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[发明专利]针对酪氨酸蛋白激酶受体UFO(AXL)蛋白质的SRM/MRM测定-CN201580020711.8有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;阿黛尔·布兰克勒;辽卫礼 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-04-30 - 公布日： 2020-07-21 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明提供了来自酪氨酸蛋白激酶受体UFO蛋白质(AXL)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的AXL蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，所述生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从所述生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量AXL蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。AXL肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
针对酪氨酸蛋白激酶受体 ufo axl 蛋白质 srm mrm 测定

[发明专利]细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A(p16)的SRM/MRM测定-CN201680042688.7有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;安恩京 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2016-05-23 - 公布日： 2020-06-30 - 主分类号： G01N33/00 文献下载
摘要：提供了直接在生物样品中定量细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A蛋白质(p16)的方法，所述生物样品通过SRM/MRM质谱已经固定在福尔马林中。采用例如Liquid Tissue试剂和方案由生物样品制备蛋白质样品，并通过在蛋白质样品中定量来自p16的至少一个片段肽来定量所得样品中的p16蛋白质。肽能以修饰的或未修饰的形式进行定量。p16肽的修饰形式的一个实例为肽序列内的酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂 p16 srm mrm 测定

[发明专利]针对雄激素受体(AR)蛋白质的SRM/MRM测定-CN201580021054.9有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;史诺·塞帕洛姆比尔;安恩京 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-04-30 - 公布日： 2020-05-12 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了来自雄激素受体蛋白质(AR)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的AR蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，所述生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从所述生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量AR蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。AR肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
针对激素受体 ar 蛋白质 srm mrm 测定

[发明专利]针对NOTCH通路蛋白的SRM/MRM分析-CN201911032319.1在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;K·斯科特 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2019-10-28 - 公布日： 2020-05-08 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明属于癌症治疗领域，公开了一种测定福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质水平的方法。具体地，本发明提供了使用质谱检测和定量生物样品中DLL1、DLL3、JAG1、JAG2、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4和/或DLL4蛋白的方法，其中所述生物样品例如福尔马林固定的石蜡包埋的组织样品。另外，还提供了基于生物样品中DLL1、DLL3、JAG1、JAG2、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4和/或DLL4蛋白的水平治疗癌症的方法。本发明的方法可用于为例如癌症治疗作出更好的治疗决策。
针对 notch 通路蛋白 srm mrm 分析

[发明专利]T-DM1癌症治疗效果的预测-CN201880035576.8在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;M·斯卡特里蒂;B·T·李 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司;纪念斯隆-凯特林癌症中心
申请日： 2018-06-04 - 公布日： 2020-03-31 - 主分类号： A61K31/395 文献下载
摘要：本发明提供了治疗肺癌的改进方法。(i)通过DNA测序检测HER2突变的存在，以及(ii)通过质谱蛋白质组分析确定HER2蛋白是否在肿瘤细胞中表达，从而分析来自患者的肿瘤样品。当在带有HER2突变的患者肿瘤细胞中检测到独特HER2蛋白片段时，患者会对曲妥珠单抗Emtansine(T‑DM1)或等效的抗体‑药物偶联物的治疗产生反应。相反，当肿瘤细胞具有HER2突变但未检测到独特的蛋白片段时，患者对T‑DM1治疗无反应。肿瘤细胞中HER3的检测是对治疗反应的阳性预测因子。
dm1 癌症治疗效果预测

[发明专利]间皮素(MSLN)蛋白质的SRM/MRM测定-CN201680041620.7有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;阿黛尔·布兰克勒;史诺·塞帕洛姆比尔;安恩京 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2016-05-16 - 公布日： 2020-01-24 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本公开提供了用于直接在生物样品中定量MSLN蛋白质的方法，包括通过选择反应监测/多重反应监测(SRM/MRM)质谱而已经固定在福尔马林中的样品。可测定的样品包括使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。提供了从这样的生物样品制备蛋白质样品的方法，由通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所述肽的SRM/MRM质谱来定量MSLN蛋白质。
间皮素 msln 蛋白质 srm mrm 测定

[发明专利]胃癌治疗效果的预测-CN201880035577.2在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;C·邱 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2018-06-04 - 公布日： 2020-01-10 - 主分类号： A61K45/00 文献下载
摘要：本发明提供了确定癌症患者，特别是胃癌患者，是否会对采用序贯治疗策略做出反应的方法，其中序贯治疗策略包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5‑氟尿嘧啶/亚叶酸)，然后单独序贯施用联合化疗药物多西紫杉醇和顺铂(FOLFIRI+多西紫杉醇/顺铂)。用SRM质谱法直接在肿瘤细胞，特别是胃癌肿瘤细胞中精确检测和定量特定的TUBB3和TYMP片段肽，肿瘤细胞从癌症患者获得的肿瘤组织中收集，并与参照水平进行比较，以确定癌症患者是否对FOLFIRI+多西紫杉醇/顺铂序贯联合治疗有积极反应。
多西紫杉醇治疗策略肿瘤细胞癌症顺铂施用胃癌肿瘤细胞氟尿嘧啶化疗药物联合治疗伊立替康肿瘤组织片段肽亚叶酸质谱法胃癌检测联合

[发明专利]肿瘤组织的免疫分析-CN201880015717.X在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;K·斯科特 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2018-03-02 - 公布日： 2019-11-08 - 主分类号： C12Q1/37 文献下载
摘要：利用SRM/MRM试验检测和定量直接参与患者肿瘤组织中启动、抑制、维持和/或以其他方式调节肿瘤免疫应答过程中的蛋白质。该试验提供组织微环境的免疫谱，并且可以用作基于免疫治疗的改进方法的一部分，该基于免疫治疗的改进方法使用与癌症治疗剂一同调节癌症免疫应答的试剂。
免疫治疗癌症治疗剂方法使用患者肿瘤免疫分析免疫应答试验检测试验提供应答过程肿瘤免疫肿瘤组织微环境蛋白质改进癌症

[发明专利]针对丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B-raf(BRAF)的SRM/MRM测定-CN201910658572.1在审
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;史诺·塞帕洛姆比尔;辽卫礼 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-07-13 - 公布日： 2019-11-05 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了来自丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B‑raf(BRAF)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的BRAF蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，该生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从该生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量BRAF蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。BRAF肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
福尔马林生物样品固定的质谱修饰细胞丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶蛋白质样品石蜡包埋蛋白质选择反应监测组织培养细胞氨基酸残基多反应监测化学保藏甲醛处理固定剂酪氨酸类生物磷酸化丝氨酸苏氨酸组织块肽序列电离制备

[发明专利]针对GTP酶KRas蛋白质(KRas)的SRM/MRM测定-CN201580035539.3有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;史诺·塞帕洛姆比尔;辽卫礼 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-07-13 - 公布日： 2019-10-15 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了来自GTP酶KRas蛋白质(KRas)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的KRas蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，该生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从该生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量KRas蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。KRas肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
针对 gtp kras 蛋白质 srm mrm 测定

[发明专利]针对丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B-raf(BRAF)的SRM/MRM测定-CN201580035587.2有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;史诺·塞帕洛姆比尔;辽卫礼 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-07-13 - 公布日： 2019-08-09 - 主分类号： G01N33/66 文献下载
摘要：本发明提供了来自丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B‑raf(BRAF)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的BRAF蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，该生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从该生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量BRAF蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。BRAF肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
针对丝氨酸苏氨酸蛋白激酶 raf braf srm mrm 测定

[发明专利]通过识别对FGFR抑制剂治疗敏感的患者来治疗癌症的改进方法-CN201780075968.2在审
发明人：托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;K·斯科特 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2017-12-06 - 公布日： 2019-08-02 - 主分类号： G01N33/74 文献下载
摘要：提供了通过选择反应监测(SRM)质谱，或也可称为多重反应监测(MRM)质谱的方法，直接定量已固定在福尔马林中的生物样品中特定蛋白质的方法。这类生物样品是经化学保存和固定的，其中，所述生物样品选自使用含试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋的(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自这些块的细胞，以及经福尔马林固定和/或石蜡包埋的组织培养细胞。使用液体组织试剂和方案从所述生物样品中制备蛋白质样品，并且使用SRM/MRM质谱的方法通过定量蛋白质样品中至少一种或多种所述肽来定量液体组织样品中的指定蛋白质。可以检测和/或定量的蛋白质是TYMP、TROP2、INSR和/或FGFR蛋白质家族。
福尔马林生物样品质谱细胞蛋白质石蜡包埋固定的选择反应监测组织培养细胞蛋白质家族蛋白质样品定量蛋白质定量液体多重反应化学保存甲醛处理治疗癌症组织样品固定剂类生物组织块制备敏感监测检测治疗改进

[发明专利]针对肿瘤坏死因子受体超家族成员8(CD30)蛋白质的SRM/MRM测定-CN201580035586.8有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;辽卫礼 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-07-13 - 公布日： 2019-07-30 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了来自肿瘤坏死因子受体超家族成员8蛋白质(CD30)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的CD30蛋白质。
针对肿瘤坏死因子受体家族成员 cd30 蛋白质 srm mrm 测定

[发明专利]针对PD-L1的SRM测定-CN201580011369.5有效
发明人：大卫·B·克里茨曼;托德·哈姆布拉夫;史诺·塞帕洛比尔;廖伟莉;恩克杨·安 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2015-01-06 - 公布日： 2019-07-05 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了来自PD‑L1蛋白质的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的PD‑L1蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，所述生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue^TM试剂和方案从所述生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue^TM样品中定量PD‑L1蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。PD‑L1片段肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。
针对 pd l1 srm 测定

[发明专利]用于微管蛋白β-3链(TUBB3)蛋白的SRM/MRM测定-CN201780060335.4在审
发明人：托德·亨布罗;法比奥拉·塞奇;沙力特·施瓦兹 -专利权人： 爱科谱迅病理研究公司
申请日： 2017-09-07 - 公布日： 2019-06-07 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本公开提供了特定肽，以及来自微管蛋白β‑3链蛋白(TUBB3)的肽的衍生电离特征，特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱在福尔马林中固定的生物样品中直接定量TUBB3蛋白。使用Liquid Tissue试剂和方案从生物样品制备蛋白质样品，并通过样品的SRM/MRM质谱分析对TUBB3蛋白进行定量，其中特定肽被定量。本公开提供了治疗方法，其中将患者肿瘤样品中TUBB3的测量水平与参考水平进行比较，并且当测量的TUBB3水平低于参考水平时，用基于紫杉烷的治疗方案治疗患者。合适的参考水平例如是约700amol/μg组织。
参考水平蛋白微管蛋白治疗福尔马林生物样品制备选择反应监测蛋白质样品测量水平患者肿瘤生物样品质谱分析固定的紫杉烷电离质谱测量

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