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[发明专利]用于发现中药活性成分及其作用靶点的网络药理学方法-CN201310054028.9有效
发明人：黄剑平;范骁辉 -专利权人：浙江大学
申请日： 2013-02-20 - 公布日： 2013-06-12 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于发现中药活性成分及其作用靶点的网络药理学方法，包括：收集可用于构建训练集的化合物和蛋白质，并根据化合物的分子结构和蛋白质的氨基酸序列分别计算特征描述符；基于化合物和蛋白质的特征描述符构建训练集，并使用机器学习方法建立化合物和蛋白质相互作用的预测模型；对需要预测的中药，收集其已知的化合物成分，计算特征描述符并构建预测集；使用建立的模型对预测集进行预测，并把预测获得的相互作用结果高于给定阈值的化合物和蛋白质用于构建网络；网络节点的连接数较大的化合物和蛋白质即为潜在活性成分和作用靶点。本发明可以提高中药活性成分和作用靶点发现的准确率和效率。
用于发现中药活性成分及其作用网络药理学方法

[发明专利]一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法和装置-CN201611264831.5在审
发明人：张慧玲;魏彦杰;郭宁;贝振东;朱昱寰 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2016-12-30 - 公布日： 2017-05-10 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法包括获取已解析蛋白质结构的膜蛋白作为训练集；提取所述已解析蛋白质结构的膜蛋白中用于区分相互作用的残基对和非相互作用的残基对的非均衡分类的特征；将所提取的非均衡分类的特征通过smote‑boost算法训练预测模型；根据训练后的预测模型，预测未知蛋白质结构的膜蛋白残基的作用关系。
一种膜蛋白残基作用关系预测方法装置

[发明专利]蛋白质-蛋白质相互作用的分析方法和装置-CN201880027148.0在审
发明人：李泓沅;罗有真 -专利权人：株式会社普罗体哪
申请日： 2018-04-19 - 公布日： 2020-03-24 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种通过蛋白质‑蛋白质相互作用分析来分析细胞或组织中信号传导途径的激活状态的方法，一种用于选择个性化的治疗剂和/或用于使用该分析方法监测治疗剂的效果的方法，以及用于其中的装置。
蛋白质相互作用分析方法装置

[发明专利]一种基于跨图注意力的蛋白质相互作用点位预测方法-CN202211359901.0有效
发明人：崔振;徐功平;张桐;许春燕 -专利权人：南京理工大学
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B5/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于跨图注意力的蛋白质相互作用点位预测方法，步骤如下：S1、获取蛋白质数据，对每一对蛋白质分别构建一个表示残基关系的图结构；S2、对于步骤S1中构建的图，提取残基的生信特征构建节点特征矩阵；S3、对于步骤S1中构建的图，提取残基的空间特征构建图邻接特征矩阵；S4、对步骤S3构建的蛋白质图通过图卷积神经网络进行图编码；S5、在步骤S4的基础上，对步骤S3构建的蛋白质图进行跨图信息交互；S6、对步骤S5得到的节点特征进行堆叠，构成残基对特征；S7、将步骤S6得到的残基对特征送入分类器，预测该残基对是否发生了相互作用。本发明的预测方法，具有较强的表征能力和学习能力，在蛋白质相互作用点位预测任务中获得了优异表现。
一种基于注意力蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]配体诱导型多肽耦合器系统-CN201680020980.9在审
发明人： D·P·贝德纳利克;C·C·里德;V·库雷拉 -专利权人：英特瑞克斯顿股份有限公司
申请日： 2016-03-29 - 公布日： 2017-12-01 - 主分类号： G01N33/574 文献下载
摘要：本发明涉及新型配体诱导型多肽耦合系统和调节细胞信号转导通路以及其他胞内和胞外蛋白质‑蛋白质相互作用的方法。
诱导多肽耦合器系统

[发明专利]一种用于B细胞抗原表位筛查的多肽阵列合成技术-CN201310093099.X有效
发明人：赵树民;鲍勇刚;石松传 -专利权人：赵树民
申请日： 2013-03-22 - 公布日： 2013-08-14 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供一种高密度、高通量、可同时检测上万个多肽相关相互作用的合成技术。本发明采用自控机器逐层氨基酸点膜技术进行多肽微阵列的化学合成。合成多肽微阵列可用于蛋白质间以及蛋白质与其它生物大分子间的相互作用研究，例如寻找抗体识别多肽序列、药物的作用靶位点、蛋白质相互作用位点、筛查特定疾病相关蛋白的抗原表位，建立与某种疾病相关的多肽数据库、探讨蛋白质构效关系及作用机理等
一种用于细胞抗原表位筛查多肽阵列合成技术

[发明专利]一种针对多视图数据融合的蛋白质功能模块挖掘方法-CN201310545984.7在审
发明人：贾克斌;张媛 -专利权人：北京工业大学
申请日： 2013-11-06 - 公布日： 2014-02-05 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明属于数据挖掘领域，公开了一种针对多视图数据融合的蛋白质功能模块挖掘方法。首先，量化多个数据源对蛋白质相互作用的强弱描述，形成多视图数据；进而，利用本发明提出的聚合非负矩阵算法对多视图数据进行一致矩阵分解，通过得到对多视图信息的最优近似，确定蛋白质的功能模块。本发明提出一种针对多视图数据融合的蛋白质功能模块挖掘方法，着眼于同时分析多生物数据，包括基因共表达、GO注释和PPIN，从多视图中提取聚合特征最为一致的蛋白质功能模块。本发明尤其适用于蛋白质相互作用网络和生物数据，同时可应用于社交复杂网络、通讯网络的社区挖掘问题。
一种针对视图数据融合蛋白质功能模块挖掘方法

[发明专利]蛋白质虚拟筛选方法、装置、设备和存储介质-CN202211187823.0在审
发明人：吴俊峰;金羽童;潘麓蓉 -专利权人：慧壹科技（上海）有限公司
申请日： 2022-09-28 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： G16B35/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种蛋白质虚拟筛选方法、装置、设备和存储介质，属于药物发现领域，方法包括：获取训练样本集，训练样本集包括源数据和与源数据对应的样本数据；以源数据为输入，以样本数据为验证，对Transformer模型进行无监督预训练，对蛋白质序列和配体序列分别生成一维或者多维对称矩阵；将蛋白质序列和配体序列的两个矩阵耦合成多维对称矩阵，将多维对称矩阵作为BiLSTM网络模型的隐含层的输入；采用BiLSTM网络模型拟合蛋白质和小分子相互作用的实验测量分类和回归数值，得到训练好的筛选模型；利用筛选模型进行不同的蛋白质预测任务进行预测，输出预测结果。通过本公开的处理方案，高效、快速、准确地对蛋白质与药物小分子之间的相互作用关系进行预测。
蛋白质虚拟筛选方法装置设备存储介质

[发明专利]一种预测未知小分子配体靶点的方法及应用-CN202111245650.9在审
发明人：徐雪;商洪才;魏旭煦 -专利权人：魏旭煦
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2022-01-21 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明公布了一种预测未知小分子配体靶点的方法及应用，先将具有相互作用且配体及蛋白质片段类型相同的配体‑蛋白质片段复合物归为一类，并基于蛋白质片段结构叠合该类配体‑蛋白质片段复合物，构建成该类的叠合模型，采用贝叶斯高斯混合模型对各类叠合模型的配体原子进行聚类，用表示出各类叠合模型中配体原子的空间分布，然后输入蛋白质片段与未知小分子配体的结合构象数据，并分类后，根据蛋白质片段与未知小分子配体每个原子之间的原子间距统计相互作用对数量，再基于上述空间分布的数据计算未知小分子配体与已求出的空间分布之间的距离，根据距离求出命中数N和命中率P，当N和P达到阈值时，判断蛋白质片段为未知小分子配体的靶点。
一种预测未知分子配体靶点方法应用

[发明专利]基于半监督网络嵌入模型的蛋白质复合体检测方法与装置-CN201711250342.9有效
发明人：朱佳;黄昌勤 -专利权人：华南师范大学;广州凡平电子科技有限公司
申请日： 2017-12-01 - 公布日： 2021-09-14 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明公开了基于半监督网络嵌入模型的蛋白质复合体检测方法和装置，所述方法包括获取蛋白质相互作用交互网络的邻接矩阵，对邻接矩阵进行嵌入处理，从而得到降维矩阵，利用聚类算法对降维矩阵进行处理，从而得到蛋白质复合体检测结果等步骤，所述装置包括用于存储至少一个程序存储器以及用于加载所述至少一个程序以执行基于半监督网络嵌入模型的蛋白质复合体检测方法的处理器。本发明通过对蛋白质相互作用交互网络对应的邻接矩阵进行维度转化，再交由聚类算法处理，提高了聚类处理的效果。本发明基于半监督网络嵌入模型的蛋白质复合体检测方法和装置广泛应用于蛋白质复合体识别技术领域。
基于监督网络嵌入模型蛋白质复合体检测方法装置

[发明专利]基于深度森林的蛋白质-蛋白质相互作用预测方法-CN202010021475.4有效
发明人：于彬;陈成;张青梅;王磊;张岩 -专利权人：青岛科技大学
申请日： 2020-01-09 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了基于深度森林的蛋白质‑蛋白质相互作用预测方法，属于生物信息技术领域。所述方法融合伪氨基酸组成、自相关描述符、互信息描述符、组成、分布和转化描述符、氨基酸组成位置特异性得分矩阵和二肽组成位置特异性得分矩阵将蛋白质序列转化为数值向量，融合蛋白质对的序列信息、物理化学性质信息和进化信息作为样本的初始特征；使用弹性网进行特征选择，剔除冗余和不相关的特征；将融合后的最优特征向量输入到构建的多粒度级联深度森林中，预测蛋白质‑蛋白质相互作用。本发明简单有效，深度森林能够表征蛋白质对的高水平特征信息，在训练集和测试集上的结果明显优于其它预测方法，可以为药物靶点预测和人类疾病治疗提供一定借鉴。
基于深度森林蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]一种基于DBN算法的药物靶向蛋白作用预测方法-CN201810336860.0在审
发明人：古万荣;毛宜军;田绪红;黎嘉朗 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2018-04-16 - 公布日： 2018-12-07 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于DBN算法的药物靶向蛋白作用预测方法，该方法是从药物的分子结构出发，提取药物的扩展连通指纹，从蛋白质的氨基酸序列出发，提取了蛋白质的三肽结构特征，将药物的扩展连通指纹和蛋白质的三肽结构特征两两拼接，构造成一个药物－蛋白质特征向量，之后输入到深度置信网络中进行训练，网络的输出为网络输入的药物－蛋白质对发生相互作用的概率，最后选择合适的阈值判断这一对关联是否成立。本发明能够使得在没有人工干预的情况下，较快速地给出药物‑靶向蛋白可能的相互作用对，从而节省药物研发试验成本，加快了药物新功能的挖掘和发现。
蛋白质蛋白作用药物靶向三肽算法连通指纹氨基酸序列蛋白质特征网络靶向蛋白分子结构人工干预试验成本提取药物药物研发阈值判断新功能预测向量置信拼接关联输出挖掘概率发现

[发明专利]一种具有神经修复作用的基因，其编码蛋白质，与其相互作用的受体及其应用-CN200710179499.7有效
发明人：刘少君;时小燕;唐宁;阙海萍;刘勇;黄海燕;蔺宇;杨树广;杨静文;罗展鹏;王宇;倪艳丽;马振莲;李欣;陈芳进;刘涛;林秋霞;景书谦 -专利权人：中国人民解放军军事医学科学院基础医学研究所
申请日： 2007-12-14 - 公布日： 2009-06-17 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种具有神经修复作用的基因，该基因编码的蛋白质以及与其相互作用的受体，还公开了它们的应用。本发明的基因为一种脊髓损伤修复相关基因SCIRR 10，它的cDNA序列为690个碱基，其编码的蛋白质有171个氨基酸，含有Cyt-b5结构域，可能是一种分泌型蛋白质。本发明还公开了与上述SCIRR 10基因编码的蛋白质相互作用的受体，其受体为TRHR2，属于G蛋白偶联受体家族。本发明还公开了上述基因、蛋白质及其受体在神经修复中的应用。通过实验证明，本发明的基因编码蛋白SCIRR 10通过受体TRG R2具有强大的促进神经再生的功能，可以用于神经损伤的治疗。
一种具有神经修复作用基因编码蛋白质与其相互作用受体及其应用

[发明专利]一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法-CN202210649942.7在审
发明人：王雪;赵小漫;金洲;胡宜敏;史杨;许桃胜;王儒敬 -专利权人：中科合肥智慧农业协同创新研究院
申请日： 2022-06-09 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法，通过根据氨基酸其侧链的偶极性和体积，对所述氨基酸序列进行分类；构建序列矩阵以及位置矩阵；序列矩阵中每个元素用于指示蛋白质序列中所有氨基酸两两组合的频数；位置矩阵用于指示任意两组氨基酸在蛋白质序列中的位置信息；同时选择序列矩阵对角线以及对角线上面的值一起编码氨基酸序列数据，并增加一维序列长度的倒数作为序列矩阵编码的分量得以区分氨基酸序列长度，实现将氨基酸序列数据编码成特征向量通过将蛋白质序列数据的位置信息和序列信息相结合对蛋白质序列进行编码，能够充分获取蛋白质特征信息，提高了蛋白质相互作用识别的准确率，增强了蛋白质相互作用预测算法的鲁棒性。
一种基于位置序列矩阵蛋白质编码方法

[发明专利]用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的交联试剂、方法和组合物-CN201180011973.X无效
发明人：黄玉梅 -专利权人：黄玉梅
申请日： 2011-03-01 - 公布日： 2013-02-13 - 主分类号： C07D229/02 文献下载
摘要：本发明提供用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的试剂、方法和组合物。本发明的系统和方法使蛋白质-蛋白质相互作用的体内和体外分析成为可能。其提供高的标记特异性、无副产物和更高的光交联效率；(iii)多功能间隔基，其使接触位点的系统标测成为可能；(iv)基于可逆连接化学分离、纯化和检测交联产物的新方法；以及(v)能够在体外、原位和体内研究相互作用位点
用于研究蛋白质相互作用交联试剂方法组合