[发明专利]一种利用模糊核酸测序信息进行比对及变异鉴定的方法和系统

说明书

本发明提供一种通过测序获得的模糊序列信息进行比对以及变异鉴定的方法：将待测的核苷酸片段固定，通过测序反应，获得模糊序列信息；模糊序列信息和参考基因组进行比对；同时可以对于变异进行鉴定。本发明提供的方法不需要完整的核酸碱基序列，仅通过多碱基反应液测序获得的模糊信息就可以进行比对和发现变异，不仅节省了测序的费用，还加快了比对的速度，降低了成本。

技术领域

本发明涉及一种利用模糊的核酸测序信息进行比对及变异鉴定的方法和系统，属于基因测序领域。

背景技术

高通量测序技术又被称为下一代测序技术(NGS)，是近年发展起来的新型测序技术。高通量测序技术是对于传统的测序技术的一次革命性改变，同时对几万到几百万的核酸分子进行同时测序。高通量测序中会产生大量的数据。数据的处理和利用是高通量测序的重要组成部分。

高通量测序技术可以发现基因变异，为临床诊断、筛查等提供依据。基因变异包括单核苷酸变异(SNV)、拷贝数变异(CNV)、染色体倍数变异、DNA修饰的变异(如DNA甲基化)等。临床诊断上要求能够以较低廉的价格，快速准确地检测基因变异。然而现有基于高通量测序技术的基因变异检测方法均需要先得到完整的DNA序列，然后寻找变异，从而提高了时间和价格成本。本发明提供一种模糊比对的方法，可以利用模糊的核酸序列快速的进行比对并且寻找变异。

发明内容

本发明提供一种获得DNA序列的部分信息，将该部分信息比对到参考基因组上，并利用该部分信息发现/鉴定基因变异的方法。

本发明提供一种通过测序获得的模糊序列信息进行比对以及变异鉴定的方法：将待测的核苷酸片段固定，通过测序反应，获得模糊序列信息；模糊序列信息和参考基因组进行比对；其中，所述的测序反应的反应液中包含两种或者两种以上不同碱基的核苷酸底物分子。

本发明所述的测序反应的反应液中包含两种或者两种以上的不同碱基的核苷酸底物分子。当其进行测序反应的时候，每次获得的是对应于测序反应液中核苷酸底物分子的序列信息。该信息可能含有两种或者两种以上的碱基数量信息，并不是确定的序列信息，是模糊的序列信息。

根据本发明优选的实施方式，利用5’端多磷酸修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子进行测序；所述的荧光切换性质指的是测序后荧光信号相比测序反应前有明显改变。

根据本发明优选的实施方式，所述的测序是边成边测序方法。

根据本发明优选的实施方式，还包括将模糊序列信息和参考基因组用相同方式进行编码，然后进行比对。

根据本发明优选的实施方式，还包括将模糊序列信息或参考基因组进行编码，然后进行比对。在该编码的过程中，可能涉及到了碱基排列次序的改变，也可以用其它字母或符号的替代，以相同形式并且有利于比对为原则。

根据本发明优选的实施方式，还包括将参考基因组进行编码，更改其次序信息，然后与模糊序列信息进行比对。

根据本发明优选的实施方式，将参考基因组进行编码，更改其次序信息，然后与模糊序列信息的编码进行比对。

根据本发明优选的实施方式，所述的模糊序列信息指的是不能由该序列信息得出核苷酸序列的完整碱基序列信息。

根据本发明优选的实施方式，所述的完整碱基序列信息指的是以A、G、T、C为编码的核酸序列信息，或者可以获得以A、G、U、C为编码的核酸序列信息；其中碱基可以是甲基化的碱基。

根据本发明优选的实施方式，所述的模糊序列信息可以是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的简并序列。

根据本发明优选的实施方式，所述的模糊序列信息可以是简并序列信息和非简并序列信息的结合。