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[发明专利]一种探针及其应用-CN201910599017.6有效
发明人：田瑞军;李鹏飞;初碧珠;何岸;郑振东 -专利权人：南方科技大学
申请日： 2019-07-04 - 公布日： 2021-12-28 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了一种探针及其应用，所述探针包括间隔臂和连接于所述间隔臂上的诱饵蛋白、光反应基团和富集基团，其中诱饵蛋白包括识别特定蛋白质翻译后修饰的蛋白质结构域，例如识别酪氨酸磷酸化的SH2结构域；本发明的探针不影响目标蛋白活性，当诱饵蛋白与目标蛋白相互作用时，紫外光辐射促进了光反应基团与目标蛋白的共价结合，通过富集基团有效富集得到蛋白复合物，有利于进行蛋白质间弱相互作用和瞬时相互作用分析，显著提高了人或动物组织样本及细胞膜附近目标蛋白及其复合物的富集和鉴定能力，成功实现对不同乳腺癌细胞系中和乳腺癌组织内的酪氨酸磷酸化蛋白质复合物的富集和鉴定，具有广阔的应用前景和市场价值。
一种探针及其应用

[发明专利]一种交联肽段富集方法及其在蛋白质相互作用研究中的应用-CN201711226826.X有效
发明人：张丽华;方菲;赵群;安雨馨;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2017-11-29 - 公布日： 2021-06-08 - 主分类号： G01N1/40 文献下载
摘要：本发明涉及一种交联肽段富集方法及其在蛋白质相互作用研究中的应用。使用两侧具有反应活性基团且连接臂上含有邻二羟基基团的交联剂将细胞内蛋白质复合体进行交联并酶解，随后采用硼亲和材料对交联肽段进行选择性富集和高效释放。该方法具有操作简便、高效、高通量、高可信度的优点并应用于蛋白质相互作用的分析。
一种交联富集方法及其蛋白质相互作用研究中的应用

[发明专利]一种提取蛋白质-小分子相互作用模块的方法-CN201510493825.6有效
发明人：梁治;牛立文;滕脉坤;何巍 -专利权人：中国科学技术大学
申请日： 2015-08-12 - 公布日： 2019-06-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种提取蛋白质‑小分子相互作用模块的方法，具体是将蛋白质上构成小分子结合口袋的原子(或氨基酸)根据其性质进行定量化描述，然后对两两口袋原子(或氨基酸)之间的距离进行评估，建立距离矩阵，再利用聚类算法抽提出性质相似的口袋原子(或氨基酸)类别，最后通过后处理，获得蛋白质‑小分子相互作用模块。可应用于生物信息学研究、蛋白质设计、药物筛选、小分子化学合成等多个方面。
一种提取蛋白质分子相互作用模块方法

[发明专利]基于邻居接近中心性和直系同源信息的关键蛋白质识别方法-CN201610781892.2在审
发明人：王建新;李高仕;李敏 -专利权人：中南大学
申请日： 2016-08-31 - 公布日： 2017-02-01 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开了一种融合网络邻居接近中心性和直系同源蛋白质信息的关键蛋白预测方法(NCCO)。通过对蛋白质相互作用网络的拓扑特征的分析，我们发现网络中存在大量的三角形，许多关键蛋白质出现在这些三角形中。考虑到蛋白质进化保守性的重要性，我们把邻居接近中心性和反映进化保守性的直系同源蛋白质信息进行结合，然后提出了新的识别关键蛋白质方法NCCO。本发明简单易用，输入的数据只要蛋白质相互作用数据和直系同源蛋白质数目数据，和已有的经典方法相比，本发明提出的方法在预测的准确度、与已知关键蛋白质匹配的敏感度和特异性等方面都有明显提高，可供生物学家进行实验
基于邻居接近心性直系同源信息关键蛋白质识别方法

[发明专利]基于深层图卷积网络的蛋白质-蛋白质相互作用位点预测方法-CN202110502536.3有效
发明人：杨跃东;袁乾沐;卢宇彤 -专利权人：中山大学
申请日： 2021-05-08 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深层图卷积网络的蛋白质‑蛋白质相互作用位点预测方法，包括步骤如下：根据蛋白质的序列和结构信息，提取节点特征矩阵和包含边信息的邻接矩阵，共同构成蛋白图表征；采用基于初始残差和恒等映射的深层图卷积；深层图卷积的最后一层图卷积层的输出输入一个多层感知机，完成构建深层图卷积神经网络；将训练数据提取得到蛋白图表征，采用五折交叉验证方法对深层图卷积神经网络进行训练；将待测数据通过提取得到蛋白图表征，并输入训练好的深层图卷积神经网络，实现对蛋白‑蛋白相互作用位点的预测。本发明能更充分地利用蛋白质空间结构信息，进一步提高蛋白‑蛋白相互作用位点预测的准确率。
基于深层图卷网络蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]药物与靶标的相互作用预测方法、装置、设备及存储介质-CN202210508983.4在审
发明人：郑喜民;王天誉;舒畅;陈又新 -专利权人：平安科技（深圳）有限公司
申请日： 2022-05-10 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明为人工智能技术的神经网络技术领域，本发明提供了一种药物与靶标的相互作用预测方法、装置、设备及存储介质，其中，所述方法包括：调用预先构建的图神经网络提取药物的分子图中的药物特征，根据重启随机游走算法对分子图进行处理，预测分子图中相邻两个节点之间的药物特征的相似度，得到全局结构信息，将全局结构信息输入预设的深度神经网络中，得到药物的低维特征信息，获取靶标的蛋白质序列，调用长短期记忆网络对蛋白质序列进行处理，得到蛋白质特征，将低维特征信息及蛋白质特征输入预设的全连接层，以预测药物与靶标的相互作用结果，以有针对性的提取出药物和蛋白质序列内包含的信息，提升了药物与靶标相互作用的预测效率。
药物靶标相互作用预测方法装置设备存储介质

[发明专利]基于网络传播的蛋白质功能预测方法-CN201911369728.0在审
发明人：胡赛;赵碧海;熊慧军;王皓鋆 -专利权人：长沙学院
申请日： 2019-12-26 - 公布日： 2020-05-12 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于网络传播的蛋白质功能预测方法，包括以下步骤：根据蛋白质相互作用网络拓扑结构建立无向加权网络，并将无向加权网络表征为无向图邻接矩阵M；根据蛋白质结构域信息和蛋白质复合物信息计算得到初始传播距离矩阵MI；根据无向图邻接矩阵M和初始传播距离矩阵MI，迭代地计算蛋白质间的网络传播距离以得到网络传播矩阵MP；根据网络传播矩阵MP逐步添加与测试蛋白质的邻接节点构成功能模块，多个功能模块构成候选功能列表；对候选功能列表中的候选功能评分、排序，选择排名靠前的若干项功能注释测试蛋白质。本发明改进了蛋白质功能预测方法研究中多源生物数据的融合方式，降低了相互作用网络中假阳性和假阴性对预测造成的负面影响，大大提高了蛋白质功能预测的准确率。
基于网络传播蛋白质功能预测方法

[发明专利]云南红梨PybHLH基因及其原核表达载体和应用-CN201310085703.4无效
发明人：李昆志;崔道雷;张晓东;樊磊;陈丽梅;舒群;苏俊 -专利权人：昆明理工大学
申请日： 2013-03-18 - 公布日： 2013-06-12 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：本发明公开了一种云南红梨花青素生物合成、毛状体发生发育及盐胁迫调控蛋白PybHLH基因及其原核表达载体，本发明利用RT-PCR技术从云南红梨云红梨1号红色果皮中克隆PybHLH基因，然后构建了原核表达载体pGEX-4T-PybHLH，pGEX-4T-PybHLH载体在大肠杆菌Rosetta(DE3)中进行表达PybHLH蛋白，纯化后，获得云南红梨PybHLH纯化蛋白，本发明还将PybHLH基因原核表达载体应用在制备PybHLH特异性抗体中，获得的PybHLH特异性抗体还用于研究蛋白质与蛋白质以及蛋白质与DNA的相互作用以及对PybHLH转基因植物的检测，本发明获得的PybHLH特异性抗体中含有谷胱甘肽S转移酶（GST），获得的PybHLH特异性抗体运用于FarWesternblotting和免疫共沉淀实验研究蛋白质相互作用以及准确分离获得与PybHLH相互作用的蛋白质和DNA片段。
云南 pybhlh 基因及其表达载体应用

[发明专利]塑料-CN200780043320.3无效
发明人： K·L·皮克林;C·J·R·维比克;C·维容;L·E·埃弗雷特 -专利权人：威凯托陵科有限公司
申请日： 2007-11-21 - 公布日： 2010-01-06 - 主分类号： C08H1/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种由蛋白质源制备塑料的方法，该方法的特征在于下列步骤：i)使用至少一种变性剂处理所述蛋白质源，从而破坏蛋白质或其部分之间的相互作用；以及ii)使用足够的压力和温度处理所述变性的蛋白质源，从而使所述变性的蛋白质源结合为塑料
塑料

[发明专利]一种小麦麸质蛋白的提取与改性方法-CN201710092540.0在审
发明人：范恒 -专利权人：范恒
申请日： 2017-02-21 - 公布日： 2017-08-04 - 主分类号： A23J1/12 文献下载
摘要：本发明是关于一种小麦麸质蛋白的提取与改性方法，其特征在于由下列步骤完成小麦麸皮→脱脂→高温a‑淀粉酶酶解→碱浸提→离心，取上清液→酸沉淀→离心，收集沉淀物→干燥→改性。琥珀酰化所引入的是带负电的琥珀羧基，电负性增加使蛋白质产生更强的静电斥力，降低了氢键的结合，从而减弱了蛋白质之间的相互作用，增强了蛋白质与水的相互作用，从而提高了其溶解性。
一种麦麸蛋白提取改性方法

[发明专利]药物靶标关系预测方法、装置、计算机设备及存储介质-CN202110857945.5有效
发明人：叶青;杨子翊;张胜誉;侯廷军 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司;浙江大学
申请日： 2021-07-28 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：该方法包括：确定目标药物分子以及目标蛋白质；获取目标药物分子对应的目标药物标识以及目标蛋白质对应的目标蛋白标识；基于目标药物标识、目标蛋白标识以及知识图谱进行相互作用关系预测，得到关系预测结果。通过引入至少一种组学数据，结合已知的药物靶标相互作用对形成知识图谱，基于知识图谱进行药物靶标关系预测，丰富了关系预测的信息来源，弥补了仅依靠已知的药物蛋白相互作用等先验知识进行关系预测的不足，提高了对药物分子和蛋白质之间相互关系的预测准确率
药物靶标关系预测方法装置计算机设备存储介质

[发明专利]一种新的酵母双杂交方法及其应用-CN201110113663.0无效
发明人：周荣家;程汉华;陈述亮 -专利权人：武汉大学
申请日： 2011-05-04 - 公布日： 2011-10-19 - 主分类号： C12N1/19 文献下载
摘要：本发明公开了一种新的的酵母双杂交方法，该方法通过降低低丰度基因丢失率的文库扩增、酵母菌快速转化质粒、逐渐提高选择压筛选蛋白质互作并判断相互作用的强弱程度和富集表达β-半乳糖苷酶而发现弱互作的蛋白质。本方法操作简单，假阳性和假阴性少，采用本系统的酵母双杂交方法，不仅能够发现新的相互作用蛋白质，而且能够筛选到已知的阳性克隆。本发明公开的酵母双杂交方法可用于基因的新功能分析和相互作用网络图谱的绘制。
一种酵母双杂交方法及其应用

[发明专利]一种基于图卷积神经网络的蛋白质自相互作用预测方法-CN202010638359.7在审
发明人：王磊;闫欣 -专利权人：枣庄学院
申请日： 2020-07-06 - 公布日： 2020-10-30 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明提供一种新型的蛋白质自相互作用预测方法，涉及机器学习和生物信息学领域。具体的：通过现有的数据库筛选出蛋白质的序列等信息，并进行预处理；使用位置特异性评分矩阵的构建，将蛋白质信息转化为PSSM矩阵（N*20）；再利用深度学习的图卷积神经网络算法，提取去蛋白质的高有效特征信息，极大的降低了数据维度；最后采用随机森林算法，对蛋白质自相互作用进行预测。
一种基于图卷神经网络蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]基于卷积神经网络的药物-蛋白相互作用预测模型-CN202110878705.3有效
发明人：王爽;宋弢 -专利权人：中国石油大学（华东）
申请日： 2021-08-02 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于卷积神经网络的药物‑蛋白相互作用预测模型，该预测模型的构建方法如下：步骤1、为靶点蛋白质的结合位点构建包围盒描述符，利用三层3D卷积神经网络提取多通道的结合位点空间结构特征；步骤2、基于靶点蛋白质的氨基酸序列，利用三层1D卷积神经网络提取蛋白质的氨基酸构成特征；步骤3、为待筛选的药物分子构建分子图，利用三层图卷积神经网络提取药物分子特征；步骤4、将得到的所有特征进行组合得到整体特征后，输入至两层全连接网络预测药物‑蛋白的相互作用，借此，本发明具有不仅考虑了与对接过程密切相关的结合位点的局部特征，还考虑了蛋白质的全局特征，并将这些特征预测化合物‑蛋白质相互作用的优点。
基于卷积神经网络药物蛋白相互作用预测模型

[发明专利]一种过氧化物酶催化的细胞表面蛋白质标记方法-CN202010439094.8有效
发明人：叶明亮;李亚楠 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2022-08-16 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本发明公开了一种过氧化物酶催化的细胞表面蛋白质标记方法。细胞外引入外源的过氧化物酶催化化学探针产生活性强、寿命短的自由基对暴露在细胞质膜外侧的蛋白质基团进行选择性共价标记。接着，利用化学探针上的捕获基团对标记的蛋白质进行蛋白质组学分析。化学探针自由基可以与相邻蛋白质上氨基酸，主要与酪氨酸、色氨酸、组氨酸和半胱氨酸等电子密度较高的氨基酸中的一种或二种以上发生共价连接。此标记策略操作简单，选择性好，反应速率快，不破坏细胞表面蛋白质的糖型，可以应用于细胞表面蛋白质组(或质膜蛋白质组)及其动态变化分析，也可以应用于细胞表面蛋白质‑蛋白质相互作用以及细胞‑细胞间相互作用等的研究
一种过氧化物催化细胞表面蛋白质标记方法