本发明提供了一种突变型限制性内切酶BsaI及其制备方法和应用,所述突变型限制性内切酶BsaI具有(I)、(II)或(III)所示的氨基酸序列中任意一个:(I)SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列;(II)与SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列具有≥98%同源性的多肽;(III)SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列经过1~20个氨基酸残基的取代、缺失或添加而获得的氨基酸序列,且获得的氨基酸序列具有限制性内切酶的活性本发明通过对野生型限制性内切酶BsaI及进行多位点氨基酸突变,得到突变型限制性内切酶BsaI,所得酶稳定性好,酶活和纯度满足市场需要,且价格低廉。