[发明专利]基因组合制备人肿瘤同源重组缺陷、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性分级检测产品的用途

说明书

本发明涉及肿瘤分级检测领域，具体涉及基因组合制备人肿瘤同源重组缺陷、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性分级检测产品的用途，所述的基因组合由基因集A和基因片段集B组成，所述的基因组合是从北京大学第一医院的实际的高通量测序数据中，通过特定的配对聚类分析得来，来源于真实世界的数据具有更高的可靠性和可信度，可以准确针对泛癌进行同源重组缺陷、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性分级和预测。

技术领域

本发明涉及肿瘤分级检测领域，具体涉及一种基因组合制备人肿瘤同源重组缺陷、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的分级检测产品的用途。

背景技术

同源重组缺陷(Homologous recombination deficiency,HRD)、肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)和微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI)是临床常用于恶性肿瘤免疫治疗及PARP抑制剂疗效判断的重要指标。通常情况下，针对上述三种类型的指标判断需要使用分别不同的测序手段才能获得完整信息。通常针对同源重组缺陷(HRD)和微卫星不稳定性(MSI)，需要设计专门的测序Panel针对特定区域的基因进行靶向测序，最终通过计算得到最后的HRD评分和MSI评分用于判断HRD和MSI的高低；通常针对肿瘤突变负荷(TMB)，需要进行全外显子测序，最终得出TMB的高低。传统的同源重组缺陷(HRD)、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)检测方法虽然可靠，但同时检测上述三项指标时，却具有如下明显缺陷：使用全外显子测序等方法进行上述指标的检测，虽然准确度高，但其成本高，会造成巨大的医疗花费。因此，亟需找到一种基于特定基因检测的新型的肿瘤同源重组缺陷(Homologous recombination deficiency,HRD)、肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)和微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI)分级系统，在降低检测成本的同时可以保持相当水平的准确性。

发明内容

因此，本发明要解决的技术问题在于提供一种基因组合在制备用于泛癌同源重组缺陷(HRD)、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)分级检测的产品中的用途，它能够对泛癌的同源重组缺陷(HRD)、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)进行分级和预测，为了实现这一目的，本发明使用全外显子测序技术，针对特殊筛选和分组的北京大学第一医院的患者的测序数据进行筛选，最终得到本基因组合，用于泛癌的同源重组缺陷(HRD)、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)分级和预测，为临床医生和患者提供了准确的泛癌同源重组缺陷(HRD)、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)分级信息和疾病预测信息，且相比于全外显子测序，本发明由于涉及的靶基因较少，在相同测序深度时，具有明显更低的成本。

本发明提供了在制备用于人肿瘤同源重组缺陷、肿瘤突变负荷和/或微卫星不稳定性的分级检测的产品中的用途，所述的基因组合由基因集A和基因片段集B组成；

所述的基因集A包括：ASAH1、ASXL1、BCOR、BRAF、CALML6、CCDC136、CIDEC、COX18、CSF1R、CYP3A5、DEK、DNMT3A、EGR1、FAM71E2、FGFR1、FKBP7、FLT1、FLT3、FLT4、GNAQ、GLIS1、IDH2、IFITM3、IMMT、KDR、KIT、KMT2A、KNOP1、KRT76、KRT9、KRTAP10-10、KRTAP10-8、MAF、MECOM、MFRP、MLLT3、MNS1、MRTFA、MTOR、MYH11、NF1、NUP214、PDGFRA、PDGFRB、PML、PRB2、PROSER3、RAF1、RARA、RBM15、RET、REXO1、RPN1、RUNX1T1、SCYL1、SLC16A6、SRC、STAG2、TCEAL5、TET2、TMEM82、TP53、TRIM26、U2AF1、U2AF2、UGT1A1、USP35、VEGFA、WBP2NL、WDR44、ZNF20、ZNF700和ZRSR2中至少一个；