本发明提供一种ECHS1基因突变体、蛋白多肽、试剂盒及其应用,属于基因工程技术领域,本发明所述ECHS1基因突变体为ECHS1基因cDNA核苷酸序列第724位核苷酸发生G→A突变,其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述蛋白多肽具有p.E242K突变;所述试剂盒能够用于筛选易患Leigh综合征的生物样品,含有检测ECHS1基因突变体的试剂。本发明所提供的ECHS1基因突变体、蛋白多肽、试剂盒及其应用,可用于Leigh综合征的分子遗传学诊断,为ECHS1基因突变所致Leigh综合征患者的产前基因诊断提供依据。