[发明专利]一种利用模糊核酸测序信息进行比对及变异鉴定的方法和系统

权利要求书

1.一种通过测序获得的模糊序列信息与参考基因组进行比对的方法，其特征在于，将待测的核苷酸片段固定，通过测序反应，获得模糊序列信息；

模糊序列信息和参考基因组进行比对；

其中，所述的测序反应的反应液中包含两种碱基的核苷酸底物分子；

所述的测序指的是利用5’端在多磷酸上修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子进行测序；

所述的荧光切换性质指的是测序后荧光信号相比测序反应前有明显改变；

所述的测序反应是3端不封闭的测序方法；

模糊序列信息和参考基因组进行比对指的是将模糊序列信息和参考基因组用相同方式进行编码，然后进行比对；

所述的测序反应液是一套反应液组，每套反应液组包括两个反应液，每个反应液包含两种不同碱基的核苷酸；

其中一个反应液中的核苷酸可以和待测核苷酸序列上的两种碱基互补，另一个反应液中的核苷酸可以和待测核酸序列上的另外两种碱基互补；

所述两个反应液循环加入。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的测序是边合成边测序方法。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息指的是不能由该序列信息得出核苷酸序列的完整碱基序列信息。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，

所述的完整碱基序列信息指的是以A、G、T、C为编码的核酸序列信息，或者以A、G、U、C为编码的核酸序列信息；其中碱基可以是甲基化的碱基。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的简并序列。

6.根据权利要求1或5所述的方法，其特征在于，

所述的每个反应液中的两种不同碱基的核苷酸底物分子用相同或者不相同的荧光分子标记。

7.根据权利要求1-5任一项所述的方法，其特征在于，

利用Smith-Waterman算法、Bowtie、BWA或SOAP，将编码后的模糊序列信息比对到编码后的参考基因组上。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，

将测序获得的模糊序列信息，编码成其可能的碱基序列信息中的一种。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，

将测序获得的模糊序列信息编码成数字。

10.根据权利要求1或9所述的方法，其特征在于，

将模糊序列信息以及参考基因组同时或先后进行编码。

11.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，

所述的荧光切换性质指的是每一步的测序反应后，荧光信号相比于测序反应前有明显增强，或者有明显减弱，或者发射光频率范围有明显改变。

12.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的5’端多磷酸修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子，指的是5’末端磷酸修饰有荧光切换性质的荧光团的核苷酸底物分子。