[发明专利]用于筛选大黄鱼DNA甲基化的分子标记的方法及qRT-PCR引物

说明书

本发明公开了一种大黄鱼DNA甲基化的分子标记的筛选方法及qRT‑PCR引物，属于分子标记技术领域。本发明提供的用于筛选大黄鱼DNA甲基化的分子标记的方法及qRT‑PCR引物，能够筛选具有显著性甲基化和qRT‑PCR差异的基因，进而可在大黄鱼育种中的应用，辅助育种研究，能有效提升大黄鱼优良品种的选育速率。

本案是以申请号为202110724168.7，申请日为2021年06月29日，名称为《大黄鱼DNA甲基化的分子标记及其在育种中的应用》的专利申请为母案的分案申请。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种用于筛选大黄鱼DNA甲基化的分子标记的方法及qRT-PCR引物。

背景技术

大黄鱼(Larimichthyscrocea)是我国特有的海水经济养殖鱼类，其养殖和育苗产量位居全国海水鱼类的首位，在我国海水养殖产业中占据重要地位。目前大黄鱼产业已进入转型升级阶段，业界对生长快、抗逆性强、品质优的优良品种(品系)的期盼日益强烈。因此大黄鱼育种成为了大黄鱼产业发展中重要的环节。分子育种技术是为克服传统选育技术存在的选育效率低、周期长等问题而新兴发展起来的一种现代生物技术育种手段，已在鱼类育种中被广泛应用。如董在杰等利用PIT标记技术和BLUP方法成功培育出鲤鱼新品种福瑞鲤(Cyprinus carpio)；李胜杰等利用分子生物学技术结合传统的选育技术，培育了具有显著生长优势大口黑鲈[Micropterus salmoides(Lacépède)]新品种“优鲈1号”；邹桂伟等综合利用雌核发育、分子标记和群体选育技术成功培育出具生长快、体型好的新品种—长丰鲢(Changfeng silver carp)；中科院水生所等单位培育的异育银鲫(Carassiusauratus gibelio)新品种“中科5号”即是结合群体选育技术、雌核生殖技术和SSR分子标记辅助育种技术培育而成，具有显著生长优势和抗病毒与粘孢子虫能力强的特点。这些研究成果表明分子标记辅助育种作为一种现代生物技术育种的手段，其发展潜力和应用前景是十分巨大的。

表观遗传学(Epigenetics)是近年来分子生物学领域的研究热点之一。与表型特征的遗传主要是由DNA碱基序列决定的经典遗传学理论不同，表观遗传调控指的是在DNA序列不发生实质性改变的情况下却能使基因的表达变异稳定遗传、从而导致表型特征发生改变并存在潜在可逆的现象，反映了基因型与表型特征的关系。因此可通过研究大黄鱼的表观遗传调节机制，为选择优良品种(品系)的大黄鱼奠定基础。但目前关于大黄鱼生长性状相关分子调控机制和遗传基础的研究尚不够充分，其生长轴整体水平上的转录组和表观遗传调节机制尚未见报道。

表观遗传相关调节机制主要包括以下三个方面：DNA甲基化、非编码RNA作用和组蛋白修饰。其中，DNA甲基化是指通过DNA甲基化转移酶的催化作用将S-腺苷甲硫氨酸分子上的甲基共价转移到胞嘧啶CpG二核苷酸的第5位碳原子上，形成5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5-mC)的过程，DNA甲基化是表观遗传调控的重要修饰方式之一。基因组DNA特定基因区域的甲基化修饰可对染色体构象、基因表达调控、基因组防御、基因组印迹等方面具有重要影响，位于启动子区和增强子区的CpG甲基化与基因转录活性呈负相关，而基因主体区内的高度甲基化则与基因的表达呈正相关；同时，生物体可根据环境的变化而形成不同程度的甲基化类型，继而产生不同的表型以适应新的环境，并可遗传给下一代，DNA的甲基化是研究物种生长性状差异的一种重要方法。

因此，根据大黄鱼基因组遗传信息开展大黄鱼生长性状差异显著群体在转录组、基因组以及表观遗传学上的差异特征研究，得到一种能够应用于大黄鱼育种，进而获得优良遗传性状优良品种(品系)的DNA甲基化的分子标记成为了目前亟待解决的技术问题。

发明内容

为了克服上述现有技术的缺陷，本发明所要解决的技术问题是：提供一种能够应用于选育优良大黄鱼品种(品系)的DNA甲基化的分子标记筛选的方法及qRT-PCR引物。

为了解决上述技术问题，本发明采用的一种技术方案为：用于筛选大黄鱼DNA甲基化的分子标记的方法，包括以下步骤：