[发明专利]一种利用模糊核酸测序信息进行比对及变异鉴定的方法和系统

摘要

本发明提供一种通过测序获得的模糊序列信息进行比对以及变异鉴定的方法：将待测的核苷酸片段固定，通过测序反应，获得模糊序列信息；模糊序列信息和参考基因组进行比对；同时可以对于变异进行鉴定。本发明提供的方法不需要完整的核酸碱基序列，仅通过多碱基反应液测序获得的模糊信息就可以进行比对和发现变异，不仅节省了测序的费用，还加快了比对的速度，降低了成本。

主权项

1.一种通过测序获得的模糊序列信息进行比对以及变异鉴定的方法，其特征在于，

将待测的核苷酸片段固定，通过测序反应，获得模糊序列信息；

模糊序列信息和参考核酸序列进行比对；

其中，所述的测序反应的反应液中包含两种或者两种以上不同碱基的核苷酸底物分子。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

利用5’端在多磷酸上修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子进行测序；

所述的荧光切换性质指的是测序后荧光信号相比测序反应前有明显改变。

3.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的测序是边合成边测序方法。

4.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

还包括将模糊序列信息和参考核酸序列用相同方式进行编码，然后进行比对。

5.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

还包括将模糊序列信息或参考核酸序列进行编码，然后进行比对。

6.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

还包括将参考核酸序列进行编码，更改其次序信息，然后与模糊序列信息进行比对。

7.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，

将参考核酸序列进行编码，更改其次序信息，然后与模糊序列信息的编码进行比对。

8.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息指的是不能由该序列信息得出核苷酸序列的完整碱基序列信息。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，

所述的完整碱基序列信息指的是以A、G、T、C为编码的核酸序列信息，或者以A、G、U、C为编码的核酸序列信息；其中碱基可以是甲基化的碱基。

10.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息可以是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的简并序列。

11.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息可以是简并序列信息和非简并序列信息的结合。

12.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

还包括将参考核酸序列进行编码，然后将模糊序列信息的编码和参考核酸序列编码进行比对。

13.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息进行编码以及参考核酸序列进行编码得到的是相同表示方式的编码。

14.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的测序是3端不封闭的测序方法。

15.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的测序反应液包含两种或两种以上不同碱基的核苷酸底物分子。

16.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，

所述的反应液中的两种或两种以上不同碱基的核苷酸底物分子用相同或者不相同的荧光分子标记。

17.根据权利要求16所述的方法，其特征在于，

所述的反应液是一套反应液组，每套反应液中包含两种或者两种以上的反应液。

18.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的测序反应液是一套反应液组，每套反应液组包括两个反应液，每个反应液包含两种不同碱基的核苷酸；

其中一个反应液中的核苷酸可以和待测核苷酸序列上的两种碱基互补，另一个反应液中的核苷酸可以和待测核酸序列上的另外两种碱基互补。

19.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

利用Smith‑Waterman算法、Bowtie、BWA或SOAP，将编码后的模糊序列信息比对到编码后的参考核酸序列上.

20.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

利用常见的发现基因变异的方法，优选mutect、strelka、control‑freec、cns‑seq中的一种或多种，从比对的结果中发现变异的基因。

21.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

将测序获得的模糊序列信息，编码成其可能的碱基序列信息中的一种。

22.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

将测序获得的模糊序列信息中，所有模糊序列信息编码成数字。

23.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，

将模糊序列信息以及参考核酸序列同时或先后进行编码。

24.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，

所述的荧光切换性质指的是每一步的测序反应后，荧光信号相比于测序反应前有明显增强，或者有明显减弱，或者发射光频率范围有明显改变。

25.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

所述的5’端多磷酸修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子，指的是5’末端磷酸修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子。

26.根据前面任一项权利要求所述的方法，其特征在于，

利用5’多磷酸末端或中间磷酸修饰有具有荧光切换性质荧光团的核苷酸底物分子进行测序；

所述的荧光切换性质指的是测序后荧光信号强度相比测序反应前有明显上升；

每轮测序使用一套反应液组，每套反应液组包括两个反应液，每个反应液包含两种不同碱基的核苷酸底物分子；

其中一个反应液中的核苷酸底物分子可以和待测核苷酸序列上的两种碱基互补，另一个反应液中的核苷酸底物分子可以和待测核酸序列上的另外两种碱基互补；

首先，将待测的核苷酸序列片段固定在反应室中，然后通入一套反应液组中的一个反应液；

使用酶将具有荧光切换性质荧光团的核苷酸底物上面的荧光团释放，从而导致荧光切换；

然后通入同一套反应液组中的第二个反应液；

使用酶将具有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物上面的荧光团释放，从而导致荧光切换；

两个反应液循环加入，通过荧光信息获得待测核苷酸底物的模糊编码信息。

27.一种测序试剂，其特征在于，

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