[发明专利]一种用于DNA样本跟踪检测的生物标志物、方法和应用

说明书

一种用于DNA样本跟踪检测的生物标志物、方法和应用，根据筛选出的26个SNP位点，设计特异的多重PCR引物序列，可以对污染的待测样本进行追踪检测，尤其适用对样本加样顺序混淆的验证。采用本申请所述方法对被怀疑被污染的DNA样本进行跟踪检测，极大的缩短了实验查因的周期，既能对临床样本进行流程监控，又能充分利用NGS测序平台，无需增加其他设备，还能满足临床样本对检测周期的严格要求。

技术领域

本发明涉及基因检测跟踪领域，具体涉及一种用于DNA样本跟踪检测的生物标志物、方法和应用。

背景技术

目前，高通量测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)在临床诊断应用中逐渐崭露头角，广泛应用于癌症早筛、癌症伴随诊断、遗传病辅助诊断、无创产前诊断以及病原微生物检测等多个领域，日益发挥着强大的检测能力。但在该技术快速发展的同时，相应的实验室内部质量控制却发展得相对缓慢。NGS技术涉及核酸提取、文库构建，有些甚至还需要涉及复杂的探针杂交捕获环节，在最终上机测序前，要经历二十几个步骤。很难保证在这一过程中人工操作不出现任何错误造成样本混淆、相互混淆。如何建立、建立什么样本的样本防混淆跟踪体系，有效监测结果准确可靠，是目前NGS面向临床大规模开展最急需解决的问题之一。

在没有额外建立样本追踪系统针对NGS流程可能出现样本混淆的情况时，最为常见的用于监控是否存在样本混淆的方法，是在完成人全基因组测序(Whole GenomeSequencing,WGS)或全外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES)分析的同时，对样本进行性别分析。该方法的优势在于无需增加额外的实验即可得出实际分析结果与送检标本信息是否一致的结论；但由于性别分析过于简单，只能对男女性别不符的样本做出区分，相同性别的不同样本是否混淆依然不得而知。

美国Promega公司开发基于毛细管电泳测序的STR检测试剂盒对个体DNA进行准确鉴定。STR是指短串联重复序列(Short Tandem Repeat)，它是以2～6个碱基作为核心单位重复串联形成的一类DNA序列，人类基因组中平均每15kb就存在一个STR，目前已发现的STR超过7000个。由于STR核心单位重复次数不同个体之间存在高度特异性，使其具有遗传多样性而能对个体DNA亲缘关系、个体DNA身份进行鉴定。该技术已作为DNA鉴定的金标准广泛应用于刑侦、法医领域，同时根据图谱分析结果，也可对实验过程中可能出现的样本混淆进行判断。但该方法也有其局限性，虽然能对核心单位的重复次数准确分辨，但无法得知重复碱基的具体构成，对于重复次数相同而仅内部碱基差异的位点无法准确判断；同时图谱分析也会受到多种因素的影响而导致结果错误。

罗氏诊断在最新发布的全外显子测序产品中开发了一款包含有340个SNP位点的SeqCap EZ Primer Exome panel，SNP位点组成了源于DNA内部的样本识别ID，可以在整个检测过程中追踪样本并监测样本间的混淆情况。由于该panel无需手动添加标志物，可以有效规避人为操作失误造成的风险。但由于不同全外显子测序panel覆盖的区域不同，其他品牌的panel(panel指一组或一套检测)探针并不能覆盖以上340个SNP，且采用怎样的检测方法对这340个位点进行对比验证也是需要解决的问题。另外，采用多个SNP位点会使相应的数据增多，增加数据处理的复杂程度和检测成本。

发明内容

本发明主要的目的是提供一种用于DNA样本跟踪检测的方法和应用，通过筛选出包含26个SNP位点的核酸作为DNA样本跟踪检测的生物标志物，能够有效的跟踪生物样本DNA，对怀疑存在混淆的待测样本进行验证，判断样本DNA是否存在污染。

为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：