[发明专利]一种SSR分子标记组合及其在检测薄壳山核桃品种中的应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种SSR分子标记组合及其在检测薄壳山核桃品种中的应用。所述SSR分子标记组合包括：SSR12‑1和SSR6‑2；所述SSR12‑1位于Chr12:22685469bp‑22685482bp，重复序列为CT，重复7次；所述SSR6‑2位于Chr06:7785735bp‑7785761bp，重复序列为CTT，重复9次。本发明提供的分子标记可以准确、快速地鉴别薄壳山核桃品种，结果稳定可靠，对于薄壳山核桃遗传资源的鉴定有重要意义。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种SSR分子标记组合及其在检测薄壳山核桃品种中的应用。

背景技术

薄壳山核桃(学名：Carya illinoinensis(Wangenh.)K.Koch)又名美国山核桃，属胡桃科山核桃属的一种植物，为多年生高大落叶乔木。作为世界著名的高档干果、油料树种和材果兼用优良树种，具有较高的应用价值。薄壳山核桃良种的选育多依赖于种子繁殖，而由于林木世代周期长，后代变异系数大的特点，因此多以引进的品种为主。而由于引种历史较长，并且早期的引种多为种条，单从形态上难以区分，难免造成品种间相互混杂，造成同名异物或者同物异名的现象。这对于薄壳山核桃种质评价，遗传改良及面上推广工作带来极大的不便。

薄壳山核桃品种卡多(Caddo)为雄先型品种。卡多坚果平均重5.4g，具有长势好，结实率高，丰产稳产，抗病力强和适应性强等特点。薄壳山核桃苗期较长，需要4-6年，且雌雄异花，雌雄花期不遇，往往需要不同品种之间合理搭配来实现充分授粉和稳产，因此早期建园的品种鉴定尤为重要。在生产实践中，同一品种在不同发育时期，不同地域条件，栽培条件下的表型性状差异较大，因此依赖经验性的品种鉴定往往会造成偏差。

发明内容

为了解决现有技术存在的问题，本发明提供一种SSR分子标记组合及其在检测薄壳山核桃品种中的应用。

第一方面，本发明提供一种SSR分子标记组合，包括：SSR12-1和SSR6-2；所述SSR12-1位于Chr12:22685469bp-22685482bp，重复序列为CT，重复7次；所述SSR6-2位于Chr06:7785735bp-7785761bp，重复序列为CTT，重复9次。

进一步地，所述SSR分子标记组合的基因组版本为Cillinoinensis_573_v1.1。

第二方面，本发明提供一种用于检测所述SSR分子标记组合的引物对，包括：Chr12-SSR1，Chr6-SSR2；

所述Chr12-SSR1包括：

上游引物：5′-CCCCACTCCCCCAGATTTTC-3′，

下游引物：5′-AGGAGCTCAACATGAGTGCC-3′；

所述Chr6-SSR2包括：

上游引物：5′-CAACAAGCAACACCCTCAGC-3′，

下游引物：5′-AAGGAAAGCGGCATCGAGAA-3′。

本发明进一步提供包括所述引物对的试剂盒。

第三方面，本发明提供一种检测薄壳山核桃品种的方法，包括：

提取待测薄壳山核桃的基因组DNA；采用所述引物对对所述基因组DNA进行PCR扩增；根据PCR扩增结果判断所述待测薄壳山核桃的品种。

进一步地，所述根据PCR扩增结果判断所述待测薄壳山核桃的品种包括：

若两对引物对均扩增出两条带，则可以判断所述测薄壳山核桃为Caddo品种。

进一步地，所述若两对引物对均扩增出两条带包括：