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[发明专利]基于单细胞转录组数据的细胞类型注释方法-CN202310849793.3在审
发明人：高琳;李超;胡宇轩;许晗 -专利权人：西安电子科技大学
申请日： 2023-07-12 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单细胞转录组数据的细胞类型注释方法，主要解决现有技术不能正确表示细胞类型层次关系的问题，以及在层次关系复杂的数据集上分类精度低的问题。本发明构建细胞类型层次关系图，然后对细胞类型进行层次分类。由于构建的细胞类型层次关系图为有向无环图，本发明能表示复杂的细胞类型层次关系。本发明使用双曲蕴含锥网络，能在不同粒度上精确分配细胞类型标签。利用细胞类型层次关系图构建和采样标签，降低了训练网络的复杂度，进一步提升了分类性能。
基于单细胞转录数据细胞类型注释方法

[发明专利]基于域泛化的可拓展测序数据中的细胞恶性状态注释方法-CN202310863572.1在审
发明人：杨朝勇;宋佳;姚智显;程蕊 -专利权人：上海交通大学医学院附属仁济医院
申请日： 2023-07-13 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于域泛化的可拓展测序数据中的细胞恶性状态注释方法，将来自不同组织的数据划分为不同的域进行特征提取，应用于单细胞或空间数据中细胞恶性状态的注释，训练基于多域的泛化模型来预测来自不同域(包括未知域)的测试数据的标签；在分类层由两个神经元输出恶性和非恶性分数；在领域泛化训练过程中，采用基于经验风险和方差的损失函数优化方法进行领域泛化，提高模型的泛化性能；达到循环停止条件后，输出训练完成的神经网络模型。本发明提供的方法能够精确地给目标样本分配准确的标签，用于注释细胞或空间恶性状态。
基于泛化拓展序数中的细胞恶性状态注释方法

[发明专利]一种微生物基因数据库的构建方法及系统-CN202280004306.7在审
发明人：徐晓强;夏炎;王晓凯;谢海亮 -专利权人：深圳零一生命科技有限责任公司
申请日： 2022-08-19 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种微生物基因数据库的构建方法及系统，属于基因数据库构建技术领域。所述方法包括以下步骤：获取目标微生物基因组数据，对获取的基因组数据进行基因预测，获得包含序列和物种注释的基因注释文件；获得每种目标微生物的代表基因；将所述代表基因中的每个基因分别比对到核酸序列数据库，获得比对结果；过滤比对结果，获得基因注释物种信息，保留注释物种与来源物种相同的基因，进而构建所述微生物基因数据库。利用本发明的构建方法构建微生物基因数据库，可以根据目标微生物的变化对数据库进行更新，实时性更强，利用本发明构建的微生物数据库，仅包含目标微生物基因序列，对比时间更短。
一种微生物基因数据库构建方法系统

[发明专利]基因组注释方法和电子装置-CN202311023993.X在审
发明人：王龙;康玲;彭珍;马策;刘臣;李萍;刘孟 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2023-08-15 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组注释方法和电子装置。其中，上述基因组注释方法包括：a）将测序产生的基因片段进行基因组组装，获得组装基因组序列；b）采用多种方式预测组装基因组序列，获得多种预测开放阅读框；c）利用EVM工具对多种预测开放阅读框进行基因整合，获得整合基因结构；d）基于整合基因结构进行基因注释。能够解决现有技术中对于基因组注释结果基因集中BUSCO指标低的问题，适用于基因注释领域。
基因组注释方法电子装置

[发明专利]一种基于三代测序技术的植物叶绿体基因组完成图的构建及高质量注释的方法-CN202310521662.2在审
发明人：张杰伟 -专利权人：北京市农林科学院
申请日： 2023-05-10 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种基于三代测序技术的植物叶绿体基因组完成图的构建及高质量注释的方法。本发明采用了三代测序技术结合二代测序技术构建植物叶绿体基因组完成图，利用RNA‑seq技术对植物不同生长发育阶段和不同组织部位进行转录分析，经生物信息学分析，获得植物叶绿体基因组完成图及其高质量基因注释，为基于叶绿体基因组学和转录组学的物种鉴定提供特异性分子标记开发和功能基因生物学功能的解析提供必要基础。
一种基于三代测序技术植物叶绿体基因组完成构建质量注释方法

[发明专利]快速进行全基因组注释区间比较的方法及系统-CN202110524893.X有效
发明人：李志刚;缪卫国;纪晓贝 -专利权人：海南大学
申请日： 2021-05-14 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供一种快速进行全基因组注释区间比较的方法及系统，该方法包括：S1、分别获取基因注释区间A片段坐标集合以及基因注释区间B片段坐标集合；S2、将A片段集合坐标和B片段集合坐标进行合并，获得合并片段集合；S3、对合并片段集合进行去冗余操作和排序操作；S4、调用预设区间交集函数在单次循环中计算合并片段集合中所有注释区间之间的交集；S5、输出预设区间交集函数的计算结果。本发明能够快速计算不同类型基因注释区间的交集，与传统比较方法相比，实现逻辑简单，计算量小且判断准确，有助于提高比较效率。
快速进行基因组注释区间比较方法系统

[发明专利]信息处理方法、信息处理装置以及信息处理程序-CN202180083928.9在审
发明人：坂田幸太郎;渕上哲司 -专利权人：松下电器（美国）知识产权公司
申请日： 2021-11-10 - 公布日： 2023-08-11 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供一种信息处理方法、信息处理装置以及信息处理程序。信息处理装置(1)具备：获取部(121)，获取基因数据，该基因数据由基因检测设备检测，包括表示用户的基因型的碱基序列；区域确定部(122)，在参照数据中确定基因数据所位于的区域；稀有度计算部(123)，基于与确定出的区域建立了关联的数据密度，计算表示基因数据的稀有性的稀有度；奖励计算部(125)，根据计算出的稀有度，计算向用户赋予的奖励；输出部(126)，输出计算出的奖励。
信息处理方法装置以及程序

[发明专利]一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法-CN202211456038.0有效
发明人：李午佼;孟青;朱纯青;陈运生 -专利权人：深圳市儿童医院
申请日： 2022-11-21 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供了鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，包括：获得基因组所有转录本和已知编码框序列；获取基因组比对文件；基于转录组测序数据，根据比对文件筛选局部比对序列，提取未成功比对上的部分序列；对未成功比对上的序列与指定的SL序列进行比较，若所提取的序列为指定SL序列的末端至少8个碱基序列，确定该序列为SL剪切位点产生的序列；根据比对文件中记录的位置信息推算SL序列的剪切位点，将剪切位点转换成转录组坐标；根据转录组坐标和转录本得到完整的mRNA序列；根据完整的mRNA序列，利用核糖体印迹测序数据，获得完整的mRNA对应的编码框。本发明解决了现有技术中SL序列的添加引入新的翻译起始位点，使原始基因组注释信息失效的问题。
一种鉴定 sl 序列反式剪切形成基因编码方法

[发明专利]一种宏基因组磷元素循环注释绘图方法-CN202211498205.8在审
发明人：何灵江;雷鸣;王梦琪 -专利权人：苏州元华生物科技有限公司
申请日： 2022-11-29 - 公布日： 2023-07-28 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及宏基因组技术领域。一种宏基因组磷元素循环注释绘图方法，本发明为解决宏基因组缺乏专门用于磷元素循环功能的数据库，且输出图谱及确定代谢途径复杂、数据量大等问题，本发明利用软件对以宏基因组测序方式获得的高质量微生物基因组进行磷代谢基因注释，通过绘制循环模式图，确定磷代谢过程所涉及的功能基因及其丰度，对微生物群落磷元素循环能力进行分析及比较，并通过对识别到的相关功能基因所属物种进行分类学注释，识别样本中参与磷循环的主要功能微生物种属，实现对宏基因组数据进行深入挖掘，通过多元化的方式分析结果的同时，还可以绘制清晰简洁的磷元素循环途径示意图，能快速准确的定位目标基因。
一种宏基元素循环注释绘图方法

[发明专利]一种构建抗生素抗性基因数据库的方法-CN201810195831.7有效
发明人：邓晔;魏子艳 -专利权人：中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学
申请日： 2018-03-09 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了生物技术领域的一种构建抗生素抗性基因数据库的生物信息学方法，该方法包括在基因数据库(GenBank)搜索抗性基因的蛋白序列；选择高度精确的序列作为初始序列；采用ClustalW方法比对；构建隐马尔可夫模型并搜索GenBank蛋白数据库，得到全部包含蛋白保守位点的序列；根据序列的E值和GenBank数据库中序列的注释信息，去除高度同源和不符合要求的序列；删除重复序列后添加物种注释信息；整合所有蛋白序列，完成数据库的构建。该方法能够综合衡量序列的注释信息和比对相似性，提高序列收集的速度和准确性。利用本发明提供的方法，可以完成抗生素抗性基因数据库的构建，为研究抗性基因的引物设计、数据分析和序列注释提供基础数据。
一种构建抗生素抗性基因数据库方法

[发明专利]一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法-CN202111483431.4在审
发明人：张丽华;王松朵;刘健慧;杨开广;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-07 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法，基于液质联用获得质谱RAW文件，利用宏基因组测序获得的肽段序列、自定义配置获得的数据库或公共已发表的数据库等多来源数据库结合，作为宏蛋白质组数据搜索数据库。按照物种分类等级将数据库拆分，通过迭代搜索等方法削减分数据库，然后将分数据库合并，利用蛋白质组搜索分析软件进行宏蛋白质组的定性和定量分析，利用功能注释软件基于公共数据库进行功能注释。蛋白质组定量分析软件筛选不同环境差异蛋白，深入挖掘不同环境微生物的群落组成及代谢活动差异。
一种海洋样品微生物功能信息解析方法

[发明专利]一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质-CN202310105444.0在审
发明人：张智;周晴;霍彩琴 -专利权人：博奥生物集团有限公司
申请日： 2023-02-13 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质，涉及生信分析技术领域。该方法包括：获取初始序列；对初始序列添加物种注释信息；确定初始序列的基因名称；对初始序列添加毒力基因类型注释信息；基于初始序列、物种注释信息、基因名称、毒力基因类型注释信息构建毒力因子数据库。由此，可以构建一个序列全面、信息准确完整、注释程序和术语标准规范化的微生物毒力基因数据库。进而，该毒力因子数据库还可以为临床致病菌毒力检测和毒力基因研究提供基础数据。
一种毒力因子数据库构建方法装置设备介质

[发明专利]一种基于图神经网络和特征融合的scRNA-seq细胞类型注释方法-CN202211605957.X在审
发明人：王树林;李铮 -专利权人：湖南大学
申请日： 2022-12-12 - 公布日： 2023-03-31 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息学中的数据挖掘，特别是涉及对scRNA‑seq数据的挖掘。具体涉及一种基于图神经网络和特征融合的scRNA‑seq细胞类型注释方法。其特点是融合基因互作网络的局部特征和scRNA‑seq数据的全局特征进行细胞类型注释，通过GCN提取基因与基因间的局部特征，基于ZINB自动编码器进行基因表达全局特征提取，最后融合两部分特征输入分类器，进而对细胞类型注释。相比于现有的细胞类型注释模型，本发明提出的模型有效的利用了基因互作网络的先验知识，在准确率上有明显提升。
一种基于神经网络特征融合 scrna seq 细胞类型注释方法

[发明专利]基因组注释方法、装置、可视化平台和存储介质-CN202110209957.7有效
发明人：董玥;贺增泉;徐则洋;李悦;郑大鹏 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2021-02-25 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本申请提供了一种基因组注释方法、装置、可视化平台和存储介质，包括获取待注释的测序数据，将测序数据根据基因染色体字段进行拆分，得到多个子测序数据；然后将每一个子测序数据映射到对应的子单元基因数据库中进行查找分析，从而得到注释结果，其中子单元基因数据库是对已知的基因数据库根据基因染色体字段进行拆分得到的；该基因组注释方法将百亿级数据的基因数据库拆分成数据量较少的子单元基因数据库，然后将待注释的测序数据拆分成与子单元基因数据库大小其类型相同的子测序数据，在进行注释时只需要将子测序数据与其对应的子单元基因数据库进行比较即可，从而大大减少了缩小了查询范围，节约了计算的时间和计算量。
基因组注释方法装置可视化平台存储介质

[发明专利]一种基于划窗映射的基因组测序数据快速注释方法和系统-CN202211165110.4在审
发明人：方超;郎秋蕾;陈志锋 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-09-23 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于划窗映射的基因组测序数据快速注释方法和系统，属于生物信息技术领域。本发明首先将所有功能组件的起始位点和终止位点及位于功能组件中的划窗起点和终点构建映射值，并利用该映射值建立索引文件，针对待注释位点，同样获得映射值，进一步在索引文件中搜索映射值，若落在某一功能组件的对应的起点划窗映射值和终点划窗映射值中间，进一步判断所有待注释位点是否落在该功能组件的起始位点和终止位点之间，从而进行注释。利用本发明，可以大大提高搜索注释的效率，降低注释的时间成本和计算成本。
一种基于映射基因组序数快速注释方法系统

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