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[发明专利]蛋白质相互作用的预测方法-CN202010809822.X有效
发明人：陆慧娟;武红立 -专利权人：中国计量大学
申请日： 2020-08-13 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质相互作用的预测方法，包括如下步骤：获取蛋白质相互作用的数据集，针对蛋白质数据的特点，对蛋白质氨基酸序列、结构、功能及相互作用进行多特征融合与特征抽取；利用Bagging算法通过Bagof Little Bootstraps技术和分治策略来生成多个基分类器的蛋白质相互作用预测模型；利用群智能优化算法或群智能混合算法来优化分类模型的参数，以优化训练集，将所形成的训练集输入蛋白质相互作用预测模型进行训练，以完成蛋白质相互作用预测模型的训练；将待预测未知蛋白质输入已完成训练的蛋白质相互作用预测模型，所述蛋白质相互作用预测模型输出蛋白质相互作用的数据。
蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法及相关设备-CN202310355390.3在审
发明人：郭建影 -专利权人：平安科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-03-22 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G06F16/36 文献下载
摘要：本申请提出一种镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法、装置、电子设备及存储介质，镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法包括：基于原始蛋白质构建第一图神经网络，并将原始蛋白质的氨基酸序列输入第一图神经网络，预测原始蛋白质的性质以及原始蛋白质与其他原始蛋白质之间的相互作用；基于原始蛋白质之间的相互作用构建第二图神经网络；将任意氨基酸序列输入第二图神经网络，预测氨基酸序列对应镜像蛋白质的性质、三维结构和镜像蛋白质与其他蛋白质之间的相互作用；将蛋白质的性质和三维结构作为节点信息，任意两个蛋白质之间的相互作用作为连边，构建镜像蛋白质相互作用图谱。本申请能预测镜像蛋白质的结构和性质并构建镜像蛋白质相互作用图谱。
蛋白质相互作用图谱构建方法相关设备

[发明专利]分子相互作用的检测-CN202080095682.2在审
发明人： N·克雷;S·利文斯;E·苏赫 -专利权人：奥里尼斯生物科学股份有限公司;奥里尼斯生物科学私人有限公司
申请日： 2020-12-15 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： C07K19/00 文献下载
摘要：本文描述了用于检测诸如蛋白质/蛋白质或小分子/蛋白质相互作用的分子相互作用的方法。因此，本发明部分地涉及用于检测各种分子相互作用的基于细胞的系统。在一些实施方案中，本发明提供了允许询问使用标准测定法不可检测的分子相互作用(例如，蛋白质/蛋白质、蛋白质/小分子和/或受小分子调节的蛋白质/蛋白质相互作用)的方法。
分子相互作用检测

[发明专利]蛋白质相互作用的模型建立方法和装置-CN201310418639.7有效
发明人：刘伟;谢红卫 -专利权人：中国人民解放军国防科学技术大学
申请日： 2013-09-13 - 公布日： 2013-12-25 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质相互作用的模型建立方法和装置。该蛋白质相互作用的模型建立方法包括：获取蛋白质相互作用的分类特征；根据所述分类特征得到蛋白质相互作用的预测模型；以及根据所述预测模型检测疾病相关的蛋白质相互作用。通过本发明，能够预测蛋白质相互作用与疾病相关性。
蛋白质相互作用模型建立方法装置

[发明专利]基于深度自动编码器的lncRNA-蛋白质相互作用预测方法-CN202211287199.1有效
发明人：滕志霞;张伊冉;郭茂祖;汪国华 -专利权人：东北林业大学
申请日： 2022-10-20 - 公布日： 2023-04-18 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：基于深度自动编码器的lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法，涉及生物信息学领域。本发明是为了解决现有lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法还存在特征表达能力低导致的样本在特征空间的分布区别不大，进而导致lncRNA‑蛋白质相互作用的预测准确率低的问题。本发明包括：获取待预测的lncRNA初始特征和蛋白质初始特征，并将待预测的lncRNA初始特征和蛋白质初始特征输入到训练好的lncRNA‑蛋白质相互作用预测模型中，获得相互作用预测结果；本发明利用边际Fisher分析方法学习lncRNA‑蛋白质相互作用样本的最优分类特征，提高了lncRNA‑蛋白质相互作用预测的准确率。本发明用于预测lncRNA‑蛋白质相互作用关系。
基于深度自动编码器 lncrna 蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]一种蛋白质结构势能函数的预测方法-CN201911371923.7有效
发明人：潘宪明;吴璐芸;夏霞宇 -专利权人：清华大学
申请日： 2019-12-26 - 公布日： 2022-11-08 - 主分类号： G16C20/70 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质结构势能函数的预测方法，包括以下步骤：1)计算蛋白质结构中氨基酸的短程相互作用、长程相互作用以及肽键能量；2)根据肽键的长程相互作用、短程相互作用以及肽键能量初步生成蛋白质结构势能函数；3)准备蛋白质结构已知的蛋白质数据；4)通过蛋白质结构已知的蛋白质数据训练初步生成的蛋白质结构势能函数，直至获得最终蛋白质结构势能函数。本方法采用肽键作为函数的基本单位，更加贴合蛋白质的实际结构，更加全面的考量了蛋白质内部的相互作用，肽键是蛋白质组成的基本单元，具有40％双键的性质，限制了原子的旋转，使用肽键作为结构打分函数的基本作用单位，更加符合蛋白质中氨基酸的相互作用机制。
一种蛋白质结构势能函数预测方法

[发明专利]一种从动态和静态蛋白质相互作用网络中挖掘蛋白质复合物的方法-CN201910821860.4有效
发明人：刘桂霞;赵贺;王荣全;宋佳智 -专利权人：吉林大学
申请日： 2019-09-02 - 公布日： 2021-05-04 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种从动态和静态蛋白质相互作用网络中挖掘蛋白质复合物的方法，包括：步骤一、构建具有权重的动态蛋白质相互作用网络和具有权重的静态蛋白质相互作用网络；步骤二、在具有权重的动态蛋白质相互作用网络和具有权重的静态蛋变质相互作用网络中，识别蛋白质复合物的核；步骤三、根据蛋白质复合物的核，在在具有权重的动态蛋白质相互作用网络和具有权重的静态蛋变质相互作用网络中，基于启发式搜索算法构建蛋白质复合物；步骤四、根据社区模型分数给蛋白质复合物进行打分，舍弃低于平均分的蛋白质复合物，进而得到高于平均分的蛋白质复合物；步骤五、在高于平均分的蛋白质复合物中，分别两两计算相似性，得到最终挖掘出的蛋白质复合物。
一种动态静态蛋白质相互作用网络挖掘复合物方法

[发明专利]基于深度学习挖掘蛋白质相互作用类型的预测方法-CN202211320402.0在审
发明人：黄剑平;方杨越 -专利权人：杭州师范大学
申请日： 2022-10-26 - 公布日： 2023-01-10 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明涉及基于深度学习挖掘蛋白质相互作用类型的预测方法。本发明通过构建蛋白质相互作用类型预测模型SE3NET‑PPI，仅需要蛋白质序列信息即可完成端到端的训练，将蛋白质3D结构信息转化成SE(3)不变矩阵图并使用卷积神经网络CNN和金字塔池化技术SPP对结构特征进行提取；根据所述蛋白质相互作用数据库中的蛋白质对构建蛋白质相互作用网络，然后将蛋白质序列经过预训练模型嵌入层得到蛋白质节点特征以及前述的蛋白质相互作用网络输入到同构图神经网络GIN提取蛋白质网络的拓扑信息结构将上述特征经特征融合后输入到MLP中，输出蛋白质对对应的作用类别的预测结果；融合了蛋白质的序列信息、结构信息以及PPI网络的拓扑信息来预测蛋白质相互作用类型，提高了预测准确率。
基于深度学习挖掘蛋白质相互作用类型预测方法

[发明专利]一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法和装置-CN201510087543.6有效
发明人：罗辛;夏云霓 -专利权人：中国科学院重庆绿色智能技术研究院
申请日： 2015-02-25 - 公布日： 2017-08-29 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开了一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法和装置，包括S1，特征转换模块接收服务器采集的高通量筛选数据集合，将高通量筛选数据集合转化为蛋白质集合的特征向量集合，并将特征向量集合存储到数据模块；S2，数据模块存储由特征转换模块转化的蛋白质特征向量集合以及存储相互作用率计算模块计算的蛋白质相互作用率矩阵；S3，相互作用率计算模块特征向量集合，执行蛋白质相互作用率矩阵构造过程，并将构造完成的蛋白质相互作用率矩阵存入数据模块；S4，补足模块接收到服务器对蛋白质二元组之间进行补足的指令后，根据数据模块的相互作用率存储单元中存放的蛋白质相互作用率矩阵，对蛋白质二元组之间缺失的相互作用关系进行补足。
一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法装置

[发明专利]一种预测药物的蛋白质相互作用靶点的方法和系统-CN201510645421.4在审
发明人：王永翠;王勇 -专利权人：中国科学院数学与系统科学研究院;中国科学院西北高原生物研究所
申请日： 2015-10-08 - 公布日： 2015-12-16 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明涉及一种预测药物的蛋白质相互作用靶点的方法和系统。该方法包括：1)收集人类蛋白质相互作用网络和药物的单个蛋白质靶点数据，构建药物的相互作用蛋白质靶点数据集；2)获取药物和蛋白质的描述数据；3)构建二部图表征药物和蛋白质对的相互作用关系，构建表征药物相似性和蛋白质对相似性的相似矩阵，建立核函数联系药物和蛋白质对的相似矩阵，通过机器学习算法建立预测模型；4)利用未知的药物和相互作用蛋白质对进行独立集测试，预测可能存在的未知的药物蛋白质相互作用靶点；进而通过数据库和文献检索对预测结果进行验证本发明可以拓广药物靶点的搜索空间，能够得到分类性能最好、更为特异的药物蛋白质相互作用靶点。
一种预测药物蛋白质相互作用方法系统

[发明专利]RNA-蛋白质相互作用预测方法、装置、介质及电子设备-CN202180002693.6在审
发明人：王斯凡;张振中 -专利权人：京东方科技集团股份有限公司
申请日： 2021-09-27 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本公开提供一种RNA‑蛋白质相互作用预测方法、装置、介质及电子设备；涉及人工智能技术领域。所述方法包括：获取待预测的RNA‑蛋白质对；对所述待预测的RNA‑蛋白质对进行特征提取，得到所述待预测的RNA‑蛋白质对的序列特征；向量化所述待预测的RNA‑蛋白质对，得到所述待预测的RNA‑蛋白质对中的RNA序列表示向量和蛋白质序列表示向量；基于所述待预测的RNA‑蛋白质对的序列特征、待预测的RNA‑蛋白质对中的RNA序列表示向量和蛋白质序列表示向量，使用相互作用预测模型得到所述待预测的RNA‑蛋白质对的相互作用预测值；根据所述相互作用预测值确定所述RNA和蛋白质之间的相互作用。
rna 蛋白质相互作用预测方法装置介质电子设备

[发明专利]基于动态加权蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物挖掘方法-CN201811145616.2有效
发明人：毛伊敏;朱海湾;胡健 -专利权人：江西理工大学
申请日： 2018-09-29 - 公布日： 2020-12-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本公开提供一种基于动态加权蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物挖掘方法，包括以下步骤：利用基因表达谱数据过滤不具有活性的蛋白质，构建动态蛋白质相互作用网络，再利用综合权值度量为动态蛋白质相互作用网络加权并添加新的相互作用，进而构建动态加权蛋白质相互作用网络；利用蛋白质的关键性和复合物的内在属性来构建蛋白质复合核；采用模糊粒度的相似度函数改进蚁群算法的拾起规则，利用紧密度优化放下规则，实现蛋白质复合物的挖掘；利用局部权值更新策略来实现不同代蚁群之间的最优解信息的传递，采用全局权值更新策略实现相邻时刻动态加权蛋白质相互作用网络之间的功能信息传递；以及输出挖掘出的蛋白质复合物。
基于动态加权蛋白质相互作用网络复合物挖掘方法

[发明专利]利用自连接标签的双分子荧光互补技术成像和追踪活细胞内的蛋白质相互作用-CN201810171933.5在审
发明人：邵世鹏;孙超英;孙育杰 -专利权人：北京大学
申请日： 2018-03-01 - 公布日： 2018-09-11 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：蛋白质之间的相互作用构成细胞生命活动的基础。揭示蛋白质之间的相互作用关系并探究相互作用复合物的动态行为已成为蛋白质组学研究的热点。现存的研究蛋白质相互作用的方法无法同时具备活细胞，高时空分辨率，单分子等特点，因此需要开发新的标记和追踪蛋白质相互作用的方法。本发明公开一种基于自连接标签双分子荧光互补的新型标记蛋白质相互作用复合物的方法。在合适的位点将自连接标签分裂成两个部分，分别融合两个具有相互作用的蛋白质，这两个蛋白质相互作用可以把分裂的自连接标签在空间上拉近而形成完整的自连接标签，加入染料可以使相互作用复合物发出荧光。新型自连接标签双分子荧光互补标记方法在细胞生物学中有广泛应用，可以实现在高时空分辨率的单分子水平检测和追踪细胞内一对蛋白质的相互作用。
蛋白质相互作用标签蛋白质分子荧光复合物高时空分辨率活细胞追踪细胞生物学单分子水平蛋白质组学动态行为互补标记互补技术细胞生命新型标记单分子分裂染料上拉荧光成像细胞融合研究检测应用开发

[发明专利]参与蛋白质－蛋白质相互作用的蛋白质亚群的分离方法-CN02829465.3无效
发明人： D·L·阿尔康;T·J·尼尔森 -专利权人：布朗歇特洛克菲勒神经科学研究所
申请日： 2002-08-14 - 公布日： 2005-08-24 - 主分类号： A61K38/00 文献下载
摘要：本发明提供了在复合体混合物中分离和鉴定参与蛋白质－蛋白质相互作用的蛋白质的方法。该方法使用化学反应性支持基质来分离蛋白质，蛋白质随后非共价结合其它蛋白质。分离支持基质，随后将非共价结合的蛋白质释放用于分析。由于在结合和释放步骤中都可通过化学操作影响蛋白质，鉴定非共价结合蛋白产生关于特定相互作用蛋白质种类的信息，如钙依赖或底物依赖性蛋白质相互作用。这允许在特定相互作用标准基础上从复合体混合物中选择蛋白质亚群。此方法优势是能同时筛选完整蛋白质组，不像双杂交系统或噬菌体展示方法，它们每次仅能检测结合单一钓饵蛋白。该方法可应用于研究活组织切片和尸体解剖样本中的蛋白质－蛋白质相互作用，研究信号分子、药物试剂或毒素存在时的蛋白质－蛋白质相互作用，用于比较患病和正常组织或癌和未转化细胞。
参与蛋白质相互作用分离方法

[发明专利]蛋白质复合物的识别方法-CN201610356036.2在审
发明人：赵军民;魏新红;张凯;张芳芳;杨斌;娄鑫坡;孔玉静 -专利权人：河南城建学院
申请日： 2016-05-26 - 公布日： 2016-10-12 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开一种蛋白质复合物的识别方法，包括如下步骤：构建带权的蛋白质相互作用网络，其中权值表示编码发生相互作用的蛋白质对应基因的表达模式之间的相似度；基于上述带权的蛋白质相互作用网络，识别蛋白质复合物的核；基于核内蛋白质与非核蛋白质发生相互作用的数量多少和权重大小来为蛋白质复合物的核识别附属蛋白质；以及将识别出的核与识别出的附属蛋白质进行组合，识别为蛋白质复合物。本方法不仅考虑了蛋白质复合物的内部结构，还要利用了编码相互作用蛋白质基因共表达程度高的特性。因此，该方法不仅可以识别具有重叠结构的蛋白质复合物，而且所识别的蛋白质复合物反映了蛋白质复合物的真实内部结构。
蛋白质复合物识别方法

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