本发明涉及基因组学、分子生物学、生物信息学和全基因组选择育种技术领域,具体是一种基于目标区域基因组序列液相捕获的精准定位测序分型技术(Genotyping by Pinpoint Sequencing of captured targets,cGPS)的仿刺参全基因组30K液相育种芯片及其应用。SNP分子标记组合为1‑30781个SNP位点中任意组合。该芯片可应用于刺参遗传多样性评估、种质资源和亲缘关系鉴定、重要经济性状全基因组关联分析和全基因组选择育种;具备高通量、高区间覆盖率、高位点检出率、高灵活性等优点,为仿刺参分子育种提供有力的工具支撑。