[发明专利]薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法在审
申请号: | 201811586720.5 | 申请日: | 2018-12-24 |
公开(公告)号: | CN109486918A | 公开(公告)日: | 2019-03-19 |
发明(设计)人: | 彭方仁;刘壮壮;梁有旺;谭鹏鹏;曹凡 | 申请(专利权)人: | 南京林业大学 |
主分类号: | C12Q1/6858 | 分类号: | C12Q1/6858 |
代理公司: | 北京超凡志成知识产权代理事务所(普通合伙) 11371 | 代理人: | 李青 |
地址: | 210000 江苏省*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 薄壳山核桃 技术体系 扩增产物 连接产物 酶切产物 扩增 分子标记技术 基因组序列 甲基化位点 基因组DNA 接头引物 凝胶电泳 全基因组 银染显色 甲基化 双酶切 预扩增 条带 银染 图谱 清晰 检测 分析 研究 | ||
1.一种薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
首先将薄壳山核桃基因组DNA进行双酶切,将得到的酶切产物与接头引物进行连接,得到连接产物;随后将连接产物进行预扩增得到预扩增产物,并将预扩增产物进行选择扩增;最后对选择扩增的产物进行凝胶电泳及银染显色。
2.根据权利要求1所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述将薄壳山核桃基因组DNA双酶切的酶切体系为:400ng DNA、0.3μL EcoR I-HF、0.3μL Msp I或0.3μL HpaⅡ、2μL Cut smart Buffer、无菌水补足至20μL。
3.根据权利要求2所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述酶切分为4~6个时间梯度,每一时间梯度酶切结束后放入65~70℃温浴20min;
优选的,所述酶切的温度为35~37℃,所述酶切的时间为5h。
4.根据权利要求1所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述酶切产物与接头引物进行连接的反应体系为:酶切产物20μL、0.1μl T4 DNA ligase、2.5μlATP、E adaptor和H/M adaptor均为0.5μL,无菌水补足至25μL;
优选的,所述E-adaptor接头引物,其上游引物为:5’-CTCGTAGACTGCGTACC-3’,下游引物为:5’-AATTGGTACGCAGTCTAC-3’;
所述H/M adaptor接头引物,其上游引物为:5’-GACGATGAGTCTAGAA-3’,下游引物为:5’-CGTTCTAGACTCATC-3’。
5.根据权利要求1所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述预扩增反应体系为:0.5~2.5μl连接产物、0.1~0.3μl Ex Taq酶、1~3μl dNTP、预扩增引物pre-E和pre-H/M各0.5~2.5μL,2.5μl 10×Ex Taq Buffer,无菌水补足至25μl。
6.根据权利要求5所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,其中:
所述预扩增引物pre-E为:5’-GACTGCGTACCAATTCA-3’,
预扩增引物pre-H/M为:5’-GATGAGTCTAGAACGGT-3’。
7.根据权利要求1所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述选择扩增反应体系为:稀释0~200倍的预扩增产物0.5~2.5μl、Ex Taq酶0.1~0.3μl、0.5~2.5μl dNTP、选择扩增引物En0.3~2μl、选择扩增引物HMn0.3~2μl、2.5μl 10×Ex TaqBuffer,无菌水补足至25μl。
8.根据权利要求7所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,其中:
所述选择扩增引物En序列为:5’-GACTGCGTACCAATTCAXX-3’,
所述选择扩增引物HMn序列为:5’-GATGAGTCTAGAACGGTXX-3’,
所述引物序列中X代表A,T,C,G四种碱基中的任意一种。
9.根据权利要求1所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述方法还包括对引物进行筛选的步骤。
10.根据权利要求1~9任一项所述的薄壳山核桃MSAP技术体系的建立方法,其特征在于,所述薄壳山核桃的品种为‘波尼’和‘绍兴’。
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