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[发明专利]一种DNA结合蛋白接口几何结构特征的分析方法-CN201710471068.1在审
发明人：王伟;李克亮 -专利权人：河南师范大学
申请日： 2017-06-20 - 公布日： 2018-12-28 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及一种DNA结合蛋白接口几何结构特征的分析方法，属于生物计算技术领域。本发明首先从蛋白‑DNA复合数据集中提取蛋白‑DNA结合位点信息；然后根据蛋白‑DNA结合位点信息确定蛋白‑DNA结合位点的残基形态指数特征和空间环境特征；最后将所确定的蛋白‑DNA结合位点的残基形态指数特征和空间环境特征作为特征向量，利用分类模型对获取的特征向量进行分类。本发明通过从残基形态结构和空间环境特征角度分析了双链DNA结合蛋白(简称：DSBs)和单链DNA结合蛋白(简称：SSBs)的结合特异性，有助于深入理解蛋白‑DNA的结合机制，而且本发明也能够应用于蛋白‑RNA、蛋白‑蛋白等领域研究。
蛋白空间环境特征残基几何结构特征特征向量位点信息形态指数位点单链DNA结合蛋白结合特异性分类模型复合数据角度分析结合蛋白领域研究生物计算形态结构双链DNA 分析分类应用

[发明专利]一种药物基因靶点预测方法-CN201510553487.0有效
发明人：袁骁;张鑫磊;朱文杰 -专利权人：苏州协云基因科技有限公司
申请日： 2015-09-02 - 公布日： 2018-12-25 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及一种新的药物基因组学分析方法，公开了一种药物基因靶点预测方法。是一种基于数据整合的药物基因靶点预测方法，本发明的方法可以利用改进后的MCODE聚类算法预测新的药物基因靶点。
一种药物基因预测方法

[发明专利]基于细菌脂肪酸合成途径中多靶点的抗菌剂虚拟筛选方法-CN201810699581.0在审
发明人：卢俊瑞;刘悦;卢博为;谢志强 -专利权人：天津理工大学
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于细菌脂肪酸合成途径中多靶点的抗菌剂虚拟筛选方法。包括以下步骤：(1)获取细菌脂肪酸合成途径中多个靶点的三维结构；(2)对各靶点进行前期处理和优化，并确定其活性中心，设定活性口袋；(3)选取并整理用于筛选的小分子；(4)依据设定的活性口袋，采用两种分子对接软件，将小分子与靶点依次对接，并进行一致性打分；(5)以各靶点相应抑制剂的对接一致性评分为阳性参照，筛选各靶点可能的抑制剂(化合物)；(6)运用分子动力学模拟，研究代表化合物与各靶点间的作用模式。本发明可以揭示脂肪酸合成途径中不同靶点间的协同或组合作用规律。
靶点脂肪酸合成途径筛选细菌活性口袋多靶点抗菌剂小分子抑制剂虚拟分子动力学模拟分子对接软件活性中心前期处理三维结构组合作用作用模式协同优化研究

[发明专利]蛋白质折叠的并行预测方法-CN201410798385.0有效
发明人：李国辉;沈虎峻;张鼎林 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2014-12-18 - 公布日： 2018-12-07 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及蛋白质折叠的并行预测方法，包括以下步骤：不同的蛋白质结构通过分子动力学模拟得到；设定不同温度，通过副本互换得到更多不同构象的蛋白质结构；采用共轭帽分子分割法对不同构象的蛋白质结构进行分割，将每个氨基酸从蛋白质中分解出来，并且给每个氨基酸分子碎片带上共轭帽；通过量子力学软件计算分子碎片的静电势，从而拟合出每个氨基酸分子碎片中各原子的电荷，并更新分子力场中的原子电荷。本发明为了研究蛋白质折叠问题，将上述考虑蛋白质极化效应的方案和基于副本互换的方法有机结合起来，从而克服动力学模拟中的原子相互作用势和取样技术这两大难题，以期能在蛋白质折叠模拟中获得比较好的效果。
蛋白质折叠并行预测方法

[发明专利]一种长江三角洲肉用山羊新品系的培育方法-CN201610113485.4有效
发明人：孙伟;高雯;周洪;花卫华;陈家振;徐厚生;袁文龙;陈国强 -专利权人：扬州大学
申请日： 2016-03-01 - 公布日： 2018-11-16 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及一种长江三角洲肉用山羊新品系的培育方法,该方法以长江三角洲白山羊（又称海门山羊）为母本育种素材，引入莎能奶山羊作为第一父本，波尔山羊作为终端父本，利用BLUP法、分子标记辅助选择（MAS）技术并结合常规育种方法，经过横交固定、胚胎移植扩繁等手段，最终选育出适合长江三角洲地区饲养的肉用山羊新品系。应用本发明培育出的长江三角洲肉用山羊新品系繁殖率高、肉用性能好，具备其本身及莎能奶山羊和波尔山羊三个品种的优点，杂种优势最大。
一种长江三角洲肉用山羊品系培育方法

[发明专利]G蛋白偶联受体-配体相互作用关系的预测方法及预测系统-CN201810329690.3在审
发明人：江振然;陶然;陈范曙 -专利权人：华东师范大学
申请日： 2018-04-13 - 公布日： 2018-10-12 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多信息整合的G蛋白偶联受体(GPCR)‑配体相互作用的预测方法，其包括：构建非孤儿受体的G蛋白偶联受体‑配体相互作用网络结构图；将孤儿受体与非孤儿受体之间的受体‑受体关系嵌入到所述受体‑配体关系网络中，基于网络中节点之间的距离关系；构建受体‑配体作用对的特征关系，结合集成学习方法，实现了对受体‑配体潜在关系的有效预测。本发明方法针对GPCR及其配体的生物学特征，建立并实现适合G蛋白偶联受体‑配体相互作用关系的预测以及孤儿GPCR潜在配体的预测，实验表明该方法预测效果好，有较为广泛的应用前景。本发明还公开了一种基于多信息整合的G蛋白偶联受体(GPCR)‑配体相互作用的预测系统。
配体相互作用配体预测孤儿受体信息整合预测系统构建生物学特征网络结构图关系嵌入关系网络结合集成距离关系潜在关系特征关系与非应用网络学习

[发明专利]用于鉴别穿山甲品种的DNA微型条形码引物对和数据库及其应用-CN201810209463.7在审
发明人：晁志;蔡炫;叶浩婷;田恩伟 -专利权人：南方医科大学
申请日： 2018-03-14 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了用于鉴别穿山甲品种的DNA微型条形码引物对和数据库及其应用。本发明涉及一种穿山甲DNA微型条形码引物对及其设计方法，该引物对扩增效率高，质量好，测序成功率高；本发明涉及一种穿山甲DNA微型条形码数据库及其构建方法，该数据库序列长度为150bp，鉴别能力明显优于其它已知DNA条形码，能有效鉴别穿山甲属的7个主要种，包括中华穿山甲、南非穿山甲、马来穿山甲、树穿山甲、长尾穿山甲、大穿山甲和菲律宾穿山甲；本发明涉及如上所述穿山甲DNA微型条形码数据库的应用，用于鉴别穿山甲品种，该鉴别方法简单易行，结果准确可靠，能有效用于穿山甲属物种识别、保护和相关研究。
穿山甲微型条形码鉴别数据库引物应用数据库序列引物对扩增物种识别成功率测序长尾构建研究

[发明专利]基于集成分类器的TA蛋白靶向预测方法-CN201810273087.8在审
发明人：刘弘;何演林;马长乐;赵丹丹;陆佃杰;吕晨 -专利权人：山东师范大学
申请日： 2018-03-29 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于集成分类器的TA蛋白靶向方法，包括：采用PSSM方法对蛋白质数据进行编码；融合了一种Bayes的特征提取方法来提取蛋白质序列特征；采用mRMR算法对蛋白质数据进行特征选择；用支持向量机去训练模型，在训练过程中基于网格方式对参数γ和惩罚系数C进行优化；最后，集成SVM、NB、RF、Logist、KNN五种弱分类器对TA蛋白在亚细胞器靶向的分类结果，通过投票方式得出最终的分类结果；本发明有益效果：融合了一种Bayes的特征提取方法来提取蛋白质序列特征，通过集成多种算法的分类结果，可以更好的预测TA蛋白在亚细胞器的靶向。
分类结果蛋白靶向蛋白质序列特征蛋白质数据集成分类器特征提取算法亚细胞器靶向支持向量机惩罚系数弱分类器特征选择投票方式网格方式训练过程训练模型亚细胞器融合预测优化

[发明专利]一种基于距离约束选择策略的群体构象空间优化方法-CN201510608518.8有效
发明人：张贵军;俞旭锋;周晓根;郝小虎;徐东伟;李章维 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2015-09-22 - 公布日： 2018-09-18 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种基于距离约束选择策略的群体构象空间优化方法，包括以下步骤：在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度；引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预测精度；利用距离谱在蛋白质结构上的特性约束，使更多结构上相似的蛋白质构象进入种群，减少能量函数不精确带来的误差，以得到更为优良的局部构象；结合差分进化算法较强的全局搜索能力，可以对构象空间进行更为有效的采样，从而得到和天然态结构相似度较高的构象。本发明采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度，提高预测精度。
一种基于距离约束选择策略群体构象空间优化方法

[发明专利]一种基于阶段性多策略副本交换的蛋白质结构预测方法-CN201610390366.3有效
发明人：张贵军;俞旭锋;周晓根;郝小虎;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2016-06-02 - 公布日： 2018-09-18 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种基于阶段性多策略副本交换的蛋白质结构预测方法，在差分进化算法(DE)的框架下，首先，在每个温度层中生成具有多样化折叠类型的初始构象种群；然后，对每个温度层，根据迭代次数将构象搜索分为两个阶段，第一个阶段从种群中随机选取一个构象作为目标个体，第二个阶段根据能量将种群分为两个部分，从能量低的前50％的种群中随机选取一个个体作为目标个体；之后，随机选取与目标个体不一样的三个构象个体经过变异、交叉和片段组装策略生成测试个体，并根据构象的能量判断是否接受测试个体，进而将相邻的温度层的对应个体进行副本交换；在阶段性策略的指导下，辅以副本交换策略，通过不断更新种群获得一系列亚稳态构象。
一种基于阶段性策略副本交换蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种蛋白质模板库的扩充方法及装置-CN201510938160.5有效
发明人：董启文 -专利权人：上海珍岛信息技术有限公司
申请日： 2015-12-15 - 公布日： 2018-09-14 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质模板库的扩充方法及装置，包括：从已知结构的原始蛋白质模板库中选择初始蛋白质样本，并通过序列对比算法去除初始蛋白质样本中相似度较高的蛋白质序列，将最终保留的蛋白质序列作为蛋白质样本；通过蛋白质分子设计算法，设计与蛋白质样本相对应的蛋白质序列，并将设计的蛋白质序列加入原始蛋白质模板库，生成初始扩充蛋白质模板库；通过序列对比算法去除初始扩充蛋白质样本中相似度较高的蛋白质序列，将最终保留的蛋白质序列作为扩充蛋白质模板库，可见，在本实施例中，通过对筛选的蛋白质样本进行设计，能扩充现有蛋白质模板库，增加模板库中蛋白质序列的数量，从而提高蛋白质结构预测的精度及准确率。
一种蛋白质模板扩充方法装置

[发明专利]一种基于FM-N-DNN的药物靶标相互作用预测方法-CN201810255472.X在审
发明人：王昊;常会友 -专利权人：中山大学
申请日： 2018-03-26 - 公布日： 2018-09-07 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于FM‑N‑DNN的药物靶标相互作用预测方法，包括以下步骤：S1.从DrugBank数据库获取药物靶标相互作用对并标记为正样本；S2.将药物靶标相互作用对分成不同的药物和靶标，形成独立的药物组和靶标组；随机从药物组和靶标组选择药物和靶标构建新的药物靶标相互作用对，将新构建的药物靶标相互作用对中不为正样本的样本标记为负样本；S3.利用开源python软件包PyDPI提取正样本和负样本的特征向量；S4.对步骤S3提取的特征向量进行预处理；S5.构建FM‑N‑DNN模型，利用正样本、负样本的特征向量对FM‑N‑DNN模型进行训练；S6.利用训练好的FM‑N‑DNN模型对药物靶标相互作用进行预测。
药物靶标正样本特征向量负样本靶标药物组构建预测软件包预处理靶标构建样本标记组选择数据库

[发明专利]一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法-CN201610265960.X有效
发明人：张贵军;周晓根;俞旭锋;郝小虎;王柳静;徐东伟;李章维 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2016-04-26 - 公布日： 2018-09-07 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法，首先，根据能量值选取当前种群中的最优构象，计算其他构象到最优构象的距离，并根据距离对所有构象进行排名；然后，选取离最优构象最近的部分构象建立Lipschitz下界支撑面，计算所选取的构象的能量下界估计值，并计算实际能量值与下界估计值的平均误差；最后，根据平均误差将算法分为两层，第一层随机选取构象进行片段组装生成新构象，第二层则根据最优构象进行片段组装生成新构象，从而引导算法快速可靠地向能量最低的区域收敛。本发明预测精度高、计算代价较低。
一种基于局部 lipschitz 支撑双层进化蛋白质结构预测方法

[发明专利]通过集体坐标偏置预测错误折叠的蛋白质表位的系统和方法-CN201680065612.6在审
发明人： S·S·普洛特金 -专利权人：英属哥伦比亚大学
申请日： 2016-11-09 - 公布日： 2018-08-31 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明的方法通过以下步骤预测蛋白质中的候选表位：提供构象取样引擎；获得适用于与所述构象取样引擎一起使用且包含原生结构的蛋白质模型；将集体坐标偏置施加于蛋白质模型，所述集体坐标偏置引起所述构象取样引擎转而迫使所述蛋白质模型从其原生结构至少部分地解折叠为更新的结构，其中所述集体坐标偏置被总体施加于至少大部分该蛋白质模型，并且所述集体坐标偏置在所述大部分该蛋白质模型内发生解折叠之处是公平的；以及分析所述更新的结构以识别一个或更多个候选表位，其中所述一个或更多个候选表位展现出局部解折叠的标记。
蛋白质模型偏置表位构象取样引擎原生结构折叠施加蛋白质表位错误折叠局部解折叠的预测更新蛋白质分析

[发明专利]一种寻找基因组中锌指蛋白靶标位点的方法-CN201610014607.4有效
发明人：王方海;程中山 -专利权人：中山大学
申请日： 2016-01-11 - 公布日： 2018-08-07 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种寻找基因组中锌指蛋白靶标位点的新方法。本发明首先将能与锌指蛋白结合且结合率大于2的所有9个核苷酸序列建成一个库，然后设计一个程序在基因组中寻找在双链中间隔一段距离存在的一对与库中对应的9个核苷酸序列，即得到相应的锌指蛋白靶标位点。与传统方法相比，以此方法构建的锌指蛋白不需要检测筛选就可直接应用，这样大大简化实验程序，节约成本，提高效率。
一种寻找基因组中锌指蛋白靶标新方法

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