[发明专利]一种与胎龄相关的靶标基因组合及其应用

权利要求书

1.一种与胎龄相关的靶标基因组合，其特征在于，所述靶标基因组合包括TSPOAP1、CRYAA、CXCL11、FNDC10、HMGA2、FDCSP、OLFM2、KRT36、C13orf46、SCD5、OR12D2、OMP、CEBPE、MOBP、CCNF、FUT2、LIPH、ERICH4、GPR171、CCDC196、SCGB3A2、ZNF512、PRR25、ZNF880、PILRA、CTRL、OR1B1、HLA-DQA2、PMCH、CTSF、NFRKB、GNAT3、KLRK1、MDM1、MTOR、TMPRSS11F、TAAR9、ZNF506、CGA、KCNB1和RAD1。

2.权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合在作为预测胎龄的标志物方面的应用。

3.权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合在制备预测胎龄的产品中的应用。

4.一种预测胎龄的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)获取样本每个基因的转录起始位点区域覆盖情况；

(2)筛选预测胎龄的特征基因；

(3)构建预测胎龄的模型；

(4)利用预测胎龄的模型计算胎龄；

所述特征基因为权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合。

5.根据权利要求4所述的预测胎龄的方法，其特征在于，步骤(1)包括：

(1-1)获取样本的高通量测序原始数据与参考基因组进行比对，并按照染色体进行排序；

(1-2)对比对的结果进行去重复；

(1-3)统计每个基因的转录起始位点区域的覆盖深度，对每个转录起始位点区域的覆盖深度加和得到每个基因的pTSS_depth；

(1-4)将每个基因的转录起始位点区域按照公式(1)进行标准化得到每个基因的转录起始位点区域的特征；

pTSS_{i normalized}＝pTSS_{i depth}/total pTSS_depth×10⁶ 公式(1)

其中，pTSS_{i normalized}为基因i的转录起始位点区域的特征，pTSS_{i depth}为基因i的转录起始位点区域的覆盖深度，total pTSS_depth为所有基因的转录起始位点区域的覆盖深度加和；

优选地，所述样本包括血浆游离DNA；

优选地，所述转录起始位点区域的大小为转录起始位点上下游0.5～5kb；

优选地，步骤(2)包括：

(2-1)使用差异分析软件寻找不同孕周样本转录起始位点区域有显著差异的基因；

(2-2)使用最小绝对值收敛和选择算子对步骤(2-1)获得差异基因进行筛选，得到预测模型的特征基因；

优选地，步骤(3)包括：

使用机器学习的方法基于上述得到的特征基因构建预测胎龄的模型；

优选地，所述机器学习方法为bridge模型；

优选地，步骤(3)还包括使用10次交叉验证的方法对模型参数进行优化；

优选地，步骤(4)包括将特征基因的转录起始位点区域的特征输入预测胎龄的模型，得到胎龄。

6.一种用于预测胎龄的系统，其特征在于，所述用于预测胎龄的系统包括：

样本分析模块：获取样本每个基因的转录起始位点区域覆盖情况；

筛选特征模块：筛选预测胎龄的特征基因；

构建模型模块：构建预测胎龄的模型；

计算模块：利用预测胎龄的模型计算胎龄；

所述特征基因为权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合。