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[发明专利]蛋白质与小分子样本生成及结合能、结合构象预测方法-CN202011012500.9在审
发明人：殷实秋;周杰龙 -专利权人：北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2020-09-23 - 公布日： 2021-01-29 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明提供一种蛋白质与小分子样本生成及结合能、结合构象预测方法，其中，小分子和蛋白质结合样本生成方法，包括：当小分子与蛋白质之间存在相互配合的目标给体和目标受体，判断目标给体和目标受体是否存在相互作用；当目标给体与目标受体存在相互作用，则按照预设规则，建立目标给体与目标受体的空间构象数据，得到小分子和蛋白质结合样本。通过实施本发明对目标给体和受体部分进行筛选，并根据筛选出的目标给体和受体按照预设规则建立三维空间矩阵作为样本，根据已有知识，简化小分子和蛋白质结合时的分析模型，对样本引入先验知识，从而在后续模型训练时，
蛋白质分子样本生成结合能结合构象预测方法

[发明专利]一种基于自注意力机制与多药物特征组合的预测方法-CN202011403977.X有效
发明人：宋晓宁;华阳;於东军;冯振华 -专利权人：上海蠡图信息科技有限公司
申请日： 2020-12-04 - 公布日： 2021-10-26 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于自注意力机制与多药物特征组合的预测方法，包括药物分子经过扩展连通性指纹和Mol2Vec向量编译两种嵌入特征，由双向门控循环单元和邻域卷积抽取药物特征；所述药物中的蛋白质序列在经过特征嵌入后，利用一维卷积提取蛋白特征并与所述药物特征做相关注意力增强；拼接所述药物特征和所述蛋白特征，利用自注意力机制增强对蛋白质药物相互作用信息的提取；将所述拼接后的特征放入双向门控循环单元并预测蛋白质和药物的相互作用将Morgan指纹编译和Mol2vec向量嵌入结合，使所提取的药物特征信息更为丰富；发现卷积网络结合门控循环单元提取蛋白质和药物特征，配合注意力机制强化提取蛋白质和药物之间的关系特征，可有效提升模型的性能
一种基于注意力机制药物特征组合预测方法

[发明专利]一种快速制备DNA结合蛋白的技术-CN201110094649.0无效
发明人：杨华;饶力群 -专利权人：湖南农业大学
申请日： 2011-04-15 - 公布日： 2011-11-16 - 主分类号： C07K1/30 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种制备DNA结合蛋白的技术。本发明是以高浓度的盐溶液提取DNA-蛋白质复合物，再利用DNA-蛋白质复合物难溶于低浓度盐溶液的特点使DNA-蛋白质复合物析出，再应用丙酮-三氯乙酸除去DNA等杂质，即可获得DNA结合蛋白，为研究DNA与蛋白质相互作用提供了可靠的技术平台。
一种快速制备 dna 结合蛋白技术

[发明专利]共价配体的全蛋白质组发现方法及其组合物-CN202080052454.7在审
发明人：曹平;袁园;张超 -专利权人：布里奇恩生物科学公司
申请日： 2020-08-04 - 公布日： 2022-03-11 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本公开提供了一种基于比较质谱分析的分析方法，用于识别和量化亲电化合物与复杂蛋白质组中多种蛋白质的共价相互作用，以及用于进行所述方法的组合物。
共价蛋白质发现方法及其组合

[发明专利]一种代谢物-蛋白质相互作用体系筛选和表征方法-CN201711263776.2在审
发明人：许国旺;王博弘;秦倩;石先哲;常蒙蒙 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2017-12-05 - 公布日： 2019-06-11 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于代谢组学及结构质谱技术的代谢物‑蛋白质相互作用体系筛选和表征方法，通过亲和固载方法将异源表达的带有标签的靶标蛋白进行固定，再将其与代谢物提取物共同孵育，最后将靶标蛋白‑代谢物复合物分离及变性洗脱后进行非靶向代谢组学分析，对比其与对照组(没有固定蛋白的亲和载体)差异，从而筛选出与靶标蛋白具有潜在相互作用的代谢物。继而利用结构质谱对潜在相互作用体系进行直接验证。该结合方法即能够高通量筛选与靶标蛋白具有潜在相互作用代谢物，利用结构质谱的直接表征又能筛除间接表征过程中可能引入的假阳性互作结果。该方法是一种可靠的蛋白质‑代谢物相互作用高通量研究手段。
代谢物靶标蛋白蛋白质相互作用体系筛选质谱代谢组学分析高通量筛选代谢组学固定蛋白间接表征亲和载体异源表达质谱技术非靶向复合物高通量假阳性提取物变性孵育固载洗脱蛋白质标签筛选验证引入研究

[发明专利]蛋白质复合物深度多序列比对方法-CN201911290749.3有效
发明人：於东军;刘子;朱一亨 -专利权人：南京理工大学
申请日： 2019-12-16 - 公布日： 2022-09-20 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质复合物深度多序列比对方法，包括：步骤1、蛋白质单体多序列比对搜索，然后基于基因组距离将两个蛋白质单体多序列比对结果进行结合；步骤2、蛋白质单体多序列比对搜索，然后基于物种匹配将蛋白质单体多序列比对结果进行结合；步骤3、蛋白质单体多序列比对搜索，然后基于蛋白质相互作用网络关系将蛋白质单体多序列比对结果进行结合。该方法用于解决预测蛋白质复合物之间的接触图谱问题中由于不能直接从蛋白质复合物序列信息直接构建蛋白质复合物多序列比对而导致不能大规模预测分析蛋白质复合物的接触图谱的问题，该方法具有预测精度高、泛化能力强的优点
蛋白质复合物深度序列方法

[发明专利]FAS受体和其它蛋白质功能的调节物-CN96196658.0无效
发明人：戴威·瓦拉赫;马克·保尔丁;丹娘·贡恰廖夫;尤里·V·戈利采夫 -专利权人：耶达研究与发展有限公司
申请日： 1996-06-14 - 公布日： 1998-11-04 - 主分类号： C07H21/04 文献下载
摘要：本发明提供了可调节或介导携带FAS受体或p55受体的细胞上FAS受体配体或TNF效应的蛋白质,这是通过与MORT－1蛋白质结合或相互作用进行的,该MORT－1蛋白质本身与FAS受体的胞内区域结合或与另一种蛋白质此外,也提供了干优具有蛋白水解活性的MORT－1－结合蛋白质的蛋白水解活性的肽抑制物以及设计它们的方法。
fas 受体其它蛋白质功能调节

[发明专利]一种基于残基相互作用及PEN的分子动力学结果分析方法-CN202110806638.4有效
发明人：魏志强;郭晶晶;刘昊;王茜;卢浩 -专利权人：中国海洋大学
申请日： 2021-07-16 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于残基相互作用及PEN的分子动力学结果分析方法，属于药物分子动力学技术领域，所述方法包括以下步骤：1)残基相互作用能矩阵的构建；2)蛋白质能量网络结构图的构建和分析；3)图卷积神经网络分类训练本发明方法通过相互作用能量矩阵、蛋白质能量网络结构图、分子动力学分析、图卷积神经网络分类训练使得药物分子动力学分析更加高效，精确。
一种基于残基相互作用 pen 分子动力学结果分析方法

[发明专利]肽微阵列及使用方法-CN201210427378.0有效
发明人：王巍;许峥 -专利权人：加利福尼亚大学董事会
申请日： 2012-10-31 - 公布日： 2013-05-29 - 主分类号： C40B40/10 文献下载
摘要：一种包含多种预测的独特结合肽的肽微阵列，所述独特结合肽通过与目标蛋白质或其结构域相互作用的计算预测而被选出。所选出的独特结合肽被预合成，随后被印刷和/或经由N端用接头固定在固体载体表面上。还提供使用本发明肽微阵列用于蛋白质-肽相互作用、表位定位以及药物筛选的定量测定的方法。
阵列使用方法

[发明专利]一种高效检测体内蛋白相互作用的方法-CN200810037359.0有效
发明人：贺宇飞;陈先 -专利权人：复旦大学
申请日： 2008-05-13 - 公布日： 2009-11-18 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明属生物技术领域，涉及一种高效检测体内蛋白相互作用的方法。本发明利用高效瞬时转染表达系统，改进生物素-链霉亲合素一步亲和纯化技术，应用只15个氨基酸的标签，整合同位素标记技术，建立了蛋白质相互作用检测方法。本方法采用用量为10⁷数量级的起始细胞，应用于原代细胞的蛋白质相互作用检测，特异性和效率明显高于现有技术，能鉴定出更多的相互作用蛋白尤其是弱的和瞬时相互作用，同时检测耗时和费用也大为减少
一种高效检测体内蛋白相互作用方法

[发明专利]一种用于蛋白质组学分析的动物蛋白质样品的制备方法-CN201110204843.X有效
发明人：吴石金;邱乐泉;赵士良;沈飞超;钟卫鸿 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2011-07-20 - 公布日： 2011-12-21 - 主分类号： G01N1/28 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于蛋白质组学分析的动物蛋白质样品的制备方法，通过组织冰冻实现蛋白原位固定，对目标区域进行显微捕获切割，将切割下来的细胞通过组织裂提取总蛋白，改进了实验流程和样品制备技术，大大地减少了蛋白丢失、降解(或破坏)以及对蛋白质的人为修饰，减少了蛋白质与其他生物大分子的相互作用，并可使蛋白质处于完全变性状态，为实现低丰度目标蛋白点的高效识别分离效果很好，适用于蛋白质生物标志物的筛选与确定。
一种用于蛋白质分析动物样品制备方法

[发明专利]SARS冠状病毒中的功能蛋白质-CN03148520.0无效
发明人：贺福初;祝庆余;钱小红;张学敏;应万涛;郝运伟;张养军;蔡耘;戴舒佳;孙薇 -专利权人：中国人民解放军军事医学科学院放射医学研究所;中国人民解放军军事医学科学院微生物流行病研究所;国家生物医学分析中心
申请日： 2003-07-02 - 公布日： 2005-01-19 - 主分类号： C07K14/165 文献下载
摘要：本发明公开了一种SARS冠状病毒中的三种结构蛋白质，即N、S和M蛋白，并测定N蛋白质的分子量为45930，具有序列表所示的氨基酸序列。同时发现N蛋白质的免疫原性最强，以及S和M蛋白质的免疫原性与二者的相互作用有关。这些结果在SARS诊断试剂、防治药物和疫苗的研制中具有重大实际应用价值。
sars 冠状病毒中的功能蛋白质

[发明专利]基于异质信息网络的药物靶标相互作用预测方法-CN202110536260.0有效
发明人：鱼亮;安琦 -专利权人：西安电子科技大学
申请日： 2021-05-17 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于异质信息网络的药物靶标相互作用预测方法，用于解决现有技术中存在的预测准确率较低的技术问题，实现步骤为：构建异质信息网络Hn；构建药物相似性网络Simd的随机游走序列Wd；构建蛋白质相似性网络Simp的随机游走序列Wp；构建药物‑蛋白质相互作用网络DTI；获取药物特征向量矩阵X和蛋白质特征向量矩阵Y；获取药物靶标相互作用的预测结果。本发明应用了多种类、大规模的异质信息网络数据，构建更为准确且全面的药物特征和靶标特征，提高了药物靶标相互作用的预测准确率，可用于为新药物的研发提供引导。
基于信息网络药物靶标相互作用预测方法

[发明专利]一种在蛋白质芯片表面固定蛋白质的方法-CN03157199.9有效
发明人：王战会;靳刚 -专利权人：中国科学院力学研究所
申请日： 2003-09-18 - 公布日： 2005-03-23 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种在蛋白质芯片表面固定蛋白质的方法。该方法使用组分A和组分B的无水乙醇溶液浸泡蛋白质芯片，所述组分A为能够使蛋白质芯片表面呈疏水性的有机化合物；所述组分B为一端含有能够与所需固定的蛋白质分子以共价连接的活性基团、一端含有极性基团的有机化合物；然后使用常规方法活化组分B的极性基团；最后将此蛋白质芯片放入所需固定的蛋白质溶液中浸泡。该方法固定的蛋白质比较稳定；而且能够有效降低蛋白质芯片表面与蛋白质分子间的相互作用，减少蛋白质芯片表面对蛋白质分子的空间构像的影响；通过这种方法固定的蛋白质的生物活性比通过物理吸附或单纯组分B固定的蛋白质生物活性提高
一种蛋白质芯片表面固定方法

[发明专利]一种基于不确定图模型侦测蛋白质复合物的方法-CN201811518891.4有效
发明人：徐周波;黄文文;刘华东;常亮;杨健 -专利权人：桂林电子科技大学
申请日： 2018-12-12 - 公布日： 2021-05-07 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提出一种基于不确定图模型侦测蛋白质复合物的方法，该方法包括：将蛋白质作为不确定图的顶点，蛋白质之间的相互作用作为不确定图的边；根据不确定图模型，定义期望稠密度，判断每个顶点是否属于核；计算蛋白质和他邻居蛋白质的皮尔逊系数，进一步判断该蛋白质是否属于核；根据不确定图模型，定义邻居顶点相关度，判断该蛋白质是否属于附件；对所有挖掘到的蛋白质复合物进行冗余过滤。本发明所采用的不确定图模型具有很好的表示动态PPI网络，更切合实际，从而加快了搜索效率，更能精确预言蛋白质复合物。
一种基于不确定模型侦测蛋白质复合物方法