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[发明专利]一种用单条染色体构建文库方法-CN201410474304.1有效
发明人：刘艳磊 -专利权人：博伟至诚科技服务（北京）有限公司
申请日： 2014-09-18 - 公布日： 2020-06-19 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：内切酶可选余地大，灵活，粘性末端连接效率高；使用人为设计的接头作特异引物，可用较高的退火温度，消除了非特异性扩增问题，采用超声随机打断后，通过加A反映，然后加接头的做法，属于本发明的扩展，与高通量测序技术相结合进行物种的基因组从头测序，将消除基因组测序中多染色体高杂合度不能正确组装和染色间组装错误问题，为基因组测序开辟广阔的前景。
一种用单条染色体构建文库方法

[发明专利]一种斑重唇鱼线粒体基因组全序列扩增方法-CN201611067861.7有效
发明人：杨天燕;孟玮;高天翔;刘云国;韩志强;蔡珊珊 -专利权人：浙江海洋大学
申请日： 2016-11-29 - 公布日： 2019-06-28 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开一种斑重唇鱼线粒体基因组全序列扩增方法，具体步骤如下：（1）斑重唇鱼线粒体Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四个基因片段的扩增；（2）斑重唇鱼线粒体基因组的LA‑PCR扩增。本发明扩增了斑重唇鱼线粒体Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四个基因片段，根据获得序列设计了4对LA‑PCR引物进行大片段序列扩增，然后通过引物步移的方法，用28条测序引物对斑重唇鱼线粒体基因组其余部分进行PCR扩增从而获得斑重唇鱼长度为16895 bp的线粒体全基因组序列。从分子水平研究斑重唇鱼的遗传与进化，特别是以mtDNA作为分子标记，为斑重唇鱼物种鉴定、群体遗传结构和系统演化研究提供了基础资料和技术支持。
重唇鱼线粒体基因组扩增基因片段全序列线粒体线粒体全基因组序列分子水平研究群体遗传结构测序引物分子标记基础资料技术支持物种鉴定序列扩增序列设计步移引物进化遗传大片研究

[发明专利]一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法-CN201811428144.1有效
发明人：赵磊;何欣叶;尚钰轩;姚婷婷;宓东;孙野青 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2018-11-27 - 公布日： 2022-09-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义
一种用于筛选参与生物学过程调控基因方法

[发明专利]基于保守基因座的哺乳动物DNA甲基化测量-CN202080016297.4在审
发明人： S.霍瓦思;J.恩斯特;A.C.阿内森;B.巴恩斯 -专利权人：加利福尼亚大学董事会;亿明达股份有限公司
申请日： 2020-01-20 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： C12Q1/6876 文献下载
摘要：虽然甲基化芯片在过去十年中已广泛用于人类研究，但还没有针对非人物种的甲基化芯片，可能是由于缺乏足够的需求和/或因为物种特异性甲基化芯片可能不是跨物种比较的最佳选择。为了应对这项技术中的挑战，我们开发了一种算法，即保守甲基化阵列探针选择器(CMAPS)，其重新利用了用于容忍人类内部变异的简并基础技术来容忍跨物种突变。CMAPS执行贪心搜索(greedy search)，基于多序列比对，使用针对人类基因组中任何CpG的探针来获得最大数量的物种。然后，CMAPS对所有探针进行排序并选择最终集合，以便可以根据外显子、CpG岛和高甲基化对比低甲基化区域的外部注释来制备可以查询大量哺乳动物物种和不同基因组位置的阵列。
基于保守基因哺乳动物 dna 甲基化测量

[发明专利]一种高通量快速检测病原微生物的方法-CN202110673526.6在审
发明人：张道允;巩子英;孙永华;虞洪杰 -专利权人：嘉兴允英医学检验有限公司
申请日： 2021-06-17 - 公布日： 2021-08-06 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：进行逆转录得到cDNA；使用含有多种酶的组合物对所述提取出的DNA和所述cDNA进行处理，得到处理后的DNA和cDNA；基于所述处理后的DNA和cDNA，进行PCR扩增，从而构建测序文库；基于所述测序文库，进行宏基因组测序，得到所述样本的宏基因组测序结果；以及基于所述宏基因组测序结果、病原微生物基因组数据库和物种分类数据库，确定所述样本中的病原微生物。本申请还公开了一种用于建立微生物宏基因组测序文库的试剂盒。该试剂盒包括片段化及末端修复体系，其包括DNA内切酶、T4多聚核苷酸激酶、T4DNA聚合酶、克列诺片段以及Taq酶。
一种通量快速检测病原微生物方法

[发明专利]一种适用于苦苣苔科植物基因组大小的测定方法-CN201410250566.X有效
发明人：王静;刘娟;康明 -专利权人：中国科学院华南植物园
申请日： 2014-06-06 - 公布日： 2014-10-01 - 主分类号： G01N15/14 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于苦苣苔科植物基因组大小的测定方法。苦苣苔科植物的新鲜嫩叶；选择番茄为主要内参，水稻为第二内参，并依据番茄基因组大小为标准对水稻基因组大小进行重新校对；按照1ml核提取缓冲液LB01中加入20mg嫩叶的量，分别将目的植物和内参物种的嫩叶加入核提取缓冲液置于冰上备用；再用RNA消化酶消化细胞核悬液中的RNA，然后加入碘化丙啶荧光染色，终浓度为100μg ml^-1，避光染色，染色时间为40min；然后再应用流式细胞仪测定目的植物的基因组大小本发明能为多种苦苣科植物测定了准确的基因组大小，变异系数CV低于5％，该方法重复性好，操作简单，符合苦苣科植物学方面的研究。
一种适用于苦苣植物基因组大小测定方法

[发明专利]一种基于基因组信息预测微卫星PCR产物特异性的方法-CN202110425764.5有效
发明人：李严;沈富军;张亮;张紫阳;王也;寇洁;刘红;刘佳文;王涓 -专利权人：成都大熊猫繁育研究基地
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明公开一种基于基因组信息预测微卫星PCR产物特异性的方法，首先将基因组的序列存贮在一个单独的字典当中；再定义反向互补序列的函数方法；再根据设定好的参数，提取出4种形式的引物3’端碱基序列；再依据步骤四的序列，分别匹配出引物的4种形式在基因组上所有存在的位点；再罗列出第一种形式和第二种形式所有的组合，同时进一步罗列出第三种形式和第四种形式；最后根据设定好的参数，筛选出以上所有满足条件的基因组区域，这些区域为扩增出的PCR产物实际序列，从而进行后续的特异性评估；该方法实现了自动化的上下游引物在基因组中的条件性匹配，并进行特异性评估，对微卫星引物的筛选及物种亲子鉴定评估具有指导意义。
一种基于基因组信息预测卫星 pcr 产物特异性方法

[发明专利]病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用-CN202210392556.4有效
发明人：杨启文;朱盈;贾沛瑶;喻玮;杨斌;刘慧芳;韩士瑞 -专利权人：中国医学科学院北京协和医院;广州微远基因科技有限公司
申请日： 2022-04-15 - 公布日： 2022-07-05 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据
病原微生物宏基组生信分析参考及其制备方法应用

[发明专利]一种双酶切简化基因组二代测序文库构建方法及配套试剂盒-CN201510765534.8在审
发明人：杨国骞;郭岑;陈云梅;郭英;王晓燕;郭振华;李德铢 -专利权人：中国科学院昆明植物研究所
申请日： 2015-11-11 - 公布日： 2016-06-22 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于双酶切的简化基因组二代测序文库构建方法及试剂盒，本发明针对现有双酶切简化基因组测序文库构建方法不足，扩展了双酶切组合范围，减少了简化基因组文库构建对贵重仪器的过分依赖，简化了建库流程特别适用于需要对大量参考基因组不完善的物种进行SNP分子标记开发、遗传图谱构建、群体遗传学研究及系统发育生物学研究等研究的微型或中等规模实验室。
一种双酶切简化基因组二代序文构建方法配套试剂盒

[发明专利]一种基于深度学习的复杂演化历史的分析方法-CN202110813600.X在审
发明人：张蔚;张力;张宇博;朱庆杰 -专利权人：北京大学;北京脑科学与类脑研究中心
申请日： 2021-07-19 - 公布日： 2023-01-24 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于深度学习的复杂演化历史的分析方法，包括：根据预设的物种演化历史模拟序列数据，分别作为模型训练集和测试集；确定训练集数据的拓扑结构，并以不同拓扑结构的比例对训练数据进行标注；构建卷积神经网络，以模拟数据集对卷积神经网络进行训练和测试，使数据预测值与标签值之间的误差达到最小；基于训练好的卷积神经网络分析真实基因组序列数据，并结合其他群体遗传学分析方法，确定不同生物类群之间的演化关系和渗入位点本发明利用比较基因组或群体基因组数据，通过深度学习算法推断序列之间的拓扑结构，进而评估基因组水平的演化关系，并通过不同区域间拓扑结构的差异鉴定局部的渗入信号。
一种基于深度学习复杂演化历史分析方法

[发明专利]一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法-CN201510114843.9有效
发明人：刘义飞;李大卫;黄宏文 -专利权人：中国科学院华南植物园
申请日： 2015-03-16 - 公布日： 2015-05-20 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法，涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法是：①对样本进行基因组低深度测序；②测序数据的参考基因组比对和单碱基变异位点发掘；③基于单碱基变异位点计算样本基因组水平的杂合度；④构建猕猴桃属主要祖先基本物种杂合度分布规律数据库；⑤将待测样本与数据库进行杂合度比较识别鉴定杂交种质
一种基于基因组合度鉴定猕猴桃杂交种质方法

[发明专利]宏基因组数据的分析方法-CN202210002820.9有效
发明人：郎继东;孙继国 -专利权人：成都齐碳科技有限公司
申请日： 2022-01-05 - 公布日： 2022-03-25 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明提供了宏基因组数据的分析方法。本发明提供了一种宏基因组数据的分析方法，所述方法包括：1）对原始数据预处理，获得具有期望质量的数据集；2）对步骤1）的数据集中的每一条read序列进行N次的K‑mer滑动提取，获得N个K‑mer序列；3）将所有的read序列中同一次K‑mer滑动提取获得的K‑mer序列归为一个K‑mer序列子集，得到N个K‑mer序列子集；4）将步骤3）得到的每个K‑mer序列子集分别进行宏基因组物种分析，得到N个数据分析结果；5）将步骤4）得到的N个数据分析结果合并，分析并获得宏基因组中各种微生物的信息。
宏基数据分析方法

[发明专利]亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签库及差异表达基因-CN201010197338.2无效
发明人：苗雪霞;李海超;张浩;黄勇平;王玉冰 -专利权人：中国科学院上海生命科学研究院
申请日： 2010-06-10 - 公布日： 2011-12-14 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签库及差异表达基因，以及它们的获得方法。本发明的方法用于从无基因组参考序列的物种中获得基因表达时期、基因在不同时期的表达量及不同时期间差异表达的信息，所述方法方便、快捷、准确且成本低廉。
亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签差异

[发明专利]用于通过基因编辑提高大麻产量的方法-CN202080044949.5在审
发明人：伊多·马葛利特;塔尔·谢尔曼;希拉·科里姆 -专利权人：良种有限公司
申请日： 2020-06-18 - 公布日： 2022-05-06 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于通过基因组编辑方法提高大麻植物中花产量的方法。更具体地，该方法包括以下步骤：(a)选择所述大麻物种的开花途径中涉及的基因；(b)合成或设计对应于沿着大麻基因组的靶向切割基因座的gRNA表达盒；(c)转化所述大麻植物细胞以将遗传物质插入其中；(d)培养所述大麻植物细胞
用于通过基因编辑提高大麻产量方法

[发明专利]用于生产乳酸的方法-CN201810802665.2在审
发明人：王楚钧;庄育泉;施淑银;张玴群 -专利权人：远东新世纪股份有限公司
申请日： 2018-07-20 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12P7/56 文献下载
摘要：一种以生质制备乳酸的方法，其包括：将一能够借由消耗五碳糖以及六碳糖来产生乳酸的芽孢杆菌属物种和/或重组型假丝酵母菌属物种的菌株培养于一含有糖蜜以及玉米浸液的种菌培养基中，以在该种菌培养基中获得该菌株的种菌培养物；以及利用该菌株的种菌培养物来对该生质进行发酵；其中，该生质包含一可发酵糖以及该重组型假丝酵母菌属物种的基因组DNA包括一编码乳酸去氢酶的基因，并且其基因组DNA中的pdc基因被删除、破坏或已失效。
乳酸菌培养物生质发酵假丝酵母菌种菌培养基基因组DNA 重组型菌株物种芽孢杆菌属物种葡萄糖菌株培养可发酵糖玉米浸液抵抗性六碳糖五碳糖抑制物有效地产率木糖去氢糖蜜制程制备删除消耗基因