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[发明专利]质谱分析数据显示处理装置及计算机可读介质-CN202110922979.8在审
发明人：岩本慎一;寺本华奈江 -专利权人：株式会社岛津制作所
申请日： 2021-08-12 - 公布日： 2022-03-04 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：提供质谱分析数据显示处理装置及计算机可读介质，呈现被检微生物的质谱和现有的基因组关联信息使得易于理解两者的关系。在质谱分析数据显示处理装置中设置谱获取部(41)，获取被检微生物的质谱(80)；基因组关联信息获取部(42)，获取根据质谱而被估计为与被检微生物相同或相关的已知微生物的基因组关联信息；对应关系确定部(43)，基于质谱和基因组关联信息来确定质谱上的峰与在已知微生物中表达的蛋白质的对应关系；以及显示控制部(45)，使标识符(81)及基因组图谱(70)与质谱一起显示在显示装置中，其中标识符(81)表示峰与哪个蛋白质对应，基因组图谱(70)表示对各蛋白质进行编码的基因在基因组上的位置。
谱分析数据显示处理装置计算机可读介质

[发明专利]用于人类基因组成熟tRNA谱检测的接头、引物组和试剂盒-CN201811302188.X有效
发明人：欧旭敏;潘秋卫;程安春;汪铭书;朱德康 -专利权人：四川农业大学;西北民族大学
申请日： 2018-11-02 - 公布日： 2021-11-26 - 主分类号： C12Q1/6851 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于人类基因组成熟tRNA谱检测的接头、引物组和试剂盒，建立了人类基因组成熟tRNA谱的检测方法。本发明克服了tRNA检测步骤冗余、基因组编码tRNA冗余和tRNA表达标准化等困难，只需要使用本发明的新型接头和引物组即可应用常规qPCR完成人类基因组中所有成熟tRNA水平的检测，实现快速、准确、高通量检测成熟tRNA谱的转录水平变化。
用于人类基因组成熟 trna 检测接头引物试剂盒

[发明专利]一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法-CN201710720708.8在审
发明人：薛正晟;杨洋;寇文伯;姜丽荣 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2017-08-21 - 公布日： 2018-01-12 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开的一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法，包括如下步骤(1)获取可用于下游宏基因组学分析的高质量数据集；(2)获得非冗余蛋白序列集；(3)获得各等级的功能类群丰度谱并进行分析；(4)获得种以及种以下精细水平的物种组成谱并进行分析；(5)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱并进一步对宏基因组样本进行Alpha和Beta多样性分析，得到宏基因组中的关键生物标记物；(6)绘制二维/三维图表，全方位、客观地呈现以上分析结果；(7)根据样本来源
一种基于通量技术宏基数据分析方法

[发明专利]利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法-CN201410094854.0无效
发明人：许厚强;陈伟;刘忠伟;陈祥;赵佳福 -专利权人：贵州大学
申请日： 2014-03-16 - 公布日： 2014-11-05 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法，采用全基因组表达谱芯片技术多通量筛选动物各组织差异基因和调控通路。本发明采用全基因组表达谱芯片结合生物信息学技术对动物不同组织样品转录谱进行比对分析，筛选到了影响动物不同组织的一些重要基因和调控通路，得到不同组织间的差异表达基因、相应的基因功能注释、信号通路和代谢通路
利用基因表达筛选动物不同组织差异方法

[发明专利]一种病原体感染损伤机理解析方法及装置-CN201811521645.4有效
发明人：伯晓晨;何松;文昱琦;宋欣雨;刘祯;杨晓曦 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2018-12-12 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明实施例提供的一种病原体感染损伤机理解析方法及装置，属于基因数据处理领域。该方法包括：获取多个基因沉默后的全基因组表达数据；获取所述全基因组表达数据所对应的基因表达秩序列；获取多种不同病原体感染后的全基因组表达谱数据；基于所述全基因组表达谱数据构建所述病原体感染的印记基因集；获取所述基因表达秩序列与所述印记基因集的富集分数；根据所述富集分数确定所述病原体感染的损伤机理，从而融合了海量各类跨平台的转录组大数据，无需从头培养病原体并感染细胞，做大规模的实验，进而降低了研发低成本
一种病原体感染损伤机理解析方法装置

[发明专利]一种药物预测方法、装置、服务器及存储介质-CN201811516862.4有效
发明人：何松;伯晓晨;文昱琦;刘祯;宋欣雨;杨晓曦 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2018-12-12 - 公布日： 2020-05-05 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种药物预测方法，该方法包括：从数据库中获取药物扰动后的基因组表达谱数据，并对基因组表达谱数据进行预处理；将预处理后的基因组表达谱数据转换成药物扰动下的差异表达秩序列；从数据库中获取病原体感染表达谱数据，并对病原体感染表达谱数据进行预处理；根据预处理后的病原体感染表达谱数据构建病原体感染印记基因集；通过基因集富集分析算法将药物扰动下的差异表达秩序列和病原体感染印记基因集进行比对，得到富集分数，并判断富集分数是否为负
一种药物预测方法装置服务器存储介质

[发明专利]检测等位基因、基因组和转录物组的方法和基因型分析谱-CN200980157313.5无效
发明人：阿诺德·R·奥利芬特;库尔特·A·克鲁梅尔;张海川;安德鲁·S·卡茨 -专利权人：赛卢拉有限公司
申请日： 2009-12-22 - 公布日： 2012-01-18 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了检测两种个体混合物中等位基因、基因组和转录物组的方法和基因型分析谱。
检测等位基因基因组转录方法基因型分析

[发明专利]一种同源重组修复缺陷的评估方法、装置和存储介质-CN202111572513.6有效
发明人：黄毅;朱彬彬;陈华东;刘久成;刘青峰;易鑫;杨玲 -专利权人：深圳吉因加医学检验实验室
申请日： 2021-12-21 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请方法包括，获取待测样本低深度全基因组测序数据，去接头，比对到参考基因组上，过滤PCR重复序列；对数据进行质控和污染数据过滤，然后用ACE软件进行CNV分析，获得total CNA谱；根据total CNA谱计算LST值，并采用WGD情况校正LST值；根据BRCA基因型别和校正LST值判断HRD为阳性或阴性。本申请方法利用低深度全基因组测序数据进行LST值计算，并采用WGD情况校正LST值；无需LOH和TAI等其他基因组瘢痕标志物，可直接用校正LST值进行HRD状态评估，提高了PARP抑制剂治疗预测及预后的有效性和准确性
一种同源重组修复缺陷评估方法装置存储介质

[发明专利]用于伤寒沙门菌DNA芯片转录表达谱的基因组特异引物-CN200910031165.4无效
发明人：生秀梅;黄新祥;徐顺高;张海方;许化溪 -专利权人：江苏大学
申请日： 2009-04-24 - 公布日： 2009-11-11 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于生物信息学及分子生物学领域，具体涉及用于伤寒沙门菌DNA芯片转录表达谱的基因组特异引物，共34条。它是通过FindGDPs软件针对伤寒沙门菌基因组序列所有基因3′-端50％的序列为靶标设计的全基因组特异引物。用于伤寒沙门菌基因转录谱分析时提高了灵敏度及特异性；活体条件下基因表达谱分析时降低了对伤寒沙门菌RNA纯度和浓度的要求，特异性高；同时可指导已知序列基因组的扩增以构建基因文库。
用于伤寒沙门 dna 芯片转录表达基因组特异引物

[发明专利]一种利用高通量测序技术发现新转录本的方法-CN201110435592.6无效
发明人：曾华宗 -专利权人：上海聚类生物科技有限公司
申请日： 2011-12-22 - 公布日： 2013-06-26 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明旨在提供一种检测基因组中尚末注释的新转录本的方法。该方法对同一样本分别采用mRNA-seq及rmRNA-seq技术获得转录组全基因组数据。比较基因组区域两种技术获得的表达谱结果，做统计分析找出有显著差异的区域。针对其中表达丰度比较高差异区域，设计RT-PCR验证其生物学功能。此发明可以很好的应用于高通量筛选基因组中新转录本。
一种利用通量技术发现转录方法

[发明专利]一种快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法-CN201810842695.6有效
发明人：葛峰;杨明坤;张珈;洪斌 -专利权人：中国科学院水生生物研究所
申请日： 2018-07-27 - 公布日： 2021-07-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法，属于蛋白质基因组数据分析方法技术领域。本发明提供的快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法，采用原核生物多组数据整理方法和筛选方法得到II类可信肽段，再针对预测新基因、可变剪切体、点突变基因并校正已注释基因的结构的目的设计三种不同的回帖基因组的方法本发明提供的方法适用于任何一个已经完成测序的真核生物，同时可变剪切体与点突变基因预测的方法，提高鉴定的覆盖度；采用不同的较为严格的假阳性控制策略，提高鉴定的可信度；从原始质谱数据到最后新基因、可变剪切体以及点突变基因的预测和校正已注释基因结构系列分析，真正实现真核生物质谱数据的快速鉴定分析。
一种快速分析生物蛋白质基因组数据方法

[发明专利]一种基于微生物rRNA基因测序技术的菌群代谢功能预测分析方法-CN201710720330.1在审
发明人：薛正晟;寇文伯;郭桐舟;姜丽荣 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2017-08-21 - 公布日： 2017-12-08 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明公开的一种基于微生物rRNA基因测序技术的菌群代谢功能预测分析方法，其是通过将现有的16S rRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测；其具体步骤如下(1)先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同祖先的基因功能谱；(2)对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱；本发明通过将现有的16SrRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测。
一种基于微生物 rrna 基因技术代谢功能预测分析方法

[发明专利]一种代谢与宏基因组学联合研究广式酱油发酵过程变化的方法-CN202210244687.8在审
发明人：李俊;曹庸;温林凤;陈聪;刘果;王培培;徐婷;林虹;扈圆舒 -专利权人：广东美味鲜调味食品有限公司;华南农业大学
申请日： 2022-03-14 - 公布日： 2022-07-08 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明属于酱油发酵研究技术领域，公开了一种代谢与宏基因组学联合研究广式酱油发酵过程变化的方法，所述的酱油代谢与宏基因组学联合方法包括：对不同季节、不同发酵阶段酱油样品进行液相色谱质谱联用分析、结合测序、过滤及组装，之后进行宏基因组基因预测、基因功能注释、物种分析、功能分析及多样性分析等方法。本发明通过液相色谱质谱联用和宏基因组学分析方法，对酱油发酵过程的风味物质变化、微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系进行研究，达到调控酱油发酵过程的目的，解决广式高盐稀态发酵酱油风味及产值数随季节波动的问题
一种代谢宏基联合研究酱油发酵过程变化方法

[发明专利]一种多拷贝的单分子核酸阵列芯片-CN200610039911.0无效
发明人：陆祖宏;白云飞;葛芹玉 -专利权人：东南大学
申请日： 2006-04-26 - 公布日： 2006-12-13 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：该芯片一组含有核酸片段的聚合物高分子随机固定在一块固体基片上，形成一种高密度的单分子核酸微阵列，并使每个阵列点上包含有一个聚合物高分子，每聚合物高分子含有多个相同的核酸片段拷贝。该芯片可以组装成多种可用于功能基因组研究的芯片，进行特定物种的全基因组测序、基因转录和表达效率的检测、以及各种基因组DNA修饰谱(如DNA甲基化谱)的检测。该芯片将为人们生命过程的分子机制研究、基因组DNA信息的解码、个体化医学、疾病的预测和预防、药物的开发和个体化等具有重大的应用价值。
一种拷贝分子核酸阵列芯片

[发明专利]宏基因组数据分析及特征菌筛选方法-CN202111246832.8在审
发明人：郑明权;侯晓帆;刘裕 -专利权人：艾德范思（北京）医学检验实验室有限公司
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了宏基因组数据分析及特征菌筛选方法。本发明所要保护的一个技术方案是宏基因组测序数据分析和/或特征菌群鉴定方法。所述方法包括如下步骤：对所有待测样本的宏基因组原始数据进行预处理获得每个待测样本的高质量数据；对所述高质量数据进行微生物组组成分析获得所述每个待测样本的细菌的组成及相对丰度分布结果；对所述细菌的组成及相对丰度分布结果进行细菌谱构成比较得到所述每个待测样本的细菌谱构成结果；对所述细菌谱构成结果进行特征菌群分析，得到所述每个样本的特征菌群；对所述细菌谱构成结果进行特征菌群鉴定，得到所述待测样本之间的差异基因和特征菌群。
宏基数据分析特征筛选方法

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