[发明专利]基于改进PSO和ELM的疾病‑lncRNA关系预测方法在审

申请号：	201711025609.4	申请日：	2017-10-27
公开（公告）号：	CN107908927A	公开（公告）日：	2018-04-13
发明（设计）人：	郑相涵;刘煜;郭文忠;叶少珍	申请（专利权）人：	福州大学
主分类号：	G06F19/12	分类号：	G06F19/12;G06F19/18
代理公司：	福州元创专利商标代理有限公司35100	代理人：	蔡学俊,薛金才
地址：	350108 福建省福州市***	国省代码：	福建;35
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摘要：	本发明提供一种基于改进PSO和ELM的疾病‑lncRNA关系预测方法，其包括以下步骤对lncRNA表达谱进行分析挖掘，根据不同疾病样本表达谱中lncRNA的表达比，分析相应lncRNA对不同类型疾病发生与发展的影响；建立一种符合lncRNA表达谱的基因选择方法；采用信息增益率作为过滤法进行第一次过滤；用二进制粒子群算法作为搜索算法，ML‑ELM作为分类学习算法构建LncRNA缠绕法筛选模型；多次迭代后获取与疾病发生与发展联系密切的lncRNA，将研究成果与实际医学相联系，验证实验结果的实际医学价值，为未来的医疗做出指导。本发明具有精确度高、运行速度快、具有较好的可扩展性与健壮性等优点。
搜索关键词：	基于改进 pso elm 疾病 lncrna 关系预测方法
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【主权项】：

一种基于改进PSO和ELM的疾病‑lncRNA关系预测方法，其特征在于：包括以下步骤：步骤S1：对lncRNA表达谱进行分析挖掘，根据不同疾病样本表达谱中lncRNA的表达比，分析相应lncRNA对不同类型疾病发生与发展的影响；步骤S2：建立一种符合lncRNA表达谱的基因选择方法；采用信息增益率作为过滤法进行第一次过滤；用二进制粒子群算法作为搜索算法，ML‑ELM作为分类学习算法构建LncRNA缠绕法筛选模型；步骤S3：多次迭代后获取与疾病发生与发展联系密切的lncRNA，将研究成果与实际医学相联系，验证实验结果的实际医学价值，为未来的医疗做出指导。

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摘要：本发明属于计算机应用技术领域，尤其涉及一种分析木聚糖酶热稳定性影响因素的方法，本发明利用引入蛋白质序列信息(残基匹配度)的残基相互作用网络比对算法，发现了两木聚糖酶结构上的保守和差异区域，分析影响两者结构稳定性和耐热性的因素，从而研究木聚糖酶的耐热机理，该方法为从网络的角度研究木聚糖酶的蛋白质结构与热稳定性的关系提供了一个新的途径。

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摘要：本发明涉及一种PCR控制系统控制节点计算方法，所述方法一种PCR控制系统控制节点计算方法，所述方法利用PCR酶促反应系统控制模型以温控段为时间区间进行控制，在PCR酶促反应系统分三个阶段，每个阶段分为两个温控段，系统生物量状态在控制向量u作用下，计算满足系统控制模型的控制节点。本发明利用控制节点对控制子模型进行控制和切换，在时间区间[t^S,t^E]的子区间内按照控制节点进行顺序切换，本发明计算的控制节点实用性强，数据控制精度高，满足对DNA扩增过程的系统控制需求。

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摘要：一种基于麦夸特算法的径向基无网格软组织数据拟合法，针对现有生物软组织物理模型的结构复杂、计算量大、实时性差的缺陷，通过考虑软组织各向异性特性，由径向基无网格法一次性获得以软组织受力点为中心，面上有限个等间距点受力位移数据，使用麦夸特法拟合软组织节点力位移模型，再以点至线，以线带面，建立生物软组织模型。该方法结构简洁、计算方便，在保留径向基无网格法精确性的同时，又大大简化计算量，保证了虚拟交互的高实时性，实现虚拟手术系统软组织力反馈模型高效建模。

用于末梢脉管树的边界条件的特定患者的自动调整-201410052921.2
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申请日： 2013-07-03 - 公布日： 2018-11-09 - 主分类号： G06F19/12
摘要：一种按多个模式操作的系统，以提供对与患者相关联的分子数据、成像数据、以及临床数据的综合分析，该系统包括多尺度模型、分子模型、以及链接组件。多尺度模型构造成，当该系统按第一模式操作时，基于临床数据和成像数据，生成一个或多个估计的多尺度参数，以及，当该系统按第二模式操作时，基于一个或多个推断的多尺度参数，生成器官功能模型。分子模型构造成，基于分子数据的分子网络分析，生成一个或多个第一分子发现，其中，当该系统按第一模式操作时，由估计的多尺度参数约束分子模型。链接组件操作地联结至多尺度模型和分子模型，并且构造成，当该系统按第一模式操作时，将来自多尺度模型的估计的多尺度参数传送至分子模型，以及，当该系统按第二模式操作时，使用机器学习过程，基于分子发现，生成推断的多尺度参数。

利用关于基因组模型的数据集成的途径识别算法(PARADIGM)-201810729146.8
发明人： C·J·瓦斯科;S·C·本茨;J·M·斯图尔特;D·豪斯勒 -专利权人：加利福尼亚大学董事会
申请日： 2011-10-31 - 公布日： 2018-10-16 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明的题目是利用关于基因组模型的数据集成的途径识别算法(PARADIGM)。根据测量的患者数据和基于途径元素的属性的概率途径模型构建患者样品特异的动态途径图，其中途径元素的一些属性是先验已知的，其中途径元素的其他属性是假定的，并且其中途径元素交叉关联并且指定至少一个途径的影响水平。优选的动态途径图就选择的参考途径活性提供测量的患者数据的背景。

一种大黄药材真伪及基源种属类别预测模型的构建方法-201510287236.2
发明人：陈安珍;蒋万枫;孙磊;袁航;吴爱英 -专利权人：青岛市食品药品检验研究院
申请日： 2015-05-31 - 公布日： 2018-10-12 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明提供了一种大黄药材真伪及基源种属类别预测模型的构建方法，该模型基于气质联用技术结合偏最小二乘判别分析，实现大黄正品与伪品及三个种的分类鉴别，包括以下步骤：（1）样品的收集；（2）样品的制备方法；（3）GC‑MS数据的采集；（4）数据处理及多变量分析，通过比较不同来源大黄色谱行为的差异，进行聚类分析及主成分分析；（5）预测模型的构建；（6）模型的验证。本发明构建的两个类别预测模型，经验证具有100%的识别和预测准确性，本方法通过建模实现大黄真伪及种属鉴别，结论可靠，整体性强，克服了现行方法的缺陷，为大黄药材及饮片的真伪、种属鉴别提供了一种更易行、可靠的新思路。

一种用于定量分析药物干预前后生物分子网络中模块变化的方法-201610826031.1
发明人：王忠;于亚南 -专利权人：王忠;于亚南
申请日： 2016-09-14 - 公布日： 2018-10-09 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明提供一种定量分析方法，所述方法用于量化比较药物干预前后生物分子网络中模块的变化程度。所述方法整合模块不同维度(属性)的拓扑参数，构建量化模块变化的整体综合指标，定量分析比较药物干预前后生物分子网络中模块的变化程度。所述方法包括：1)分别构建药物干预前和药物干预后的生物分子网络，并分别进行模块的识别；2)匹配药物干预前和药物干预后的生物分子网络中变化的模块，确定变化模块对；3)整合表示模块不同维度的拓扑参数，结合所述拓扑参数的权值，构建模块综合评价体系，计算药物干预前后生物分子网络中模块整体构象的改变程度。本发明可应用于生物网络分析、新药研发设计、药理机制研究等领域。

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发明人：周益林;胡小平 -专利权人：中国农业科学院植物保护研究所;西北农林科技大学;西安黄氏生物工程有限公司
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摘要：本发明公开了一种小麦白粉病预报方法及其装置，包括采用公式(一)对小麦白粉病发生程度进行预测：Y＝‑25.699+4.219QW‑0.0776YL公式(一)；Y为当年初春期小麦白粉病病情指数,QW为当年3月上旬至3月中旬的日平均气温,YL为上一年的12月下旬至当年2月中旬的累计降雨量。装置包括数据收集模块、数据处理模块和数据发射模块，数据收集模块用于收集当年3月上旬至3月中旬的日平均气温的信息和上一年的12月下旬至当年2月中旬的累计降雨量，数据处理模块中利用公式(一)对数据收集模块收集的数据进行处理，然后再由数据发射模块将数据处理模块处理后的数据发送到接收端。

一种基因检测的检测位点信用评级方法-201810257049.3
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申请日： 2018-03-27 - 公布日： 2018-09-18 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明公开了一种基因检测的检测位点信用评级方法，其特征在于：包括以下步骤：检索表型与检测位点相关的参考文献，记录参考文献的JCR分区信息、期刊的影响因子信息、研究人群的种群信息、实验的样本数和有无重复研究信息；并通过期刊分区和影响因子权重值ifscore、种群权重值populationscore、样本权重值samplescore、重复研究权重值replicatescore构建的检测位点评级模型对检测位点进行评分，并根据评分筛选出可靠检测位点。本发明通过对检测位点的科学、合理的评级，筛选出需要的、可靠的检测位点，提高基因检测的准确性。

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申请日： 2016-06-02 - 公布日： 2018-09-07 - 主分类号： G06F19/12
摘要：一种基于质心变异策略的差分进化蛋白质结构预测方法，首先，根据各构象的能量值进行升序排列，并计算各构象与能量最低构象的平均能量误差值；然后，选取部分能量较低的构象计算质心构象；最后，根据平均能量误差值判断算法所达到的搜索状态，从而设计不同的质心变异策略生成测试构象，即如果平均能量误差值大于设定的阈值，则设计DE/rand‑to‑centroid/1策略进行变异，通过提取质心构象中的部分片段替换随机选取的构象中的对应片段生成测试构象，否则设计DE/centroid/2策略进行变异，通过提取随机选择的构象中的片段替换质心构象中的对应片段生成测试构象，从而提高算法搜索效率和预测精度。

一种基于权重网络评估药物不良反应的方法-201510653825.8
发明人：纪志梁;刘珂;蔡梅春 -专利权人：厦门大学
申请日： 2015-10-12 - 公布日： 2018-08-28 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明公开了一种基于权重网络评估药物不良反应的方法。依次构建药物‑药物不良反应关系网络、药物‑基因关系网络和基因‑药物不良反应权重网络；分别获取基因集合中各基因之间的关联及关联权重，药物不良反应集合中各不良反应之间的关联及关联权重，目标药物调控的关键基因；再依次计算基因直接诱导药物不良反应发生的概率，加入基因之间和药物不良反应之间的关联之后基因诱导药物不良反应发生的概率，目标基因集诱导药物不良反应发生的概率；根据计算出来的各个药物不良反应的发生概率筛选目标药物潜在的不良反应。在全基因组水平，定量化、网络化描述基因与药物不良反应间的关联，适用于多数常见的临床药物不良反应。

稻株形态结构指标提取方法及其应用-201610376759.9
发明人：李绪孟;王小卉 -专利权人：湖南农业大学
申请日： 2016-05-31 - 公布日： 2018-08-28 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明公开了一种稻株形态结构指标提取方法及其应用，涉及植株形态结构指标提取及应用领域。包括步骤：S1.构建数字化水稻形态结构，按照不同层次水平组织群体、稻株、茎糵、叶片的空间位置信息和几何形态信息；S2.基于数字化水稻形态结构，利用虚拟刀片技术提取水稻形态结构特征分布；S3.基于水稻形态结构特征分布，计算水稻形态结构指标；S4.以形态结构指标的组合为决策变量，以干物质积累或产量为目标，评价形态结构干物质积累能力或生产潜力。本发明可为精确株型选种，农艺调控形态结构，功能‑‑结构模型研究提供数量化指标和方法支撑。

一种灌木生物量测定模型-201810472778.0
发明人：冯仲科;申朝永;赵修莉 -专利权人：北京林业大学
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摘要：一种灌木生物量测定模型。本发明公开了一种计算灌木生物量的模型公式，建立了灌木分枝基径、冠幅、高度与灌木生物量之间的幂函数方程式。

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发明人：尹勰;谢清禄;余孟春 -专利权人：广州麦仑信息科技有限公司
申请日： 2016-06-07 - 公布日： 2018-08-17 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及基于Torch监督式深度学习的基因性状识别方法，它采用如下的技术方案：步骤一：基因PNG图像信息数据的预处理，以符合用于Torch深度学习模型训练的Tensor数据对象；步骤二：利用Torch构建深度学习模型，在深度卷积神经网络模型中对Tensor训练数据进行训练，得到理想的训练数据识别结果后输出标签向量和权重参数；步骤三：在模型训练成功后，可以针对结果标签的某一类别提取所有训练完成后各个连接之间的权重参数，再对基因图像数据信息进行反编码，从而得到与基因对应性状的相关SNP位点以及相应权重参数；具有能够更方便及智能的进行基因的对应性状分类，对未知性状的基因进行自我识别等优点。

基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0-201810143549.4
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申请日： 2018-02-12 - 公布日： 2018-08-10 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明涉及一种利用基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0的创建及运用其进行全基因组选择中育种值无偏估计的方法。将BLUP与REML的方法结合，利用R撰写可供Linux环境下运行的无偏估计工具GS1.0，并整合到数据库网站平台，方便用户远程分析使用；所创建的育种值无偏估计分析工具GS1.0完全免费，开放友好，能够为更多的育种工作者服务，加快育种进程。该分析工具主要应用于作物基于全基因组选择的分子育种。

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申请日： 2014-12-18 - 公布日： 2018-07-31 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明涉及细胞基因翻译过程建模方法，包括以下步骤：根据跟踪每个mRNA分子的状态并实时更新计数，得到各种mRNA中可以被初始化的数量；根据跟踪每个核糖体分子的状态并实时更新计数，得到各种mRAN位点上可以移动的核糖体的数量；计算mRNA分子的总初始化速度；计算核糖体分子在对应mRNA上的总延伸速度；根据总初始化速度和总延伸速度得到mRNA初始化和核糖体延伸总的概率；根据事件概率的权重，随机选择一个事件进行反应；反应结束后，更新细胞状态；本发明采用基于完全不对称简单排斥过程的原理，同时考虑分子的半衰期，在考虑正确翻译的同时考虑了错误翻译的可能性，使得翻译过程更接近生物问题的本质。

基于LNC模型的针刺神经电信号FPGA编码分析平台-201510582631.3
发明人：于海涛;石丁天;魏熙乐;王江;邓斌;张镇;韩春晓;曹亦宾;刘静 -专利权人：天津大学
申请日： 2015-09-14 - 公布日： 2018-07-27 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明提供一种基于LNC模型的针刺神经电信号FPGA编码分析平台，该平台包括针刺实验、PC机离线分析部分、FPGA单神经元编码器三部分。首先通过针刺实验采集刺激作用下针刺神经通路的样本数据，然后，PC机离线分析部分预处理实验数据并以此估计出LNC模型的最优参数，最后，依据LNC模型的最优参数，搭建FPGA单神经元编码器。利用FPGA编码器可以在不同条件的刺激下，产生不同的放电情况，从而模拟真实神经元，并与上位机仿真结果进行对比分析。该平台有效地将实验、软件仿真以及FPGA硬件仿真结合在一起，共同用于构建针刺神经电信号的分析、处理、建模、预测等一系列研究，对于针刺编码机制的研究具有重要价值。

一种辅助鉴别“胶州湾蛤蜊”的方法-201510362515.0
发明人：赵海燕;张双灵 -专利权人：青岛农业大学
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摘要：本发明公开了一种辅助鉴别“胶州湾蛤蜊”的方法，从青岛市胶州湾、大连市、南通市采集蛤蜊样品；将所述蛤蜊样品进行去壳、清洗、切丁、冷冻干燥、磨粉、消解，然后检测蛤蜊中元素Mg、Zn、Sn、Sb、Cs和Ba的含量，建立模型①～③。然后随机采集各地蛤蜊，分别去壳、清洗、切丁、冷冻干燥、磨粉、消解，检测元素Mg、Zn、Sn、Sb、Cs和Ba的含量，将其代入上述模型①～③，得到对应数值，将对应数据相互进行比较，模型中数据最大的数值即为蛤蜊的对应产地，其鉴别效果达到100％。

蛋白质分类模型构建方法和装置-201510001626.9
发明人：刘伟;孙志强;宫二玲 -专利权人：中国人民解放军国防科学技术大学
申请日： 2015-01-05 - 公布日： 2018-07-13 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明提供了一种蛋白质分类模型构建方法和装置，蛋白质分类模型构建方法，包括：获取组织表达蛋白质分类特征；根据分类特征得到组织特异表达蛋白质的预测模型；以及根据预测模型对蛋白质进行分类。本发明提供的方法在采集基因表达数据的情况下，还采集了基因表达蛋白的其他特征，通过构建阴性集和阳性集后对其进行显著性分类，通过贝叶斯分类器可以获取预测结果的可靠性打分，以及综合的注释信息。

一种应用于制定水质基准的毒性预测方法-201710375376.4
发明人：何佳;吴丰昌;冯承莲;汤智;赵天慧 -专利权人：中国环境科学研究院
申请日： 2017-05-24 - 公布日： 2018-05-29 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明涉及环境保护技术领域，具体讲，涉及一种应用于制定水质基准的毒性预测方法。具体步骤有：建立系列ICE模型，获得系列替代物种和预测物种间的相关关系模型，筛选出1～5种典型替代物种；基于替代物种污染物的结构性质，建立典型替代物种的QSAR预测模型；将每一种典型替代物种的QSAR预测模型代入到预测物种的ICE模型中，得到针对每一典型替代物种的、用于制定水质基准的毒性预测QSAR‑ICE模型；选择预测物种相应的QSAR‑ICE模型，输入预测污染物的结构性质参数，获得预测物种的毒性数据，用于水质基准的制定。

基于粒子群算法的微生物发酵优化方法-201510471312.5
发明人：彭建升 -专利权人：莆田学院
申请日： 2015-08-04 - 公布日： 2018-04-27 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明公开了一种基于粒子群算法的微生物发酵优化方法，该方法包括以下步骤建立微生物发酵数据集、将所述微生物发酵数据集随机分成训练数据集与测试数据集两个部分、构建BP神经网络、对BP神经网络进行训练、对每个所述微生物发酵控制参数进行二进制编码得到粒子初始种群、以BP神经网络作为适应度函数计算每个粒子的适应度值、执行粒子的自身极值算子、执行粒子全局极值算子、执行速度‑位移模型操作算子，以BP神经网络作为适应度函数计算更新位置后的新一代粒子适应度值，得到最优的控制参数组合。本发明可根据现有的发酵数据获取取最优的控制参数组合，不需要重新设计实验。

中医药生物信息处理方法、装置和系统-201510270744.X
发明人：萧伟;徐筱杰;王振中;陈丽蓉;曹亮;张新庄;曹泽彧 -专利权人：江苏康缘药业股份有限公司
申请日： 2015-05-25 - 公布日： 2018-04-24 - 主分类号： G06F19/12
摘要：本发明提供了一种中医药生物信息处理方法、装置和系统，该方法包括接收中医药生物信息处理请求；响应于所述中医药生物信息处理请求，从预先配置的信息处理策略库中查找出与该请求匹配的信息处理策略；根据所述匹配的信息处理策略对所述中医药生物信息处理请求进行处理，生成处理结果；返回携带有所述处理结果的处理响应。本发明实现了中医药生物信息处理请求的自动处理，提高了中医药生物信息处理的效率。

专利分类

G 物理

G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用

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[发明专利]基于改进PSO和ELM的疾病‑lncRNA关系预测方法在审

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