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[发明专利]基于血小板差异表达基因标记的分类方法、装置及系统-CN201710018010.1有效
发明人：张渠;周智 -专利权人：张渠
申请日： 2017-01-11 - 公布日： 2019-03-22 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明属于计算机技术领域，提供了一种基于血小板差异表达基因标记的分类方法、装置及系统。该方法包括获取目标样本血小板转录组的测序读取序列，根据后缀阵列搜索算法和序列拆分/搜索/延伸策略，获取测序读取序列与人类基因组的比对结果，根据最大似然法确定基因表达估计值，通过线性统计方法获取正样本集和负样本集的基因表达差异，再根据正样本集和负样本集构建超平面表达式，根据超平面表达式和实体基因表达估计值，依据支持向量机原理对实体基因表达估计值进行分类。本发明基于血小板差异表达基因标记的分类方法、装置及系统，能够快速、准确地鉴别出差异表达基因标记，提高组群相应个体的分类精确度。
基于血小板差异表达基因标记分类方法装置系统

[发明专利]T-DM1癌症治疗效果的预测-CN201880035576.8在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;M·斯卡特里蒂;B·T·李 -专利权人：爱科谱迅病理研究公司;纪念斯隆-凯特林癌症中心
申请日： 2018-06-04 - 公布日： 2020-03-31 - 主分类号： A61K31/395 文献下载
摘要：(i)通过DNA测序检测HER2突变的存在，以及(ii)通过质谱蛋白质组分析确定HER2蛋白是否在肿瘤细胞中表达，从而分析来自患者的肿瘤样品。
dm1 癌症治疗效果预测

[发明专利]用于自中而下抗体表征的方法-CN202180060336.5在审
发明人： W·N·桑多瓦尔;T·卡瓦尔;A·J·R·赫克;E·S·赫克特 -专利权人：基因泰克公司;乌特勒支大学控股有限公司
申请日： 2021-07-19 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本公开涉及用于抗体表征测序，诸如自中而下抗体表征和测序的新方法，例如用于从头抗体测序、鉴定样品中的已知抗体或验证样品中抗体的序列。在一些实施方案中，所述方法涉及将抗体暴露于组织蛋白酶D、组织蛋白酶L以及/或者组织蛋白酶D和组织蛋白酶L，随后进行质谱和序列鉴定以及解卷积。
用于抗体表征方法

[发明专利]一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法-CN201911378703.7有效
发明人：沈立;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2019-12-27 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法，其特征在于，包括测序数据过滤步骤、测序数据比对步骤、样品表达量计算步骤、差异分析步骤、富集分析步骤、外显子差异分析步骤、可变剪切分析步骤本发明的方法更加快速和适用于ligodT富集的mRNA二代测序。
一种适用于 oligodt 富集 mrna 二代结果分析方法

[发明专利]一种基于单细胞多组学测序分析T淋巴细胞TCR特点的方法-CN202111213369.7在审
发明人：白凡;邢旭东 -专利权人：北京大学
申请日： 2021-10-19 - 公布日： 2023-04-21 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单细胞多组学测序分析T淋巴细胞TCR特点的方法。该方法对特定病毒感染前后、治疗前后的不同患者样本进行单细胞测序，基于单细胞转录组测序数据构建单细胞基因表达矩阵并进行细胞类型的注释和分群，基于单细胞免疫组测序数据组装TCR序列并识别TCR链组成基因，然后评估和识别各细胞亚群稳定TCR的表达率，评估不同疾病状态的各细胞亚群克隆状态和各样本TCR组装与使用偏好性，以及分析同一患者治疗前后TCR的变化特点。
一种基于单细胞多组学测序分析淋巴细胞 tcr 特点方法

[发明专利]一种基于单细胞多组学测序分析B淋巴细胞BCR特点的方法-CN202111374293.6在审
发明人：白凡;邢旭东 -专利权人：北京大学
申请日： 2021-11-19 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单细胞多组学测序分析B淋巴细胞BCR特点的方法。该方法采集不同疾病状态下患者的样本进行单细胞测序，基于单细胞转录组测序数据构建单细胞基因表达矩阵并进行细胞类型注释，基于单细胞免疫组测序数据组装BCR序列并识别BCR链组成基因，然后评估和识别各细胞亚群的稳定BCR表达率，评估不同疾病状态的各细胞亚群克隆状态，分析不同疾病状态下各样本BCR组装与单基因使用偏好性，以及BCR组装与V‑J基因对使用偏好性。
一种基于单细胞多组学测序分析淋巴细胞 bcr 特点方法

[发明专利]确定棉纤维发育过程中上调基因和下调基因的方法-CN201410366425.4在审
发明人：陈全家;曲延英;倪志勇;李月;刘超;康定明 -专利权人：新疆农业大学
申请日： 2014-07-29 - 公布日： 2016-02-03 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供了一种确定在棉花纤维发育过程中上调或者下调基因的方法，包括：分别从处于棉纤维发育第一时期和第二时期的样本中获得第一转录组和第二转录组，测序获得第一转录组测序数据和第二转录组测序数据；分别基于第一转录组测序数据和第二转录组测序数据进行一级组装合并第一和第二一级组装数据，利用第一一级组装数据和第二一级组装数据中有重叠的一级基因进行二级组装，获得二级组装数据；基于二级组装数据和参考基因的重叠关系进行三级组装，获得三级组装数据；计算三级组装数据中各三级基因在两样本中的表达量，根据表达量的差异是否显著，获得差异表达基因，确定在棉纤维发育过程中的上调基因或者下调基因。
确定棉纤维发育过程上调基因下调方法

[发明专利]细胞数据分析方法、装置、设备及存储介质-CN202310593539.1在审
发明人：吴子涵;姚建华 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-05-23 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G06T7/35 文献下载
摘要：该方法包括：获取组织样本对应的组织染色图像以及测序数据；对所述测序数据以及所述组织染色图像分别进行基准线检测，得到所述测序数据对应的第一基准线分布，以及所述组织染色图像对应的第二基准线分布；基于所述第一基准线分布以及所述第二基准线分布，对所述测序数据以及所述组织染色图像进行图像配准，得到所述组织样本中各个细胞对应的基因表达结果；基于所述基因表达结果，对各个细胞进行细胞类型注释，得到所述组织样本对应的细胞分析结果；提高了测序数据与组织染色图像之间图像配准的准确性
细胞数据分析方法装置设备存储介质

[发明专利]基于纳米孔测序平台的文库的构建方法、鉴定微生物的方法及应用-CN202010306570.9有效
发明人：辜家爽 -专利权人：武汉臻熙医学检验实验室有限公司
申请日： 2020-04-17 - 公布日： 2022-12-06 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种基于纳米孔测序平台的文库的构建方法、鉴定微生物的方法及应用。所提供的基于纳米孔测序平台的文库的构建方法包括：对来自于微生物的靶基因进行富集，以便获得富集产物，所述微生物包括选自细菌、真菌或者病毒中的至少一种；基于富集产物建库，以便获得测序文库。所提供的鉴定微生物的方法包括：基于上述测序文库，利用纳米孔测序平台进行测序，以便获得测序结果；将所述测序结果与参考数据库进行比对，基于比对结果确定待测样本中微生物。通过所提供的方法鉴定微生物，检测时间短，同时可以实现细菌，真菌，病毒的一次性广谱检测。且由于靶基因核酸得到富集，大大降低了检测数据，从而降低了检测成本。
基于纳米孔测序平台文库构建方法鉴定微生物应用

[发明专利]一种肌肉生长抑制MSTN基因及其在云南土鸡选育中的应用-CN201511018837.X有效
发明人：李琦华;赵筱;谷大海;李正田;徐志强;曹振辉;荣华;黄英;张彦华;刘丽仙;豆腾飞;程志斌;佟荟全;胡文元;贾俊静;葛长荣 -专利权人：云南农业大学
申请日： 2015-12-29 - 公布日： 2016-05-04 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明提供一种肌肉生长抑制MSTN基因及其在云南土鸡选育中的应用，采用基因芯片技术和生物信息学分析方法，在对武定鸡和微型鸡肌肉组织的基因表达谱研究中发现MSTN基因参与抑制肌肉生成过程，通过对云南本土的微型鸡、武定鸡的MSTN基因进行测序，首次从鸡的肌肉组织中克隆了MSTN基因，使用分子生物学手段研究MSTN基因的表达量与生长性能、屠宰性能的调控规律，探讨微型鸡、武定鸡生长发育的规律，对于云南本土鸡种的保种
一种肌肉生长抑制 mstn 基因及其云南土鸡选育中的应用

[发明专利]一种基于转录组学的中药药理机制分析方法-CN201911232266.8有效
发明人：易星丞;张彦;梁磊;付聪;宿晓云;李沐;张博 -专利权人：吉林省蒲川生物医药有限公司
申请日： 2019-12-05 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16H20/90 文献下载
摘要：一种基于转录组学的中药药理机制分析方法，填补了转录组学领域中中药药理机制分析的空白，本发明包括：原始数据集获取；对原始数据进行预处理，得到不同萃取工艺不同浓度的同一种中药的基因表达谱；筛选差异基因；MIC本发明结合生物信息学与基因芯片技术，从测序得到的海量基因样本数据、临床个体样本数据中挖掘其中潜在联系，确立药物的潜在功能，构建药物成分针对蛋白与蛋白之间的内在调控关系的表达模型，确定药物发挥药效作用的主要信号作用通路
一种基于转录中药药理机制分析方法

[发明专利]一种尿液外泌体hsa‑microRNA486‑3p及其应用-CN201710421299.1在审
发明人：陈鹏;何伟;陈德龙;陈镇秋;王海彬;姜山;邹许亭 -专利权人：广州中医药大学第一附属医院
申请日： 2017-06-07 - 公布日： 2017-09-22 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明是基于外泌体液体活检技术，利用Illumina Hiseq2500测序平台的下一代测序技术，用于发现尿液外泌体中激素性股骨头坏死中差异表达的microRNA(s)；qRT‑PCR验证差异表达的microRNA(s)，得到差异表达明显的潜在标志物尿液外泌体hsa‑miR486‑3p，其序列如SEQ ID NO1所示。提取尿液外泌体，利用下一代测序技术分析尿液外泌体中的hsa‑miR486‑3p的变化，可以早于MRI发现激素性股骨头坏死；价格低廉；便于携带及推广。
一种尿液外泌体 hsa microrna486 及其应用

[发明专利]一种基于转录组数据挖掘水稻响应干旱胁迫的核心基因的方法-CN202211427643.5在审
发明人：张斌;杨昕霞;袁志辉 -专利权人：湖南科技学院
申请日： 2022-11-15 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供的基于转录组数据挖掘水稻响应干旱胁迫的核心基因的方法，包括如下步骤：(1)对发芽后的水稻进行干旱胁迫处理，提取干旱胁迫处理后水稻的RNA进行测序，得到测序数据；(2)所述测序数据利用HTSeq和DESeq软件筛选响应干旱胁迫的差异表达基因；(3)通过功能富集和蛋白互作分析鉴定所述差异表达基因中参与干旱胁迫过程的生物途径；(4)利用在线数据库分析所述差异表达基因的蛋白互作，筛选出核心蛋白和核心基因
一种基于转录数据挖掘水稻响应干旱胁迫核心基因方法

[发明专利]用于提高精确度的癌症患者的综合基因组转录组肿瘤-正常样基因组套分析-CN201880065571.X在审
发明人：沙赫鲁兹·拉比扎德;查德·加纳;拉胡尔·帕鲁勒卡尔;克里斯托弗·W·赛托 -专利权人：南托米克斯有限责任公司
申请日： 2018-10-09 - 公布日： 2020-05-26 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。
用于提高精确度癌症患者综合基因组转录肿瘤正常分析

[发明专利]一种基于RNA测序数据进行癌症溯源的方法-CN202011539346.0在审
发明人：罗奇斌;申玉林;廖胜光;任毅 -专利权人：天津奇云诺德生物医学有限公司
申请日： 2020-12-23 - 公布日： 2021-03-12 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息领域，且公开了一种基于RNA测序数据进行癌症溯源的方法，包括测序数据的预处理、基因差异性表达分析、溯源模型标志物的选取、癌症溯源模型的建立和验证、癌症溯源模型的使用五个步骤。本方法使用RNA测序数据中的部分差异性表达基因为溯源标志物，使用随机森林机器学习算法训练溯源模型，可对18种常见癌症进行溯源预测，较大程度覆盖癌种的同时避免了遗漏标志物基因的可能，且模型使用时操作简便，
一种基于 rna 序数进行癌症溯源方法