[发明专利]鉴定番茄叶霉病抗性的高通量分子标记及其标记方法与应用

说明书

本发明公开了鉴定番茄叶霉病抗性的高通量分子标记及其标记方法与应用,分子标记为根据目的基因关键特异性位点设计引物Cf‑5‑Al lele‑F1、引物Cf‑5‑Al lele‑F2和引物Cf‑5‑R，利用引物末端碱基特异匹配对目的基因进行基因分型；本发明采用PCR的SNPLine平台是高通量的分子标记系统，所以能实现操作流程全自动，降低人为误差；分析通量高，每天可完成五十万个SNP基因型分型，适合大量样品同时检测。基于番茄叶霉病抗病基因Cf‑5设计的高通量检测的KASP分子标记，并应用于番茄叶霉病抗病植株的高通量筛选与鉴定，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，对培育抗叶霉病的番茄优良品种、有效控制番茄叶霉病的危害，具有重要意义，也是一项重要的育种方法创新和技术创新。

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，涉及一种用于鉴定番茄叶霉病抗性的高通量分子标记及其标记方法与应用。

背景技术

番茄是我国重要的蔬菜作物之一，在保护地蔬菜生产中占有非常重要的地位。番茄叶霉病(Cladosporium fulvum Cooke)是威胁保护地番茄生产的世界性病害之一，严重影响番茄的品质，导致番茄减产，给保护地番茄生产带来巨大损失。番茄叶霉病于1883年在英国首次被报道，因流传速度快，短时间内可爆发成灾，很快便受到科学家们的高度重视。番茄叶霉病于20世纪30年代在中国台湾发生后，在我国大陆陆续发生，随着保护地面积的扩大，其危害性愈发明显。

近年来，国内外科学家对番茄叶霉病进行了深入而广泛的研究和探索。研究表明，培育叶霉病抗病品种是防治番茄叶霉病最有效的途径。随着研究的进展，多个番茄叶霉病抗病基因已经被鉴定和克隆。其中，Cf-5基因是重要的番茄叶霉病抗病基因之一。在国内外培育的众多抗病番茄品种中，Cf-5发挥着不可替代的作用。因此，开发Cf-5高效分子标记尤为重要。Wordregen等(1994)利用分子标记作图在“WSL6”番茄中开发了与Mi和Cf-2/Cf-5紧密连锁的SCAR分子标记REX-1。但是，Mi基因与Cf-5基因存在一定程度上的重组，严重影响分子标记REX-1的选择准确性。于栓仓等(2005)根据Cf-5基因序列开发了共显性CAPS分子标记，此标记需要酶切，成本高、实验程序繁琐、检测效率低。

综上所述，目前，番茄育种仍缺乏准确且高效的Cf-5基因的分子标记，严重影响番茄抗叶霉病品种的育种效率。因此，开发准确、高效且实用性强的Cf-5高通量分子标记，对培育抗番茄叶霉病优良品种，有效控制番茄叶霉病的危害，具有重要意义。

发明内容

本发明目的是针对现有技术中需要酶切，成本高，实验程序繁琐，检测效率低等不足与缺陷，提供一种成本低、快捷高效、准确率高的鉴定番茄叶霉病抗性基因Cf-5的高通量分子标记及其标记方法与应用。

本发明技术方案如下：

本发明提供的用于检测抗性基因Cf-5的高通量分子标记包括引物Cf-5-Al lele-F1、引物Cf-5-Al lele-F2和引物Cf-5-R。引物为包含以下序列的引物，序列如下：

Cf-5-Al lele-F1：

5’–GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCTGAAATCATGTTTCCTGATCTT-3’

(下划线部分为FAM荧光标签序列)

Cf-5-Al lele-F2：

5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCTGAAATCATGTTTCCTGATCTC-3’

(下划线部分为HEX荧光标签序列)