFIRM检测探针及其应用。所述检测探针包括SEQ ID NO.1‑4的核苷酸序列。本发明针对转基因大豆GTS‑40‑3‑2品系特异性基因,自主设计了EFIRM法检测转基因大豆GTS‑40‑3‑2品系的特异性捕获探针和杂交探针,采用EFIRM技术对食品及饲料中转基因大豆GTS‑40‑3本发明对提高食品和饲料中转基因大豆GTS‑40‑3‑2品系的检测效率及灵敏度,降低检测成本,检测进出口和国内市场上相关转基因产品,进行食品安全转基因监测和提高转基因检测技术具有重要意义,具有广阔发展前景