本发明公开了一种右旋糖酐蔗糖酶基因及其应用,所述基因为基因dsrA,包括SEQ ID NO.1核苷酸序列序列,所述基因所编码的蛋白质,包括SEQ ID NO.2氨基酸序列。所述基因来源于肠膜状明串珠菌的右旋糖酐蔗糖酶基因,是通过设计引物从肠膜状明串珠菌基因组中克隆得到的右旋糖酐蔗糖酶基因。该基因编码的蛋白质可用于制备右旋糖酐、低聚糖或果糖。本发明通过分析该酶的氨基酸组成,通过同源建模的方法获得了该酶的三维结构,从而为对该右旋糖酐蔗糖酶的分子改造以提高其活性和稳定性,为其工业化生产和应用提供技术支持。